8 ноября 2005 г. СМИ сообщили о том, что специалисты столичной прокуратуры займутся экспертизой агитационного ролика партии «Родина» на выборах в Мосгордуму. В начале ноября этот ролик транслировался каналом ТВЦ. Сюжет ролика содержал следующие сцены: кавказцы едят на улице арбуз, разбрасывая корки, в том числе под колеса детской коляски, которую везет русская девушка. Вслед ей один из персонажей с акцентом говорит: «Понаэхали тут». К кавказцу подходит Рогозин и просит убрать корку. Тот не реагирует и тогда кандидат в депутаты Мосгордумы Юрий Попов спрашивает его, понимает ли тот русский язык. После этого Рогозин говорит: «Очистим наш город». При этом появляются титры: «Очистим наш город от грязи».
15 ноября 2005 г. мэр Москвы Юрий Лужков назвал «Родину» партией «черносотенного плана».
21 ноября 2005 г. в Московском еврейском общинном центре, в рамках серии встреч главного раввина России Берла Лазара с руководителями парламентских фракций, состоялась его встреча с Рогозиным, на которой последний отмежевался от антисемитизма и антисемитов из думской фракции «Родина».
26 ноября 2005 г. Мосгорсуд снял список «Родины» с выборов в Мосгордуму по требованию ЛДПР. ЛДПР обвинила «Родину» в использовании преимуществ должностного положения (в одной из листовок в качестве телефона избирательного штаба был указан телефон фракции в Госдуме). Кроме того, в заявлении утверждалось, что партия разжигает национальную рознь.
2 декабря 2005 г. Рогозин призвал сторонников прийти 4 декабря на свои избирательные участки и проголосовать за вычеркнутую из бюллетеня партию «Родина». По итогам выборов было зафиксировано рекордное число недействительных бюллетеней — 5,44 % (графа «Против всех» к тому времени была отменена).
4 декабря 2005 г. в Ивановской области состоялись выборы в областное Законодательное собрание. Список «Родины» на них возглавил отец Рогозина Олег Константинович (был избран).
5 декабря 2005 г. С.Бабурин и В.Шестаков провели заседание Высшего совета избирательного блока «Родина», в котором партии НВ и СЕПР имели 2/3 голосов. Было принято решение исключить Д.Рогозина из состава Высшего совета, исключить из него всех членов партии Рогозина и обратиться в Минюст с требованием аннулировать регистрацию партии «Родина». Рогозин этого решения не признал (в чем был поддержан С.Глазьевым) и в свою очередь исключил из ВС С.Бабурина и В.Шестакова. «Рогозинская» часть Высшего совета блока проголосовала за переход блока в оппозицию.
22 декабря 2005 г. Рогозина в последний момент отстранили от участия в съемках выпуска программы «Судите сами» на «Первом канале», посвященного российско-китайским отношениям. Рогозин намеревался осудить отдачу Китаю Путиным речных островов на Дальнем Востоке.
В начале 2006 г. последовала массированная кампания по снятию партии «Родина» с выборов в региональные органы представительной власти. Избиркомы и суды снимали списки партии и ее кандидатов под любыми предлогам: преждевременная агитация, предоставление недостоверных подписей, различные процедурные нарушения при проведении предвыборных региональных партконференций. Из восьми регионов, где 12 марта проходили выборы, родинцы смогли принять участие лишь в кампании в Республике Алтай. Рогозин в ряде интервью заявил, что Кремль добивается его смещения с руководящих постов во фракции и партии.
15 марта 2006 г. ГД отклонила предложение Рогозина рассмотреть на пленарном заседании обращение к главе правительства М.Фрадкову о профессиональной непригодности министров, отвечающих за экономический блок — Алексея Кудрина и Германа Грефа.
23 марта 2006 г. Рогозин выступил с заявлением об отставке со всех партийных постов. «Я уверен, что мое нынешнее решение через определенное время даст мне и моим политическим партнерам синергетический эффект», — заявил тогда Рогозин. 25 марта 2006 г. на съезде «Родины» новым лидером партии был избран А.Бабаков. 4 апреля 2006 г. думская фракция «Родина» приняла отставку Рогозина с поста сопредседателя фракции (его место занял Бабаков, а 23 мая 2006 во фракции был упразднен институт сопредседателей, и Бабаков остался единственным ее руководителем).
19 октября 2006 г. заявил, что негативно относится к слиянию «Родины», Российской партии жизни и Российской партии пенсионеров в одну партию («Справедливая Россия»),
9 декабря 2006 г. провел восстановительный съезд Конгресса русских общин, который с 2003 г. под формальным председательством С.Глазьева бездействовал. Название организации было изменено на «Родина. КРО». Был избран председателем общественно-политической организации «Родина. КРО».
12 апреля 2007 г. объявил, что он и его сторонники создают новую политическую партию для участия в парламентских и президентских выборах — «Великая Россия». Оргкомитет партии, в который вошел ряд членов руководства организации «Родина. КРО» и Движения против нелегальной иммиграции (ДИНИ), в марте 2007 г. возглавил депутат ГД Андрей Савельев.
5 мая 2007 г. на учредительном съезде политической партии «Великая Россия», председателем партии был избран А.Савельев. Рогозин формально не вошел в руководство партии. В случае регистрации партии «Великая Россия» предполагалось, что Д.Рогозин возглавит ее список кандидатов на выборах в новую Государственную думу.
8 ноября 2007 г. комитет Государственной думы по международным делам единогласно одобрил кандидатуру Рогозина на пост представителя России в НАТО. Комментируя свое назначение, Рогозин отверг предположения о «политической ссылке» в Брюссель в обмен на отказ от оппозиционной деятельности. 13 ноября 2007 г. кандидатуру Рогозина, также единогласно, одобрил комитет Совета Федерации по международным делам.
9 января 2008 г. указом президента РФ Путина был назначен постоянным представителем России при Организации Североатлантического договора (НАТО) в Брюсселе.
24 января 2008 г. заявил, что признание независимости Косова без учета мнения Сербии откроет ящик Пандоры и приведет к драматическим последствиям в мире.
23 мая 2008 г. заявил: «Продвижение НАТО на Восток за счет Украины и Грузии — красная черта наших отношений, которую эта организация не должна переступить… Если НАТО перейдет эту красную черту, то наши отношения не только ухудшатся, они кардинально изменятся».
6 апреля 2009 г. президент Медведев присвоил Рогозину дипломатический ранг чрезвычайного и полномочного посла.
С 18 февраля 2011 по декабрь 2011 гг. Рогозин — спецпредставитель президента РФ по взаимодействию с НАТО в области противоракетной обороны.
23 декабря 2011 г. назначен вице-премьером по ВПК в правительстве Путина. Остался в этой должности при формировании в мае 2012 г. правительства Медведева.
В 2011–2012 гг. конфликтовал с тогдашним министром обороны РФ Анатолием Сердюковым из-за расценок на продукцию ВПК.
С 17 января 2012 г. по сентябрь 2014 г. — председатель Военно-промышленной комиссии при правительстве РФ. С 10 сентября 2014 г. — заместитель председателя Военно-промышленной комиссии РФ (председатель комиссии — Путин), председатель коллегии комиссии.
15 февраля 2012 г. стал заместителем председателя Совета при президенте по делам казачества (председатель Совета — Александр Беглов), сохранил этот пост в новом составе Совета, утверждённом 31 июля 2012.
С 21 марта 2012 г. — специальный представитель президента РФ по Приднестровью (вновь утвержден 2 августа 2012 г.).
В мае 2012 г. добился переподчинения Гособоронзаказа из ведения Минобороны в прямое подчинение правительству, то есть под кураторство самого Рогозина.
29 сентября 2012 г. по инициативе Рогозина проведён учредительный съезд Добровольческого движения особого назначения в поддержку армии, флота и оборонно-промышленного комплекса (ДОН), во главе с председателем Сергеем Жигаревым (депутат Госдумы от ЛДПР, бывший руководитель Подмосковной «Справедливой России») и секретарём Алексеем Журавлёвым.
В 2013 г. Рогозин подписал директиву о назначении Алексея Ананьева гендиректором ОАО «Корпорация «Системы управления». Братья-миллиардеры Алексей и Дмитрий Ананьевы ранее финансировали проекты Рогозина (партия «Родина» и др.).
17 марта 2014 г. США, Евросоюз и Канада ввели в отношении Рогозина санкции. В апреле 2014 г. Швейцария, а в июне 2014 г. Австралия также включили Рогозина в свои санкционные списки.
В мае 2014 г. во время боев на востоке Украины Рогозин написал в микроблоге в твиттере: «Эх, ребята. Поменял бы сейчас, не задумываясь на миг, все свои должности на счастье быть сейчас в одном окопе с защитниками Славянска!».
В мае 2014 г. посетил во главе российской межправительственной делегации Сирию. По результатам поездки было принято решение, что Москва в 2014 г. выделит президенту Асаду 240 млн. евро для решения социальных проблем.
10 мая 2014 г. Румынии запретила использовать её воздушное пространство для перелёта Рогозина в Москву (при завершении его частного визита в Приднестровье). Рогозин пообещал вернуться в регион на борту стратегического бомбардировщика Ту-160.
В 2014 г. министр обороны Сергей Шойгу предложил президенту Путину упразднить Федеральную службу по оборонному заказу, находившуюся в ведении Рогозина — и, несмотря на противодействие Рогозина, служба была ликвидирована.
В апреле 2015 г. Рогозин побывал на о. Шпицберген, что вызвало дипломатический скандал. МИД Норвегии обратился к российским властям за разъяснением. Рогозин в твиттере написал: «После драки кулаками не машут».
С 5 августа 2015 г. — председатель наблюдательного совета Государственной корпорации по космической деятельности «Роскосмос» (Госкорпорация «Роскосмос»).
В правительстве РФ Рогозин курирует строительство космодрома «Восточный». Несмотря на все заверения Рогозина, что космодром будет построен в 2015 г. (в апреле 2012 г. заявил, что «даст зуб», если космодром не будет построен), осенью 2015 г. президент Путин констатировал, что комплекс не будет готов к запускам ракет в 2015 г. и перенес первый старт на 2016 г.