Сербия попала под контроль штаба генерал-фельдмаршала Вильгельма Листа, находившегося в Греции. Три дивизии LVI корпуса генерал-лейтенанта Пауля Бадера были плохо обучены и недостаточно оснащены. Получив приказ отвечать репрессиями, они прибегли к расстрелам главным образом уже пойманных евреев. Но казни жителей сел, находившихся недалеко от мест партизанских засад, играли только на руку партизанам-коммунистам, число которых быстро росло за счет тех, кто хотел отомстить за смерть своих близких.
Генерал-фельдмаршал Кейтель в OKW потребовал жестоких репрессий. Соотношение было увеличено до ста сербов за каждого убитого немца, так как считалось, что «балканские мозги» способны понять только насилие. В сентябре состоялось большое наступление карателей, усиленных 342-й пехотной дивизией. Местные немецкие командиры снова решили начать расстрелы захваченных евреев. Так, в середине октября 1941 г. около 2100 евреев и цыган были расстреляны в отместку за убийство партизанами двадцати одного немецкого солдата. Это было первое массовое убийство евреев за пределами Советского Союза и Польши.
Партизанскими нападениями руководил Иосип Броз, носивший псевдоним Тито – толковый организатор, направленный Коминтерном в Испанию во время Гражданской войны. Тито – сильный политик, человек мужественный и красивый, возродил Компартию Югославии. Он был твердо уверен, что коммунисты должны всюду помогать своим товарищам в Советском Союзе. Интернационализм партии помог избежать худших форм национально-религиозного раскола Югославии, где есть и хорваты-католики, и сербы-православные, и боснийцы-мусульмане.
Конкурирующее движение Сопротивления – четники во главе с генералом Дражей Михайловичем – состояло почти исключительно из сербов. В очках, бородатый и мрачный, Михайлович, который больше походил на православного священника, чем на военного, не мог составить конкуренцию харизматическому лидерству Тито. Он стремился наращивать силы, готовясь к тому дню, когда высадятся союзники, чтобы присоединиться к ним и восстановить на троне молодого короля Петра ІІ. Он правильно предвидел, что Тито собирается использовать партизанскую войну, чтобы с приходом Красной Армии захватить власть в стране. Михайлович не хотел раздражать немцев, но, вопреки коммунистической пропаганде, его силы иногда все же нападали на оккупантов. Другие группы, также называвшие себя четниками, тесно сотрудничали с немцами и марионеточным правительством генерала Милана Недича. И эта путаница позже помогла коммунистам очернить Михайловича в глазах англичан.
Но смертельная опасность в гражданской войне, разгоравшейся в Югославии, исходила от крайне враждебных по отношению к сербам и евреям хорватских усташей. Хорватское «государство» Анте Павелича было верным союзником немцев, а усташи развязали настоящий террор в крае. Более полумиллиона югославов были убиты за время войны между конкурирующими силами.
За новыми нападениями партизан следовали новые немецкие зверства, включая расстрел нескольких тысяч мирных жителей-сербов только ради выполнения квот на репрессии. Некоторые немецкие офицеры все больше убеждались в глупости такой политики, когда преследованиям подвергались люди, которые не пытались скрыться, и, следовательно, не имели отношения к нападениям на немцев. Когда было убито около 15 тыс. человек, а евреев и цыган, которых можно было расстрелять, осталось уже немного, квоты на репрессии начали сокращать без ведома Берлина.
Резкое сокращение численности заложников началось в марте 1942 г., когда в Белград прибыла большая душегубка. Около 7500 евреев в лагере в Семлине были уничтожены газом во время перевозки через сербскую столицу до братской могилы, вырытой у полигона на краю города. Германский посол был очень недоволен тем, что такие меры проводились в открытую, но 29 мая 1942 г. глава полиции безопасности смог похвастать Берлину, что «Белград стал единственным крупным европейским городом, полностью свободным от евреев».
Война в Югославии становилась все более ожесточенной по мере того как немцы проводили одно за другим наступления в боснийских горах. Раненых партизан, попавших в руки к немцам, бросали под гусеницы танков. Тито свел свои силы в бригады численностью по тысяче бойцов каждая, но был достаточно благоразумен, чтобы не пытаться использовать обычную военную тактику. Дисциплина была строгой, не позволялась близость между мужчинами и молодыми женщинами, в большом количестве сражавшимися в рядах партизан. К осени 1942 г. силы Тито практически контролировали весь горный район, охвативший запад Боснии и восток Хорватии, а штаб разместили в городе Бихач, откуда выгнали усташей.
Признав королевское югославское правительство в изгнании в Лондоне, англичане предоставили помощь Михайловичу, который был назначен представителем этого правительства. Москва не возражала, так как тоже официально признала правительство Югославии в изгнании. Но в течение 1942 г. радиоперехваты Ultra и другие донесения стали показывать, что силы Тито атакуют немцев, пока четники выжидают. Попытки офицеров связи УСО, заброшенных через линию фронта с целью убедить соперничающие движения Сопротивления бороться совместно, не имели большого успеха. Поэтому после победы в Северной Африке, по мере роста интереса союзников к Средиземноморью, англичане наладили контакты с Тито.
Немцы, опасаясь высадки союзников на Балканах, были намерены оборонять побережье и обезопасить поставки минерального сырья. Против партизан они провели новые наступательные операции силами немецких и итальянских войск. Тито отступил с боем в Черногорию, едва избежав окружения на реке Неретве. Поскольку он в основном сохранил свои отряды, а также благодаря помощи англичан, сброшенной на парашютах или доставленной на секретные взлетно-посадочные полосы, силы партизанской армии Тито быстро росли. Михайлович, брошенный союзниками после неудачной попытки осуществить акции, о которых его особо просили, был обречен проиграть гражданскую войну.
Юг Албании по-прежнему был оккупирован итальянскими войсками. Аббас Купи, сторонник короля Зогу, бежавшего после вторжения войск Муссолини в 1939 г., начал сопротивление в малом масштабе весной 1941 г. Когда нацисты вторглись в СССР, албанские коммунисты во главе с Энвером Ходжей развернули более решительные действия против оккупантов. Как и в Югославии, англичане решили помочь коммунистам, потому что те воевали активнее. Поддержка Аббаса Купи, к великому неудовольствию офицеров связи УСО, была невелика, и в конечном итоге коммунисты Ходжи смогли избавиться от конкурентов.
Гораздо больший интерес для англичан представляла Греция. Черчилль твердо поддерживал короля Георга II и не хотел отдать страну коммунистическому партизанскому движению ЭAM-ЭЛАС (ЭАМ – Национально-освободительный фронт, ЭЛАС – его вооруженные силы, Народно-освободительная армия Греции). Однако, к неудовольствию англичан, многие греческие монархисты сотрудничали с немцами и итальянцами, побуждаемые к этому своим антикоммунизмом и склонностью к соглашательству. Авторитарное правление генерала Метаксаса усугубило антимонархические настроения в стране, и небольшая Компартия Греции быстро расширила свое влияние.
Разграбление Греции странами «Оси» в сочетании с неумелыми действиями итальянских оккупационных властей привело зимой 1941 г. к страшному голоду. Суровый лидер коммунистов Арис Велухиотис в 1942 г. начал собирать партизанские силы в горах Пинд. Его основным соперником был генерал Наполеон Зервас, веселый, бородатый человек, который сформировал ЭДЕС (Греческую национально-республиканскую лигу) – левоцентристскую некоммунистическую организацию. Силы Зерваса были гораздо меньше и сосредоточились в Эпире, на северо-западе страны. Когда силы коммунистов возросли, группы ЭДЕС оказались изолированы от остальной Греции. В то же время другие мелкие группы Сопротивления, такие как ЭККА (Национальная партия социальной реконструкции), в конечном итоге перешли под управление контролируемой коммунистами ЭAM-ЭЛАС.
Два офицера УСО летом 1942 г. были сброшены на парашютах в Грецию и, преодолев многочисленные трудности, вступили в контакт и с Зервасом, и с ЭЛАС. Их главной задачей было организовать нападение на главную железнодорожную магистраль, по которой обеспечивались поставки из Германии на юг для танковой армии Роммеля в Северной Африке. Им удалось убедить Зерваса и ЭЛАС сотрудничать в операции по взрыву крупного железнодорожного моста через реку Горгопотамос. Пока партизаны атаковали итальянские позиции с двух сторон, группа подрывников прикрепила большие заряды взрывчатки к опорам моста. Это была одна из самых успешных диверсионных операций войны, на четыре месяца прервавшая железнодорожное сообщение.
В марте 1943 г. вермахт и войска СС начали облавы на 60 тыс. греческих евреев, в основном в городе Салоники, где их большая община существовала на протяжении сотен лет. Участники греческого движения Сопротивления укрывали часть беглецов, но не могли помешать отправке остальных в концлагеря в Польше, где многие евреи подверглись бесчеловечным медицинским экспериментам.
Операция на Горгопотамосе была редким случаем сотрудничества между ЭЛАС и ЭДЕС, после чего офицеры связи УСО оказались на минном поле политического соперничества, ибо Греция тоже оказалась втянутой в гражданскую войну между партизанскими группировками. Зервас сотрудничал с англичанами гораздо охотнее, но тем нужно было вооружить и ЭЛАС для проведения операции «Животные». Это была целая серия атак летом 1943 г., перед вторжением союзников на Сицилию. Удары наносились в сочетании с операцией по дезинформации противника под названием «Мясной фарш»: на южное побережье Испании было подброшено тело человека в форме офицера Королевской морской пехоты с «важным» донесением. Цель активизации партизан в Греции заключалась в том, чтобы убедить немцев: союзники собираются высадиться в Греции. Как и все эффективные кампании дезинформации, эти операции подыгрывали мнению Гитлера о том, каковы намерения врага, и укрепляли его веру в то, что англичане хотят осуществить вторжение в Южную Европу через Балканы. Его австрийское происхождение заставляло его все время думать об этом регионе. Вследствие этого, в ожидании высадки на Балканах, немецкая танковая дивизия и ряд других частей были переброшены в Грецию перед самой высадкой союзников на Сицилии.