В декабре 1998 г. был вновь избран депутатом Законодательного Собрания Санкт-Петербурга. В течение года после выборов посты председателя и заместителей председателя собрания оставались вакантными из-за острой политической борьбы. В это время Миронов выполнял роль «помощника председательствующего» в собрании. Только в мае 2000 г. Миронов был избран заместителем председателя Законодательного собрания Санкт-Петербурга.
В сентябре 1999 г. прокуратура Санкт-Петербурга предъявила Миронову обвинение по статье «превышение власти или служебных полномочий». Уголовное дело было связано с незаконным финансированием председателем Законодательного собрания Кравцовым (см. выше) издательского дома «Смена». На одном из документов о предоставлении кредита стояла подпись Миронова.
Во второй половине январе 2000 г. Миронов и ректор Горного института Владимир Литвиненко организовали инициативную группу по поддержке Владимира Путина на президентских выборах. Миронов стал доверенным лицом Владимира Путина и заместителем руководителя избирательного штаба Владимира Путина по Санкт-Петербургу.
В сентябре 2000 г. Миронов был избран председателем политсовета нового регионального политического общественного движения «Воля Петербурга», в которое вошли доверенные лица Владимира Путина на президентских выборах марта 2000 г. и члены его избирательного штаба.
В июне 2001 г. Миронов был избран представителем Законодательного собрания Санкт-Петербурга в Совете Федерации РФ. По данным журнала «Эксперт», во время избрания Миронова представителем ЗакС Петербурга в СФ Игорь Сечин и Виктор Иванов оказывали давление на тогдашнего губернатора Санкт-Петербурга Владимира Яковлева[77].
В 2001 г. сам Миронов заявил, что давно дружит с питерцем Игорем Сечиным, и встречается с ним всякий раз, когда тот приезжает в Санкт-Петербург [78]
С июня 2001 г. — член комитета Совета Федерации по конституционному законодательству и судебно-правовым вопросам, член комиссии по регламенту и парламентским процедурам. Вступил в группу «Федерация», созданную членами Совета Федерации, претендовавшими на представительство интересов президента Путина в верхней палате Федерального собрания.
5 декабря 2001 г. Миронов был избран председателем Совета Федерации РФ.
По должности стал постоянным членом Совета безопасности РФ.
Сразу после своего избрания заявил, что считает необходимым увеличить срок полномочий президента РФ с четырех лет до семи. Однако Владимир Путин заявил, что не поддерживает эту идею.
В феврале 2002 г. был избран председателем Межпарламентской ассамблеи стран СНГ.
В апреле — июне 2002 г. Миронов стал одним из организаторов Российской партии жизни, в которую формально вступил только в феврале 2003 г. В апреле 2003 г. занял в РПЖ все руководящие посты — председателя партии, председателя общенационального совета и председателя президиума совета. В августе 2011 г. бывший заместитель начальника управления внутренней политики администрации президента России Алексей Чеснаков заявил, что идея создания партии родилась в администрации президента РФ в начале 2002 г.; Путин идею одобрил и подобрал для партии руководителя, которым стал Сергей Миронов[79].
В марте 2002 г. Миронов вызвал международный скандал, объявив во время визита в Израиль об отмене намеченной на следующий день поездки в Рамаллу для встречи с Ясиром Арафатом. Миронов не согласовал этот шаг с МИДом России.
В январе 2003 г. новый состав Законодательного Собрания Санкт-Петербург вновь избрал Миронова своим представителем в Совете Федерации. В январе 2003 г. был вновь избран председателем Совета Федерации РФ.
В декабре 2003 г. баллотировался в депутаты Государственной думы по общефедеральному списку избирательного блока Партии возрождения России и Российской партии жизни (№ 2 в общефедеральной части списка). На выборах блок получил 1,9 процента голосов избирателей и не преодолел избирательный барьер.
В январе 2004 г. съезд Российской партии жизни выдвинул Миронова кандидатом в президенты РФ.
В марте 2004 г. на выборах президента РФ Миронов занял последнее, шестое место, набрав 0,8 процента голосов избирателей.
На посту председателя СФ Миронов блокировал признание палатой полномочий неугодных ему сенаторов (не передавал их документы в мандатную комиссию) — Г.Томчина, И.Кошина, Ю.Аверьянова, А.Ушамирского. По поводу Ушамирского, делегированного в СФ от Самарской Губернской думы еще летом 2005 г., Сергей Миронов сказал «Независимой газете» в марте 2007: «Я его не пускал и не пущу!». Нечто симметричное происходило и с прекращением полномочий некоторых сенаторов: Галина Буслова оставалась в СФ около двух лет с тех пор, как Амурский облсовет избрал ей замену. В течение этого времени С.Миронов направлял законодательным органам других регионов предложения выдвинуть её в состав СФ.
В декабре 2004 г. по инициативе Миронова были приняты поправки к закону, существенно расширяющие полномочия председателя Совета Федерации. Они наделяли его правом инициировать вопрос о досрочном прекращении полномочий членов палаты, а также предусматривали, что полномочия члена Совета Федерации начинаются только после утверждения его кандидатуры верхней палатой.
12 мая 2006 г. направил в законодательные органы Приморья, Хакасии, Ненецкого и Ямало-Ненецкого автономных округов представления об отзыве сенаторов Игоря Иванова, Александра Сабадаша, Аркадия Саркисяна и Бориса Гутина в рамках антикоррупционной кампании. Приморские и ямальские парламентарии согласились, хакасские отказались, а у Сабадаша кончился срок полномочий.
В августе 2006 г. Российская партия жизни, партия «Родина» и Российская партия пенсионеров объявили об объединении, а также о том, что новая партия будет находиться в оппозиции к партии «Единая Россия». На сайте РПЖ была опубликована стенограмма встречи партактива с заместителем руководителя администрации президента РФ Владиславом Сурковым, который объяснил партийцам, зачем им нужно объединяться: «Нет у общества "второй ноги", на которую можно переступить, когда затекла первая. В России нужна вторая крупная партия»[80].
В октябре 2006 г. прошли съезды этих партий, которые приняли формальное решение о слиянии, в результате которого была создана партия «Справедливая Россия». Лидером новой партии был избран Миронов.
В марте 2006 г. Миронов был вновь избран представителем Законодательного собрания Санкт-Петербурга в Совете Федерации.
В марте 2007 г. он был вновь избран председателем Совета Федерации.
Начиная с 2007 г., Миронов неоднократно заявлял о близости позиций партии «Справедливая Россия» и Коммунистической партии Российской Федерации и предлагал руководству КПРФ заключить соглашение о сотрудничестве. Однако руководство КПРФ каждый раз отвергало предложения Миронова, заявляя, что «Справедливая Россия» является проектом администрации президента РФ.
Осенью 2007 г. Миронов возглавил избирательный список партии «Справедливая Россия» на выборах в Государственную думу пятого созыва. Избирательная кампания «Справедливой России» строилась на критике деятельности партии «Единая Россия», избирательный список которой в октябре 2007 г. возглавил Владимир Путин.
По результатам в декабре 2007 г. голосования Миронов был избран депутатом Государственной думы, но отказался от мандата. Партия «Справедливая Россия» получила 7,76 % избирателей и прошла в Государственную думу.
В феврале 2010 г. Миронов неожиданно заявил, что партия «Справедливая Россия» не согласна с бюджетом, который внес председатель правительства Владимир Путин, а также с предложенными им антикризисными мерами. Миронов заявил: «Говорить о том, что мы и лично я во всем поддерживаем Владимира Путина, это уже устаревшая информация». Он добавил, что «немалые противоречия» возникли и в связи с тем, что Владимир Путин возглавил оппозиционную для «Справедливой России» и «неприемлемую по идеологии, с каким-то сомнительным консерватизмом партию «Единая Россия». Эти заявления вызвали резкую критику со стороны высших руководителей партии «Единая Россия». Они заявили, что их партия, имея большинство в ЗакСе Петербурга, отзовет Миронова из Совета Федерации. Однако через несколько дней партии «Единая Россия» и «Справедливая Россия» подписали политическое соглашение о совместных действиях.
В ноябре 2010 г. Государственная дума приняла изменения в закон о порядке формирования Совета Федерации. Они отменили поправки Миронова, новый член палаты вступал в должность через десять дней после своего назначения без утверждения палатой.
В 2011 г. началось давление на позиции партии «Справедливая Россия». По словам Алексея Чеснакова, к 2011 г. Сергей Миронов, как лидер «Справедливой России», стал нарушать договоренности, которые были достигнуты с администрацией президента при создании партии. Чеснаков, в частности, заявил: «Миронов отличается своеобразным пониманием достигнутых политических договоренностей, трактуя их только в свою пользу»[81].
В марте 2011 г. во время региональной избирательной кампании партии «Справедливая Россия» в Курской области на Сергея Миронова было совершено хулиганское нападение. Нападение произошло несмотря на то, что охрану Миронова, как председателя Совета Федерации РФ, осуществляли сотрудники Федеральной службы охраны РФ[82]. Сергей Миронов связал нападение на него с деятельностью «Молодой гвардии», молодежной организации партии «Единая Россия».
В апреле 2011 г. на съезде партии «Справедливая Россия» Миронов передал пост председателя партии лидеру фракции партии в Государственной думе Николаю Левичеву.
1 мая 2011 г. Миронов, выступая на митинге в Санкт-Петербурге, заявил о том, что партия «Справедливая Россия» должна взять большинство на выборах в городское Законодательное собрание в декабре 2011 г. и тем самым «поменять власть». Руководство «Един