18 января 2000 г. во время выборов председателя Государственной думы РФ руководил действиями фракции «Единство»; была достигнута сепаратная договорённость «Единства», КПРФ. ЛДПР и сателлитных депутатских групп об избрании спикером Геннадия Селезнёва и разделе постов в комитетах в свою пользу, в ущерб фракциям «Отечество», «Яблоко» и СПС.
В конце марта 2000 г. провел закрытый брифинг, на котором назвал «зарвавшимися» и самыми скандальными «олигархами» Бориса Березовского и Владимира Гусинского, что было понято как намерение администрации покончить не только с оппозиционером Гусинским, но и до этого времени лояльным Путину Березовским.
После инаугурации в мае 2000 г. президента Владимира Путина был 3 июня 2000 г. вновь назначен заместителем руководителя администрации президента РФ.
В январе 2001 г. в качестве гостя присутствовал на инаугурации главы администрации Чукотского автономного округа Романа Абрамовича.
С февраля 2001 г. — член попечительского совета общественного Военного фонда.
В марте 2001 г. вошел в качестве руководителя в состав жюри конкурса творческих работ по разработке концепции и дизайна веб-сайта президента Путина.
В июле 2002 г. Суркову было поручено руководство отделом по работе с соотечественниками за рубежом, созданным в рамках управления по внешней политике администрации президента РФ.
В ноябре 2002 г. министр внутренних дел РФ Борис Грызлов стал председателем высшего совета партии «Единая Россия», что резко ослабило позиции председателя генерального совета и центрального исполкома партии Александра Беспалова. Авторство «операции по свержению Беспалова» приписывали лично Суркову. В феврале 2003 г. Беспалов потерял свой партийный пост.
30 октября 2003 г. руководителем администрации президента РФ, сменив подавшего в отставку Волошина был назначен Дмитрий Медведев. Сурков сохранил пост заместителя и объем полномочий. В апреле 2004 президент Путин провел реорганизацию администрации президента. Медведев остался руководителем администрации, у руководителя администрации осталось только два заместителя — Игорь Сечин и Владислав Сурков.
С августа 2004 г. — член совета директоров ОАО АК «Транснефтепродукт» (ТИП), 8 сентября 2004 г. избран председателем совета директоров ОАО АК «Транснефтепродукт».
После назначения в ноябре 2005 г. новым руководителем АП Сергея Собянина Сурков сохранил пост заместителя руководителя АП и объем полномочий.
В начале 2006 г. прошла кампания по снятию избирательных списков партии «Родина» на выборах в ряд региональных законодательных собраний. По информации газеты «Коммерсант», Сурков лично выезжал в некоторые регионы, чтобы добиться от местных властей отстранения партии «Родина» от участия в выборах[121].
В феврале 2006 г. покинул пост председателя совета директоров ОАО «АК «Транснефтепродукт».
26 февраля 2006 г. официальный сайт «Единой России» опубликовал стенограмму выступления Суркова перед слушателями Центра партийной учебы единороссов, в котором он отвел главную роль в развитии демократии партиям как «авангарду гражданского общества» и поставил перед «Единой Россией» задачу «не просто победить в 2007 г., а думать и о том и делать все. чтобы обеспечить доминирование партии в течение минимум 10–15 предстоящих лет».
С мая 2006 г. — член правительственной комиссии по развитию телерадиовещания.
В июне 2006 г. предложил термин «суверенная демократия» (ранее употребленный в интервью «Комсомольской правде» его протеже Василием Якеменко), противопоставив его «управляемой демократии» — политическому режим, управляемому, по его мнению, извне[122]. В сентябре 2007 г. Владимир Путин заявил, что «суверенная демократия — лозунг спорный» [123].
Летом 2006 г. профессор МГУ. член КПРФ Елена Лукьянова и адвокат Вадим Прохоров попросили генпрокурора проверить соблюдение Сурковым закона «О государственной гражданской службе» в связи с его публичным заявлением: «Мы поддерживали, поддерживаем и будем поддерживать "Единую Россию"». Заявители сочли, что эти действия подпадают под ст. 286 УК «Превышение должностных полномочий». Однако в прокуратуре посчитали, что обращение «не содержит достаточных данных, указывающих на признаки преступления, в связи с чем оснований для возбуждения уголовного дела не имеется».
В январе 2008 г. руководитель администрации президента Сергей Собянин возглавил избирательный штаб Дмитрий Медведева и ушел в отпуск на время проведения президентской предвыборной кампани. Должность и.о. руководителя администрации до мая 2008 г. занимал Сурков.
27 апреля 2008 г. издательство «Европа» и Фонд эффективной политики (ФЭП) провели презентацию книги Суркова «Тексты 97–07», в которую вошли его публичные выступления и интервью.
В мае 2008 г. после вступления в должность президента Медведева занял пост первого заместителя руководителя администрации президента РФ (руководитель — Сергей Нарышкин).
В июле 2009 г. был назначен координатором Российско-американской комиссии по вопросам гражданского общества. Известные российские правозащитники в открытом обращении к Медведеву и Обаме просили — безуспешно — пересмотреть это решение.
В 2011 г. во время избирательной кампании по выборам Государственной думы от руководства партией «Правое дело» был отстранен предприниматель Михаил Прохоров. Прохоров назвал Владислава Суркова «главным кукловодом политического процесса» и заявил, что будет добиваться от президента его отставки.
4 мая 2011 г. Элла Памфилова назвала одной из причин её ухода с поста председателя Совета при президенте по содействию развитию гражданского общества и правам человека то, что она стала «ощущать растущее с каждым днем давление со стороны Владислава Суркова»[124].
В декабре 2011 г. назначен заместителем председателя правительства РФ (первым замом руководителя АП назначен Вячеслав Володин).
В мае 2012 г. был назначен заместителем председателя правительства — руководителем аппарата правительства РФ в правительстве Медведева.
Был членом президиума правительства РФ.
Возглавлял следующие комиссии при правительстве:
— Правительственная комиссия по вопросам реализации Федерального закона «О бесплатной юридической помощи в Российской Федерации»;
— Комиссия по вопросам религиозных объединений при правительстве Российской Федерации;
— Комиссия правительства Российской Федерации по законопроектной деятельности;
— Аттестационная комиссия правительства Российской Федерации;
— Комиссия по организации подготовки управленческих кадров для организации народного хозяйства Российской Федерации;
— Правительственная комиссия по развитию телерадиовещания;
— Правительственная комиссия по проведению административной реформы;
— Правительственная комиссия по внедрению информационных технологий в деятельность государственных органов и органов местного самоуправления.
Являлся заместителем председателя (Медведева) в следующих советах при правительстве:
— Правительственный совет по развитию отечественной кинематографии.
С 2012 г. — член попечительского совета Сколковского института науки и технологий (Сколтех).
Выступал против принятия закона, запрещающего госслужащим владеть недвижимостью за рубежом.
1 мая 2013 г., выступая с лекцией в Лондонской школе экономики, утверждал, что следователи Следственного комитета (СК) России, несмотря на возбужденное уголовное дело, не располагают доказательствами о хищениях в инновационном центре «Сколково», и посоветовал силовикам не торопиться с выводами о виновности отдельных подозреваемых. 7 мая 2013 г. в газете «Известия» вышла статья пресс-секретаря СК Владимира Маркина с критикой лондонского выступления Суркова. Самого Суркова генерал аттестовал как «куратора особо эффективных менеджеров», который предпочитает «выступать с арией московского гостя» в британской столице «среди целевой аудитории».
8 мая 2013 г. президент Путин удовлетворил прошение Суркова об отставке.
20 сентября 2013 г. был назначен помощником президента РФ. Ему было поручено курировать отношения с Северной Осетией и Абхазией.
21 марта 2014 г. США ввели в отношении Суркова санкции. В 2014 г. был включен в санкционные списки ЕС, Канады, Австралии и Швейцарии.
С 2014 г. занимается вопросами «урегулирования» ситуации на востоке Украины в интересах Кремля. Куратор «гражданской вертикали» Кремля в непризнанных республиках, возникших на территории Донецкой и Луганской областей Украины.
В 2014–2015 гг. — член Государственной комиссии по вопросам социально-экономического развития Республики Крым и г. Севастополя.
Председатель попечительского совета Московского физико-технического института. Был членом попечительского совета театра Et cetera.
Увлекается написанием симфонической музыки и рассказов. Пишет стихи и песни.
В 2003 г. был выпущен альбом группы «Агата Кристи» «Полуострова», в котором автором 11 песен был Сурков. В торговую сеть альбом не поступил, а был раздарен друзьям. Продюсером проекта выступил депутат Государственной думы (от ЛДПР, позже перешел в ЕР) Константин Ветров. Суркову приписывают авторство романа «Околоноля», о тотальной коррупции в российском парламенте, силовых структурах и СМИ, вышедшего в июле 2009 г. под псевдонимом Натан Дубовицкий специальным приложением к журналу «Русский Пионер».
Сурков выведен Сергеем Доренко под собственным именем в романе «2008».
Награждён Орденом «За заслуги перед Отечеством» III степени (2003); Орденом Почета (2012).
Владеет английским языком.
Женат вторым браком; жена Дубовицкая Наталия Васильевна была замгендиректора по связям с общественностью ОАО «Группа промышленных предприятий РКП» и совладелицей ряда крупных крахмальных заводов (в частности, ОАО «Крахмало-паточный завод «Новлянский» и ОАО «Ибредькрахмалпатока»), в 2011 г. проданных группе «Астон» Вадима Викулова; когда-то работала секретарем в «Менатепе».