ненадолго в столицу, царь поселился не в Кремле, а на Опричном дворе, за рекой Неглинной, на Воздвиженской улице. Квадратный, огромных размеров (около 8 гектаров) двор был обнесен высокой каменной стеной и охранялся надежнее, чем сам Кремль. Но после московского пожара 1571 года Грозный перебрался в Вологду. А после начавшегося морового поветрия он уехал и из Вологды, оставив на память о себе недостроенный каменный собор и обширнейшие подземелья. Зачем были построены подземелья? Бог весть.
В Москве Грозный бывал наездами и окончательно вернулся лишь в 1581 году, за три года до смерти. После убийства сына, как писали очевидцы, он находился в «смутном разуме», и, что он сделал с библиотекой, сказать сложно. Но, по всей видимости, она вернулась в Москву, и этому есть косвенные доказательства.
Когда дьяк Макарьев по заданию дочери царя Алексея Михайловича Романова Софьи исследовал подземные ходы Кремля, он увидел в тоннеле, ведущем из Тайницкой башни через весь Кремль под Арсенальную, в одном из подвалов, через маленькое окошко над железной дверью, камеру размером 6 на 9 метров, забитую полностью сундуками. Но царевна велела Макарьеву об этом молчать, что он и делал, пока Софья была жива. И только перед собственной смертью рассказал о необычной находке звонарю с Пресни Конону Осипову.
Когда же по приказу Петра I в Кремле копали рвы для фундамента Арсенала, Осипов нашел в одном из мест перекрытие этого тайника и написал «доношение» Петру о подземных палатах, на которых «замки вислые превеликие, печати на проволоке свинцовые, и у тех палат по одному окошку, а в них решетки без затворок».
С разрешения главы Преображенского приказа князя Ромодановского начались раскопки. Под Тайницкой башней Осипов расчистил две лестницы, но для продолжения раскопок надо было укреплять своды подземной галереи. Почему-то подьячие, приставленные к искателю либереи, далее идти ему не велели.
В 1724 году пономарь повторил свое «доношение о драгоценной поклаже», и Петр I приказал провести тщательные розыски. Но из-за смерти императора работы быстро остановились.
При царице Анне Ивановне Осипов вновь получил разрешение и попытался найти подземный ход с земли. Ничего не нашли, а потом и вовсе за Кононом Осиповым обнаружилась недостача казенных денег. Было решено, что он развил столь бурную деятельность, дабы избежать претензий начальства, и поиски прекратили.
Тут стоит решить несколько вопросов. Доверяя словам Осипова, нужно признать, что скорее всего дьяк Макарьев обнаружил в кремлевских подвалах именно легендарную либерею. Что еще могло храниться в сундуках за свинцовыми пломбами? Казна? Она, естественно, находилась в деле и под присмотром. Посуда, ткани или одежда? Зачем было устраивать такие сложности? Понятно, что ответ может быть только один — книги. Но ошибка Осипова, пожалуй, оказалась в том, что он, узнав о местонахождении тайника, не обратил внимания на то, что Софья сначала велела Макарьеву провести розыски, а потом о найденном молчать. Искала она, скорее всего, легендарную библиотеку, услышав, возможно, от отца или деда о том, что и Борис Годунов, и специальные послы Ватикана в свое время искали ее именно в Кремле.
Канцлер из Речи Посполитой Лев Сапега и дипломат, ученый-филолог Петр Аркудий, прибыв ко двору Годунова из Рима, расспрашивали окружающих о греческих рукописях. А чуть позже газский митрополит Паисий Лигарид (современники впрямую называли его агентом папы римского) просил у царя Алексея Михайловича дозволить ему свободный вход в «книгохранилища для рассмотрения греческих и латинских сочинений», но разрешения так и не получил.
И, если Софья искала библиотеку, значит у нее была какая-то цель. Скорее всего, книги куда-то перенесли, о чем дьяк Макарьев уже не знал, так как для нового дела оказался нехорош. Софья права: если поиски клада следует поручать авантюристу, коим, скорее всего, и являлся Макарьев, о чем уже можно сделать выводы по кругу его общения (вор и кладоискатель Осипов), то прятать ценности лучше поручать людям прямо противоположного склада. В выборе вторых, как видим, Софья не ошиблась, и потерянной либерее стоит дать имя не Ивана Грозного, а Софьи…
Поиски библиотеки продолжились в XIX веке, и начал делать это Наполеон, большой любитель древностей. Но, очистив за пять недель своего московского сидения бывшую столицу от различных ценностей, он так и не смог обнаружить в кремлевских подвалах след легендарной либереи.
Спустя несколько десятилетий поиски продолжил Фридрих-Вальтер Клоссиус, коллега Дабелова, опубликовавший его список. Он считал, что библиотека не сокрыта в земле, а разошлась по другим российским книжным собраниям. По высочайшему дозволению, которого добивался несколько лет, Клоссиус исследовал все знаменитые российские собрания, но не смог найти никаких следов книг, оставшихся России от Палеологов. Это еще раз подтверждает то, что библиотека была спрятана Софьей очень хорошо и, как видим, надолго. И лучшее доказательство тому, что она где-то на территории России, — это отсутствие легендарных книг на мировых аукционах и в любых библиофильских коллекциях. Исследования Клоссиуса — уже в 60-х годах XX века — повторил известный советский академик Михаил Тихомиров, создавший комиссию по поискам библиотеки Грозного. Он считал, что она может находиться в рукописных собраниях Исторического музея и Библиотеки Академии наук. Но тоже, как и его предшественник, он ничего не смог найти.
Руководителем следующей экспедиции стал страсбургский ученый Эдуард Тремер. Искатели прошли по местам уже исследованным Кононом Осиповым, но тоже ничего не смогли найти. Тремер считал, что книги могут быть в подклеточном этаже Теремного дворца, возведенного как раз на белокаменных погребах. Единственной находкой стала небольшая дворцовая церковь, обнаруженная в Теремном дворце под мусором и бочками с дегтем.
Затем, уже в конце XIX века, поиски продолжились под руководством директора Исторического музея князя Н. С. Щербатова. Тогда были раскопаны двухъярусные подземелья под Троицкой башней, расчищен от глины и мусора ход, соединявший Угловую Арсенальную и Никольскую башни, подземный ход и палату, найденные у Никольской башни. Но библиотеку не нашли. Все архивы Щербатова позже конфисковала ЧК, и они сами сгинули в ее бездонных подвалах.
Возобновил поиски библиотеки известнейший ученый и первый московский диггер Игнатий Яковлевич Стеллецкий. В феврале 1912 года он создал историческое общество, «ставящее своей задачей изучение подземной Москвы. В первую очередь обществом будут продолжены уже начатые раскопки в Кремле, на Девичьем поле, а затем начнется исследование Китай-города. По имеющимся у учредителей общества сведениям, сохранились подземные ходы в Богословском переулке, на Большой Дмитровке и под домом князей Юсуповых у Красных ворот.
Последние годы вряд ли будут доступны для исследования ввиду отрицательного отношения домовладельцев к раскопкам… Комиссия по исследованиям подземных сооружений при Московском обществе по исследованию древностей разрабатывает план так называемой „подземной Москвы“. Древние подземные ходы в Москве образуют сеть, мало еще исследованную. Пока обнаружены подземные ходы между Новодевичьим монастырем и мануфактурой Гюбнера, под Донским монастырем, Голицынской больницей и Нескучным садом… Обнаружены еще и другие подземные ходы, по-видимому стоящие отдельно от общей сети».
Комиссия Стеллецкого обследовала подвалы зданий XVI–XVIII веков, где обнаружились замурованные арки. Две из них, в церкви Гребневской Божией Матери и в доме Консистории, были вскрыты, но ходы оказались забитыми окаменевшей глиной и землей. Для их расчистки требовались немалые средства, которых комиссия не имела. А в 1916 году Стеллецкого мобилизовали на Кавказский фронт, и комиссия вовсе прекратила свое существование.
Искать библиотеку Стеллецкий начал в 1914 году и даже добился разрешения на изучение подземелий кремлевских башен, но едва начатые работы из-за Первой мировой войны и революции пришлось прекратить. Вернувшись в 1923 году в Москву, он хотел продолжить поиски, но разрешения на работы в Кремле никто не давал. Кремль в те годы, стоит напомнить, был целиком закрыт, и пускать туристов в него начали только при Хрущеве. В 1933 году Стеллецкий подал докладную записку лично Сталину, и тот разрешил начать раскопки.
Комендант Кремля Р. А. Петерсон попросил археолога изложить письменно, что же, по его мнению, представляет собой подземный Кремль. «Из царских теремов, где-то из подвала, — объяснял Стеллецкий, — был спуск в подземелье — большую подземную палату, в какую расширялся ход (тоннель) между Благовещенским, Архангельским и Успенским соборами. Палата была наполнена ящиками с книгами, под нею имелось нижнее помещение. (Веттерман говорил о подвалах с „двойными сводами“, таковые в Кремле были встречены под Троицкой башней, из нижнего яруса подвалов шел подземный ход в Кремль.)…От библиотечной палаты ход направлялся в два противоположных конца: к Тайницкой и Собакиной (Угловой Арсенальной) башням.
Воротам наземным из Кремля соответствуют подземные: под Москву-реку из Тайницкой башни, в Китай-город из Спасской башни (через храм Василия Блаженного), из Никольской башни под Исторический музей, в сторону Охотного Ряда и Дмитровки и к Неглинке из Троицкой башни…На первом месте должны быть поставлены и в ударном темпе исследованы башни Угловая Арсенальная, Троицкая и Успенский собор, и вот почему.
Из Угловой Арсенальной башни… идут выходы за Кремль через соседние башни — Никольскую и Троицкую. Из этих двух в качестве первоочередной необходимо избрать Троицкую, так как из нее… должен быть выход в Занеглинье. В наличии такого хода не сомневался и Щербатов в 1894 году. За наличие здесь последнего говорит, наконец, и решение Ивана Грозного „осесть“ Опричным двором как раз напротив Троицкой башни. Очевидно, ее готовым тайником к реке, а не под нее собирался воспользоваться Грозный. Под самую Неглинку, на соединение с каменным ходом, ведшим к реке, деревянный подземный ход наспех соорудил уже сам Грозный. Признаки этого хода мною обнаружены были в трех местах по линии его прохождения на месте бывшего Опричного двора к Троицким воротам.