В тех местах Амударьи, где окажется необходимым и удобным, русские имеют право устраивать свои пристани и склады для товаров.
Все города и селения Бухарского ханства отныне открыты для русской торговли. Торговые обязательства между русскими и бухарцами должны быть исполняемы свято и ненарушимо.
Русским подданным наравне с бухарскими подданными предоставляется право заниматься в бухарских владениях разными промыслами и ремеслами, допускаемыми шариатом.
Русским подданным предоставляется право иметь в ханстве недвижимое имущество, покупать дома, сады и пашни, равно как и бухарским в России.
В угоду Государю императору Всероссийскому и для вящей славы Его Императорского Величества, Высокостепенный Эмир Всеид– Музафер постановил: отныне в пределах бухарских прекращается на вечные времена постылый торг людьми, противные законам человеколюбия».
В 1893 году Бухарское ханство было включено в русскую таможенную черту. Во всех городах ханства и пограничных пунктах были построены российские таможни, подчинявшиеся Санкт-Петербургу. Бухарский эмират потерял остатки политической самостоятельности.
В 1710 году из Бухарского ханства выделилось Кокандское, просуществовавшее до 1876 года. Кокандские ханы стремились предать своей династии блеск древности. По преданию, знаменитый султан и потомок Тамерлана Бабур направлялся с Самарканда в Индию. В феврале его жена родила сына, который вырос в узбекском племени минг. Один из его потомков в 1732 году основал город Коканд, ставший столицей нового государственного образования. Молодому Коканду удалось отбиться от Бухары, кокандцы несколько раз захватывали Самарканд, Ходжент, Шахрисабз. К 1760 году состав Кокандского ханства входили Андижан, Наманган, Маргелан с округами.
Наибольшего политического значения Кокандское ханство достигло при ханах Алиме (1800–1808), Омаре (1809–1822) и Мухаммеде-Али (1822–1842). Алим-хан завоевал Ходжент, Куляб, Чимкент, даже Ташкент, 15 раз ходил на Ура-Тюбе. Омар-хан завоевал всю Туркестанскую область. На правом берегу Сырдарьи он построил крепости Кумыш-Курган, Ак-Мечеть, Пиш-Пек. Мухаммед-Али распространил влияние Коканды на Памир. В 1842 году он был убит бухарским эмиром Насруллой. Кокандское ханство попало под власть Бухары, но не надолго. В 1852 году независимость Коканду вернул Худояр-хан, правивший до 1875 года.
Кокандское ханство занимало совершенно замкнутую долину, с трех сторон окруженную почти неприступными горами Тянь-Шани. По всей плодородной и прекрасной Ферганской долине текла река Нарым, после впадения в нее реки Джумгал, называвшаяся уже знаменитая Сырдарья. Караванные пути были проложены на Ташкент, Ходжент и Кашгар. Горные вершины были всегда покрыты вечным снегом, а внизу, в долине росли почти тропические растения. В Ферганской долине не было удушливой жары, система арыков делала все земли долины орошаемыми. Кокандцы дважды в год получали урожаи пшеницы, ячменя, проса, сорга. В долине в изобилии росли разные плодовые деревья. Хлопок, виноград, шелковичные деревья, табак давали обильные урожаи. Путешественники XIX века называли Ферганскую долину «алмазом в песчаной оправе».
Население долине, в основном узбеки и киргизы во второй половине XIX века достигла миллиона человек. В Коканде в двадцати тысячах домов жили восемьдесят тысяч человек. Русский путешественник писал о Коканде этого времени:
«Улицы чисты, широкие. Нередко, посередине по обоим сторонам улицы идут бульвары, обсаженные в несколько рядов деревьями. Много домов из жженного кирпича. Особенно красят город вековые деревья, карагачи.
В центре города по обычаю Востока помещается урда – крепость, служащая дворцом для хана и его двора. Главным воротам, отличающимся необыкновенно красивой и искусной резьбой по дереву, идет пологая каменная лестница. Урда построена для личной защиты хана, который, опираясь на нее и на преданных сарбазов, может безнаказанно предаваться всем неистовствам деспотизма. Не смотря на эти меры, жизнь ханов далеко не находится в безопасности, что доказывается историей среднеазиатских государств, представляющей непрерывный ряд убийств и заговоров против власти. Ханы понимают это. Часовые обязаны всю ночь играть на свирели – это доказывает, что они не спят.
Кокандский базар по величине, чистоте и хорошему устройству далеко превосходят ташкентский. Всех лавок в городе около пятисот. Город делится на двенадцать частей, по числу городских ворот. Он обнесен стеной в пять метров высотой и в пять толщиной».
Для караванных перевозок использовали только двугорбых верблюдов, поднимавших до трехсот килограмм. Для недальних перевозок использовали ишаков, поднимавших до ста килограмм. Из Коканды в Бухару караваны шли двадцать, до Кашгара семь дней.
Главными занятиями кокандцев были земледелие, хлопководство, шелководство. Переработкой сырья занимались тысячи производств, имевших по два-три станка. Тысячи верблюдов вывозили десятки тысяч пудов хлопка и шелка, вино, щербеты, сухофрукты. В обширных садах в изобилии плодоносили груши, сливы, яблоки, вишни, персики, орехи, миндаль, десятки сортов винограда. У домов высились громадные дубы, чинары, вязы, тополя.
Коканда находилась на перекрестке торговых путей, соединявших Россию и средне-азиатские ханства с Китаем. Он контролировал всю транзитную торговлю центральной Азии. Только через Коканд в Кашгар шли русские сталь, железо, сукно, кожа.
В 1853 году русские войска взяли Ак-Мечеть. Через десять лет регулярная армия Российской империи выступила в Туркестанский поход. Летом 1864 года русские полки взяли Аулие-ата и осадили Чимкент, защищавшимся кокандским войском. В сентябре 1864 года Чимкент был взят войсками генерала П. Черняева. Кокандцы писали, что потеряли при штурме три тысячи защитников.
Алимкул-хан деятельно готовил Ташкент к обороне. В городе на крепостных стенах стояло сотни пушек. Было налажено производство ружей, изготавливающихся тысячами. В кровавом бою при Шур-Тюбе кокандцы были разбиты русскими войсками, в ночь на 15 июня взявшими и Ташкент. В Ферганскую долину вошли войска бухарского эмира, пытавшегося присоединить Коканд к Бухаре. Худаяр-хан заключил союз с эмиром.
В 1866 году войска бухарского эмира были разбиты русскими в урочище Ир-Джар. Город Ура-Тюбе перешел во власть России, Бухарское и Кокандское ханства были разделены. Кокандское ханство делилось на вилайеты и бекства, которые управлялись хакимами и беками. Бекства разделялись на аминства или аксакайства, обычно состоявшие из большого аула или кишлака. Подати взимались зерном, одеждой и деньгами. Дважды в год хакимы и беки платили налоги в ханскую казну. Хан также получал деньги со своих собственных уделов. Ему полагался и «зякат» – подать, взимывшаяся с товаров, капиталов и даже со скота, составлявшая 2, 5 % от их стоимости. Сборы налогов, да и вся система управления были пронизаны доносами, наушничеством, хищениями, лихоимством, взяточничеством. Историки отмечали, что девиз ханского правительства был – «Урвать!» Худаяр-хан лично занимался ростовщичеством.
Главную политическую силу в Кокандском ханстве представляла «партия старины», состоявшая из военных и чиновников. Российский разведчик докладывал в Ташкент, уже ставший центром Туркестана:
«Во главе партии стоит некто Шир-Али-би, старик 65 лет, широкоплечий, огромного роста мужчина, со зверским лицом. Отличный наездник и рубаха, он при обрел славу знаменитого батыра. О его подвигах свидетельствуют 14 ран, полученных им в боях против русских. Многие из этих ран весьма опасны, и суеверный народ придает сверхъестественную силу и живучесть батыру, считая его заколдованным. Он сам, показывая сои раны, намекает на свою неуязвимость. Шир-Али гордится своей ненавистью к русским и подвигами своего двадцатилетнего сына, уже имеющего рану, полученную им при защите Ташкента. Он занимает второе место в ханском совете и имеет название начальника конницы.
Партия старины тяготеет к Бухаре. В народе заметно сильное стремление к Кашгару. Вообще, население ханства состоит из элементов враждебных. Духовенство, народ, хотя грубый и необразованный, но дорожащий своей независимостью, стремление к Бухаре и тяготение к Кашгару, беспрерывное волнение киргизов и кипчаков, гроза, всегда готовая разразиться, – вот те подводные камни, между которыми должно лавировать ханское правительство. Все эти партии сходятся между собой только в одном – в ненависти ко всему иноземному. При этих условиях трудно образоваться сочувствию к русским».
Уже до 1870 года к России были присоединены Самарканд, часть Ферганской, Семереченской и Сырдарьинской областей. В феврале 1876 года Кокандское ханство было ликвидировано. Его земли вошли в состав Российской империи как Ферганская область Туркестанского генерал-губернаторства.
Басмаческие отряды (тюрк. «басмач» – «нападение, налет») появились на территории Средней Азии намного раньше, чем Российская империя. Это было не организованное движение, каким басмачество стало после 1917 года, а небольшие разбойничьи шайки. Только после Октябрьской революции и прихода к власти большевиков В.И. Ульянова-Ленина басмачество стало массовым движением, целью которого стало свержение Советской власти в Средней Азии. С 1918 по 1925 год басмачи были главными в общественной и политической жизни Средней Азии. До сих пор басмаческое движение является наименее изученным в её истории.
Количество разбойных нападений в самом начале XX столетия составляло менее пятидесяти случаев в год – в плодородной Ферганской долине. Царский чиновник докладывал в столицу империи:
«Необходимо отметить, что разбои и грабежи совершаются исключительно туземцами, иногда лишь, очень редко, их участниками являются кавказские выходцы, ещё реже русские. При этом кавказцы и русские действуют самостоятельно, не входя в соглашение с туземными разбойниками. Последние же производят открытые разбойные нападения, действуя многочисленными шайками. Нападения совершаются почти исключительно на дома зажиточных туземцев».