Хапиру упоминаются во множестве шумерских, аккадских, египетских, хеттских, митаннийских и угаритских источников между 1800 и 1100 г. до н. э. в качестве бродяг, мятежников, изгнанников, разбойников, рабов, наёмников и т. п. Само слово возникло в северо-западносемитской языковой среде, из которой оно было заимствовано в аккадский язык в виде ḫāpiru (m). Иногда в качестве синонима для него используется собственно аккадское слово ḫabbātu (m), означающее «грабитель» или «разбойник». Однако чаще всего в аккадских текстах оно передаётся шумерограммой SA.GAZ, состоящей из компонентов со значением «жилы» + «резать», которую можно условно перевести на русский язык как «головорез». Ввиду красноречивости аккадского и шумерского соответствий слову хапиру представляется малоубедительной его распространённая этимология из западносемитского корня «pr — «пыль» (покрытые пылью = бродяги).
Имеется довольно большое число упоминаний хапиру в письмах на аккадском языке из Амарнского архива (XIV в. до н. э.), адресованных египетским фараонам вассальными правителями Сиро-Палестины. В большинстве из них используется шумерограмма SA.GAZ, в некоторых — слово ḫāpiru (m). Начальный звук ḫ в аккадской передаче этого слова не является оригинальным. Он появился вследствие того, что ещё в дописьменный период аккадский язык утратил все гортанные согласные кроме ḫ (и ’ в некоторых положениях), поэтому гортанные звуки в словах, заимствованных из других семитских языков, аккадяне могли передавать только при помощи ḫ. В западносемитском же оригинале слова хапиру начальным согласным был ‘ (айн), о чём свидетельствует передача этого слова в угаритском («pr) и египетском языках, которые этот гортанный звук сохраняли. В египетских источниках XV — XII вв. до н. э. слово хапиру передаётся как «pr. w: корень «pr + формант множественного числа w (перепёлка) + детерминатив «множество людей» (сидящий на корточках человек и три черты).
Таким образом, в качестве западносемитского оригинала слова хапиру мы получаем трёхсогласный корень ‘-b/p-r, который полностью соответствует корню «br, лежащему в основе этнонима «еврей». Глагольный вид этого корня, согласно масоретской вокализации «aḇar, означает «пересекать», «переходить», «нарушать», «совершать преступление». Бытует точка зрения, согласно которой производное от этого глагола прилагательное «iḇri («еврей») служило обозначением для кочевых аморейских племён, переселявшихся из Месопотамии в Сиро-Палестину, потому что при этом переселении они пересекали реку Евфрат. Однако, ввиду тождества корня этого слова с корнем слова хапиру, гораздо более вероятно, что в основе слова «iḇri лежит более отвлечённый смысл — «совершать преступление», а само оно означает «преступник», «разбойник» и, таким образом, по смыслу полностью соответствует аккадскому и шумерскому эквивалентам слова хапиру.
Предположение это подтверждается особенностями использования слова «еврей» в ЕБ. Во-первых, оно употребляется очень редко. В текстах Еврейской Библии слово «iḇri и производные от него встречаются всего лишь 34 раза (Быт. 14, 13; 39, 14, 17; 40, 15; 41, 12; 43, 32; Исх. 1, 15, 16, 19; 2, 6, 7, 11, 13; 3, 18; 5, 3; 7, 16; 9, 1, 13; 10, 3; 21, 2; Втор. 15, 12; Иер. 34, 9, 14; 1 Цар. 4, 6, 9; 13, 3, 7, 19; 14, 11, 21; 29, 3; Ион. 1, 9). Во-вторых, оно почти всегда используется при описании столкновений между евреями и инородцами, т. е. имеет черты экзонима. В-третьих, персонажи, к которым оно применяется, это почти всегда живущие на чужой земле бродяги, рабы, мятежники, наёмники, беглецы, т. е. люди, находящиеся вне обычного правового поля. Трудно признать случайным совпадение этого набора смыслов с набором смыслов, которые во II тысячелетии до н. э. вкладывались в слово хапиру.
Совпадение формы и содержания позволяет заключить, что этноним «еврей», по всей видимости, действительно связан по своему происхождению со словом хапиру, восходящему к западносемитскому корню ‘-b/p-r. Малодоступное Иудейское нагорье, где в эпоху позднего бронзового века возникло ханаанейское племенное объединение Израиль, должно было быть привлекательным в качестве убежища для хапиру. Вероятно, из-за их значительного количества, обосновавшегося там, всё население Израиля стало у его соседей называться их именем. Это название, первоначально бывшее экзонимом, постепенно было усвоено самими израильтянами и стало использоваться ими в некоторых случаях применительно к себе.
Помимо того, что Иаков и Израиль изначально были праотцами двух разных племён, представление о происхождении евреев от общего мужского предка, жившего во II тысячелетии до н. э., опровергается данными современной генетики. Исследование ею Y-хромосомы позволяет установить происхождение по мужской линии любой человеческой популяции в зависимости от распространённых в ней гаплогрупп. Среди современных евреев наиболее распространены переднеазиатские мужские гаплогруппы J1 (ок. 20 %), J2 (ок. 25 %) и E1b1b (ок. 25 %), остаток же приходится на смесь европейских и азиатских гаплогрупп R1a, R1b, G, Q1 и др. Из них коренной семитской является гаплогруппа J1, которая широко распространена у арабов (йемениты — 76 %, саудиты — 64 %), а также преобладает у когенов, считающих себя потомками жрецов Иерусалимского храма (46 %). Гаплогруппа J2, по всей видимости, возникла севернее, чем J1, предположительно в восточной Анатолии. Она чаще всего встречается у вайнахов (ингуши — 87 %, чеченцы — 55 %), с меньшей частотой также у других переднеазиатов. Её носителями являются 14 % когенов. Гаплогруппа E происходит с северо-востока Африки. Она отделилась от гаплогруппы J примерно 30–40 тысяч лет назад. J, в свою очередь, разделилась на J1 и J2 позже, но в любом случае за многие тысячи лет до предполагаемого времени жизни патриарха Иакова-Израиля. Из современных евреев на происхождение от общего мужского предка, жившего во II тысячелетии до н. э., могут претендовать лишь считанные проценты.
Генетика также внесла коррективы в представление о передаче еврейства преимущественно по женской линии. Оказалось, что у европейских евреев-ашкеназов (с численностью примерно в 10 миллионов человек преобладающих среди современного еврейства) более 80 % материнских линий имеют европейское происхождение, причём абсолютное большинство из них — южноевропейские, а точнее — итальянские. Лишь ок. 8 % их материнских линий имеют ближневосточное происхождение, а ок. 10 % не поддаются точному определению. Что касается отцовских линий ашкеназов, то среди них, наоборот, преобладают ближневосточные. Данные отцовских и материнских гаплогрупп подтверждаются аутосомными генами, по которым ашкеназы почти ровно половина на половину являются смесью переднеазиатов с (преимущественно южными) европейцами. Из этого следует вывод, что основу ашкеназов заложили еврейские выходцы с Ближнего Востока, в начале нашей эры переселившиеся (или переселённые в качестве пленных) в Италию и взявшие в супруги местных женщин.
Вернёмся теперь в более отдалённое прошлое. Итак, по всей вероятности, Израиль возник к концу XIII в. до н. э. в качестве местного ханаанейского племенного объединения, в которое в XII в. до н. э. влилось некоторое количество семитских выходцев из Египта, принёсших с собой предания о жизни в Египте, бегстве из него и заключении по пути из Египта в Ханаан завета с богом Яхве. Если не считать этих привнесённых извне преданий, народ Израиля оставался по своей культуре и религии ханаанейским и продолжал говорить на наречии ханаанейского языка, из которого со временем развился еврейский язык.
Согласно девтерономической истории, ок. 1000 г. до н. э. израильские колена объединились и создали мощное государство со столицей в Иерусалиме во главе с царём Давидом. Давида на престоле сменил его сын Соломон, при котором Израиль достиг невероятного политического, экономического, военного и культурного расцвета. После смерти Соломона начались смуты, вследствие которых из-под власти Иерусалима вышли десять северных колен, образовавших отдельное, собственно Израильское царство. Однако существование державы Давида и Соломона опровергается данными археологии, которая не обнаруживает на Иудейском нагорье никаких следов развитой государственности в Х в. до н. э. Особенно ярко противоречия между утверждениями ЕБ и данными археологии видны на примере Иерусалима. В городе, который, согласно девтерономическому историку, был баснословно богатой столицей огромной империи, археологи не находят ничего кроме черепков примитивной глиняной посуды.
Свидетельства археологии подтверждаются письменными данными. Существование державы Давида и Соломона не отмечено ни в одном современном ей тексте. Например, египетский фараон Шешонк I (940—920-е гг. до н. э.) в надписи из Карнакского храма рассказывает о своём военном походе в Ханаан. Об этом же походе сообщает Еврейская Библия, что является первым упоминанием в ней об историческом событии, подтверждаемым внешним источником: «На пятом году царствования Ровоамова, Сусаким (šišaq), царь Египетский, поднялся против Иерусалима и взял сокровища дома Яхве и сокровища дома царского. Всё взял; взял и все золотые щиты, которые сделал Соломон» (3 Цар. 14, 25–26). При этом в собственной надписи Шешонка, перечисляющей 150 взятых им в Ханаане городов, Иерусалима нет. Ближайшим к нему городом, упомянутым египетским фараоном, является Гаваон, находившийся в 10 км к северу от Иерусалима. Было бы очень странно, если бы при перечислении множества мелких городов Шешонк не упомянул взятую им столицу могущественного царства, которой, по утверждениям ЕБ, являлся Иерусалим. Причина странной забывчивости египетского правителя в том, что на самом деле Иерусалим в его время был лишь незначительным бедным поселением, управлявшим разве что своей непосредственной округой. «Объединённое царство» Давида и Соломона является не более чем вымыслом поздних иудейских авторов, стремившихся с его помощью обосновать претензии Иерусалима на власть над всеми еврейскими землями.
Судя по археологическим данным, первым еврейским государством было Израильское царство, возникшее в конце X в. до н. э. Его возникновению предположительно способствовал поход Шешонка, подорвавший силы богатых и развитых ханаанейских городов Иезреельской долины, что позволило обитателям «горы Ефремовой» ими овладеть. Согласно девтерономической истории, первым царём Израиля был Иеровоам из колена Ефремова, которому предание приписывает основание главных израильских святилищ в Вефиле и Дане. Первая столица Израильского царства находилась в Сихеме, потом она переместилась в Фирцу. Наконец, ок. 880 г. до н. э. захвативший царский престол Омри (Амврий) перенёс столицу в Самарию. Омри стал подлинным основателем израильского великодержавия — даже после гибели его династии ассирийцы называли Израиль «домом Омри», а израильских царей — «сынами Омри». Омри также упоминается в надписи моавитского царя Меши IX в. до н. э.