Виктор Иванов курировал комиссию по вопросам помилования при президенте РФ. В 2001 г. в специальном докладе президенту обвинил комиссию в «недостаточной проработке материалов по помилованию, в неоправданно широком, в большинстве случаев недостаточно обоснованном применении на практике, что искажает смысл помилования, как гуманного факта исключительного порядка». Иванов предложил изменить ситуацию, «разбавив» входящих в комиссию на добровольных началах общественных деятелей профессионалами. С начала проверки деятельность комиссии была приостановлена[48]. Председатель комиссии писатель Анатолий Приставкин выразил сомнение, что подготовленные им проекты указов о помиловании доходят до президента через «фильтр», созданный Ивановым[49]. В декабре 2001 г. комиссия по вопросам помилования была упразднена.
В сентябре 2001 г. распоряжением председателя правительства Михаила Касьянова Виктор Иванов был назначен представителем государства в советах директоров концерна «Антей» и ЦКБ «Алмаз». Компании являлись конкурентами в выпуске систем ПВО типа С-300. 22 ноября 2001 г. Иванов был избран председателем совета директоров ЦКБ «Алмаз». Был инициатором создания «Концерна ПВО «Алмаз-Антей», который был образован в результате слияния «Антея» и «Алмаза». По вопросу создания этого концерна Иванов конфликтовал с тогдашним министром промышленности и науки Ильей Клебановым. Проект Клебанова предусматривал вхождение в состав концерна также и ОАО «Оборонительные системы» (объединяло тогда несколько предприятий, разрабатывающих и производящих системы ПВО). Однако предложения Клебанова не были учтены[50].
С июня 2002 г. — председатель совета директоров ОАО «Концерн ПВО «Алмаз-Антей». Гендиректором концерна был назначен помощник Иванова Игорь Климов (убит в 2003 г.), а после него, с августа 2003 — Владислав Меньшов.
В августе 2003 г. руководитель Фонда эффективной политики (ФЭП) Глеб Павловский опубликовал доклад, в котором обвинил «группу Пугачева — Сечина — Виктора Иванова» в наличии у нее собственных политических целей, отличающихся от целей президента Путина. Одним из признаков особой линии «группы» Павловский назвал атаку на «ЮКОС» (к «группе» он причислил также президента «Роснефти» Сергея Богданчикова, генпрокурора Владимира Устинова, замдиректора ФСБ Юрия Заостровцева, министра налогов и сборов Геннадия Букаева и бывшего управделами президента Ельцина Павла Бородина).
30 октября 2003 г. новым руководителем администрации президента вместо подавшего в отставку Волошина стал Дмитрий Медведев. При нем Иванов сохранил свой пост. В начале ноября 2003 г. Медведев уточнил круг обязанностей Иванова: ему была поручена организация подготовки проектов решения президента по вопросам гражданства, помилования и награждения государственными наградами, а также по кадровым вопросам. В его обязанности вошло обеспечение взаимодействия администрации президента РФ с государственными органами в области кадровой политики и методическое руководство указанными органами по кадровым вопросам, оперативное руководство деятельностью управления кадров президента РФ, управления президента по государственным наградам, управления президента по вопросам гражданства, управления президента по вопросам помилования.
В апреле 2004 г. президент Путин провел реорганизацию администрации президента. У руководителя администрации Медведева осталось два заместителя — Игорь Сечин и Владислав Сурков. Остальные бывшие заместители, в том числе и Виктор Иванов, стали называться помощниками. Круг обязанностей Иванова остался более или менее прежним. 16 июня 2004 г. Иванов был назначен заместителем председателя комиссии по вопросам совершенствания государственного управления при президенте РФ. Возглавил межведомственную рабочую группу по реформированию государственной службы при комиссии. С июля 2004 г. — руководитель Межведомственной рабочей группы по разработке концепции национальной стратегии противодействия легализации преступных доходов.
4 ноября 2004 был избран председателем совета директоров ОАО «Аэрофлот — Российские авиалинии».
В конце 2005 г. назначен руководителем межведомственной рабочей группы по подготовке введения в России паспортно-визовых документов нового поколения (загранпаспортов с электронными носителями информации). 26 июня 2006 г. назначен председателем межведомственной комиссии по реализации государственной программы по оказанию содействия добровольному переселению в Россию соотечественников, проживающих за рубежом. В начале февраля 2007 г. назначен руководителем межведомственной рабочей группы для подготовки предложений по борьбе с коррупцией.
С мая 2008 г. — руководитель Федеральной службы по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ (сменил на этом посту Виктора Черкесова).
С 25 мая 2008 г. — член Совета безопасности РФ.
23 июня 2008 г. был вновь избран членом совета директоров ОАО «Аэрофлот — Российские авиалинии». Однако в октябре 2008 г. оставил пост председателя совета директоров компании (вместо него совет директоров возглавил министр транспорта Игорь Левитин). В конце июля 2008 г. Иванова в должности председателя совета директоров «Алмаз-Антея» сменил заместитель руководителя АП Александр Беглов.
С мая 2008 г. — председатель Государственного антинаркотического комитета.
С сентября 2008 г. — председатель Координационного совета руководителей компетентных органов по противодействию незаконному обороту наркотиков (КСОПН) государств — членов Организации Договора о коллективной безопасности (ОДКБ).
На посту руководителя ФСКН выступал за создание реабилитационных центров для наркозависимых граждан под эгидой службы, против чего возражало руководство Минздрава России.
С сентября 2011 г. — председатель правительственной комиссии по разработке и реализации антинаркотических программ, обеспечивающих интересы Российской Федерации в Центральной Азии.
В марте 2014 г. США и Канада ввели санкции в отношении Иванова, в сентябре 2014 г. — Австралия.
В январе 2015 г. Минфин России предложил ликвидировать Федеральную службу по контролю за оборотом наркотиков. По данным СМИ, президент Путин дал указание подготовить документы о ликвидации ФСКН России. Иванов направил в администрацию президента РФ письмо с возражениями. С критикой предложения о ликвидации ФСКН России выступили «Справедливая Россия», «Партия дела», Русская православная церковь. Поддержала решение о ликвидации ФСКН КПРФ. В июне 2015 г. Иванов сообщил: «Принято решение не трогать [ФСКН] и к этому вопросу больше не возвращаться». Тем не менее, в 2015 г. президент Путин дважды сокращал штатную численность ФСКН.
В феврале 2015 г. был отправлен в отставку советник президента РФ Сергей Дубик, курировавший до конца 2013 г. антикоррупционные вопросы. СМИ прочили Иванову освободившееся место[51].
В июне 2015 г. на заседании Госсовета, говоря о мерах по борьбе с наркотиками, Иванов сообщил, что «строится специализированный тренинговый центр в Латинской Америке»[52].
В 2015 г. на заседаниях Высокого суда в Лондоне по делу о гибели Александра Литвиненко Виктора Иванова обвинили в причастности к этому делу и в связях с Тамбовской организованной преступной группировкой, которая, как утверждается, в 1990-х гг. занималась наркоторговлей и отмыванием денег одного из колумбийских наркокартелей. Иванов называл эту информацию клеветнической.
Генерал-полковник.
Доктор юридических наук (тема диссертации: «Юридический механизм обеспечения государственных интересов Российской Федерации», 2006). Согласно анализу Диссернета, докторская диссертация Иванова содержит масштабные недокументированные заимствования из четырех диссертаций[53].
Награжден орденами «За заслуги перед Отечеством» II и IV степени, Орденом Почета, медалью «За боевые заслуги» (1988).
Женат; супруга Вера Васильевна Иванова работала в ЗАО «Росинтерстрой» (гендиректор Омеров Алим Серверович); сын Ярослав (1983 г.р.), дочь.
Согласно декларациям доходов и имущества заработал:
— в 2009 году 2.515.542 руб. (около 210 тыс. руб. в месяц);
— в 2010 году 2.534.786 руб. (около 211 тыс. руб. в месяц);
— в 2011 году 2.324.004 руб. (193.667 руб. в месяц);
— в 2012 году 55.094.307 руб. (около 4,6 млн. руб. в месяц);
— в 2013 году 6.862.679 руб. 23 коп. (около 572 тыс. руб. в месяц);
— в 2014 году 7.429.537 руб. 30 коп. (около 620 тыс. руб. в месяц).
В 2009–2010 гг. имел в собственности 1/3 квартиры 199,2 кв. м, жилой дом 134,0 кв. м и земельный участок 1.585,0 кв.м. С 2011 года в пользовании — дача 200 кв. м, а также принадлежащие жене жилой дом 186,2 кв. м, и земельный участок 2.296 кв.м.
С 2012 года в декларациях имущества вместо 1/3 квартиры 199,2 кв. м значится 1/2 квартиры 191.0 кв. м, в пользовании вместо жилого дома 186,2 кв.м. — жилой дом 549,2 кв.м. Площадь дачи с 2014 года обозначается как 199,6 кв.м., а доля в квартире возросла с 50 до 100 %.
Таким образом, по состоянию на 2014 год имеет в собственности квартиру 190,1 кв. м, жилой дом 134,0 кв. м и земельный участок 1.585,0 кв.м. В пользовании — жилой дом 549,2 кв. м, дачу 199,6 кв. м и земельный участок 2.296,0 кв.м.
Доходы жены:
— в 2009 году 791.436 руб. (около 66 тыс. руб. в месяц);
— в 2010 году 870.451 руб. (около 72,5 тыс. руб. в месяц);
— в 2011 году 622.968 руб. (51.914 руб. в месяц);
— в 2012 году 53.141.499 руб. (около 4,4 млн. руб. в месяц);
— в 2013 году 416.862 руб. 47 коп. (около 34,7 тыс. руб. в месяц);
— в 2014 году 344.789 руб. 35 коп. (около 28,7 тыс. руб. в месяц).
В 2009 году жена имела в собственности жилой дом 186,2 кв. м, земельный участок под ИЖС 2.296 кв. м, 1/3 квартиры 199,2 кв. м и автомобиль Ауди-Аб.