Для нас вступление, которое вы только что прочли, является необходимой подготовкой к тому, чтобы вы с легкостью наслаждались оставшейся частью книги, но для тех, кто хочет большего, мы создали дополнительную главу, которая называется «Базовое пособие по эпигенетике», которую вы найдете в конце этой книги, сразу после эпилога. В этой главе более детально раскрываются такие вопросы, как:
В чем именно заключается метилирование?
Что такое экспрессия генов?
Какова функция CpG-островков?
Как и благодаря каким исследованиям эпигенетика продвинулась настолько, что стала одной из важнейших научных дисциплин?
Готовя книгу, мы тщательно обдумывали, куда поместить «Базовое пособие» и наконец, после многих перемещений, решили расположить его в конце, чтобы те, кто хочет окунуться в научный омут эпигенетики с головой, могли прибегнуть к нему и пропитаться основными понятиями эпигенетики и процессами ее изучения и развития. С другой стороны, те, кто интересуется больше ее практическим применением, то есть тем, как она влияет на нашу жизнь, смогут узнать об этом, читая описания конкретных случаев и размышления о сегодняшней действительности с более общей точки зрения, пропустив «Пособие» или прибегая к нему в поисках уточнения нюансов того или иного понятия, если сочтут это необходимым.
Это не глоссарий (который мы тоже включили, сразу после «Базового пособия»), потому что мы предлагаем не толкования, размещенные в алфавитном порядке, а подробное освещение понятий, о которых будем говорить долго и упорно на протяжении всей книги. Поэтому мы предлагаем вам три возможности:
1. До начала чтения вы можете заглянуть в конец, найти «Базовое пособие» и прочитать его, чтобы вникнуть в эпигенетику.
2. В процессе чтения, если какое-нибудь понятие покажется вам неясным или вы захотите узнать о нем больше, то сможете ознакомиться с соответствующим разделом базового пособия по эпигенетике в конце книги.
3. Также вы можете просто пропустить «Пособие», потому что наша цель в том, чтобы чтение этой книги не вызывало у вас досады.
Мы предоставляем в ваше распоряжение все средства, которые, как мы полагаем, могут оказаться полезными, а решать, пользоваться ими или нет, только вам.
И эта рекомендация последняя. Нам ничего более не остается, кроме как пожелать удачи в чтении!
Мы могли бы сказать, что до этого момента впечатление от данного вступления было сродни воспоминаниям о брекетах, которые вам ставят в подростковые годы: кажется, что вы никогда от них не избавитесь. Но когда их наконец-то снимают, как хорошо! Теперь вы готовы выйти на улицу и показать свою лучшую улыбку и даже целоваться с человеком, которого вы любите.
С этим текстом происходит то же самое: у нас больше нет рекомендаций, вы уже знаете все, что вам нужно, а теперь наслаждайтесь поцелуями! То есть наслаждайтесь книгой!
Глава 1Хуан и Давид: не такие уж одинаковые близнецы
Когда Хуан и Давид родились, родители были им очень рады. Два прекрасных близнеца, совершенно одинаковых, как говорят в семье, и однояйцевых, как говорят ученые. Однояйцевые близнецы делят между собой одну последовательность ДНК, так как появились от слияния одной яйцеклетки и одного сперматозоида, которые образовали эмбрион, разделившийся на два. Если такое деление клетки совершается в течение первых пяти дней после наступления беременности, образовываются два идентичных плода.
Но что мы имеем в виду под словом «идентичные»? Они действительно таковы?
На самом деле эти близнецы, которые однозначно будут одного пола, являются почти клонами; однако это «почти» важно, потому что в действительности оба этих плода генетически не идентичны, несмотря на то что делят между собой одну ДНК, то есть те же самые гены.
Клетка — минимальная единица организма, способная самостоятельно выполнять свои функции.
Родителей Давида и Хуана, как и многих других родителей близнецов, очень забавляла эта невероятная схожесть. Они всегда одинаково одевали малышей и улыбались, когда уже чуть подросшие дети разыгрывали их, выдавая себя один за другого. Но однажды Давид заболел и вынужден был провести в постели несколько месяцев, из-за чего ему пришлось остаться на второй год, в то время как Хуан продолжал учиться в нормальном темпе.
Как только Давид преодолел болезнь и вернулся к обычной жизни, он завел нежелательные знакомства, из-за которых забыл о своих обязанностях и об учебе. Проваливался на экзаменах, прогуливал занятия… Уже в подростковые годы он не проявлял стремления к учебе, что сказалось на успеваемости. Становилось все более очевидным, что в университет он не поступит и не достигнет того, чего достиг Хуан, который, возвращаясь из университета, с грустью и некоторым чувством вины смотрел на своего брата-бездельника. Пока Хуан получал образование, Давид тратил на алкоголь и табак все те малые деньги, которые ему удавалось заработать на временных работах.
Шли годы, мальчики стали мужчинами. Хуан с дипломом по ветеринарии уехал жить в сельскую местность и работал там по профессии. Жизнь Давида, наоборот, протекала во все менее «здоровых» условиях: так как зарабатывал он мало, единственное, что было ему по средствам, — это комната в нищенской квартире с видом на кольцевую дорогу, переполненную стоящими в пробках машинами, которые загрязняют воздух.
Ген — единица генетической информации. Участок ДНК, который содержит необходимую информацию для формирования белка или функциональной РНК. Определение гена также может включать в себя ДНК, которая не кодирует, а участвует в регуляции экспрессии генов.
Некоторое время спустя после рождения первого сына Хуан узнал, что Давиду диагностировали агрессивный рак легких. Через два года его брат скончался в больнице. Безутешный Хуан, плача от бессилия, держал его руку, пока тот не испустил дух. На могилу «своего второго я» Хуан заказал надпись: «Вместе навсегда».
Итак, оставим в стороне неоспоримый драматизм этой истории. Что нам демонстрирует этот пример с научной точки зрения? Как такое возможно, что два человека с одинаковой ДНК могут вести себя по-разному и переносить разные болезни в течение своей жизни?
Причина проста: ДН К — это еще не все, эпигенетика — вот что придает ей смысл.
Один и тот же костюм с разной отделкой
Для того чтобы ответить на вопросы, которые мы только что задали, необходимо вернуться к началу истории Хуана и Давида: важен момент, когда они стали близнецами, то есть когда в одном эмбрионе зародились два плода.
Вот в чем суть: однояйцевые близнецы, другими словами, рожденные из одного эмбриона, поделившегося надвое, обладают одним и тем же геномом, но могут иметь различный эпигеном. Эта концепция была представлена на суд общественности в первый раз в 2005 году, когда наша команда опубликовала статью «Epigenetic differences arise during the lifetime of monozygotic twins» (cm. Fraga, M. E в библиографии), в которой мы доказали, что однояйцевые близнецы демонстрируют разную эпигенетику на уровне метилирования ДНК (напомним: это процесс, который объясняет, почему некоторые гены активны, а другие остаются «молчащими») и модификаций гистонов (белков, которые помогают ДНК сворачиваться в характерную спираль, составляя хромосомы).
Эта находка изменила то, как мы, исследователи, понимали отношения между геномом, эпигеномом и окружающей средой, и благодаря обширному научному отклику на эту статью, многие средства массовой информации с мировым именем, такие как The New York Times, The Wall Street Journal и телеканалы CBS и ВВС также транслировали эту идею. Вот это да! Мы опубликовали настоящий научный бестселлер!
Модификация гистонов относится к химическим процессам, которым подвержены гистоны, она влияет на функционирование хроматина. Существует множество модификаций, таких как метилирование, ацетилирование, фосфорилирование, убиквитинирование и т. д.
Ацетилирование — введение остатка уксусной кислоты СН3СО в состав органического соединения.
Фосфорилирование — процесс переноса остатка фосфорной кислоты от фосфолирирующего агента-донора к субстрату.
Эпигенетический дрейф
Наше исследование доказало, что большинство близнецов генетически и эпигенетически идентичны при рождении, но сразу после этого их эпигеномы начинают меняться в индивидуальном порядке, другими словами, по отдельности.
Мы решили назвать этот процесс «эпигенетическим дрейфом». Такая метафора позволяет понять, что эта модификация в какой-то степени похожана непредсказуемое движение судна, которое относит морским или речным течением. В нашей грустной истории братьев-близнецов Хуана и Давида мы увидели, что чем старше становились близнецы, тем сильнее различались они эпигенетически, и чем меньше времени проводили друг с другом, тем более разными были их эпигенетические химические метки. С другой стороны, злоупотребление такими веществами, как табак или алкоголь со стороны Давида, их разный образ жизни (сидячий — Давида, физически активный — Хуана) и тип питания были ключевыми факторами в процессе появления различий между ними.
Убиквитирование — посттрансляционное присоединение ферментами убиквитин-лигазами одного или нескольких мономеров убиквинтина. Убиквитин, аналогично применявшейся у пиратов «черной метке», обрекает белковые молекулы, к которым он прикрепляется, на смерть.
Хромосома — физическая структура в клеточном ядре эукариот, которая содержит генетический материал в форме ДНК, закрученной вокруг белкового комплекса, в основном состоящего из гистонов. Более крупные организмы делят свой генетический материал на несколько хромосом.
Эукариот — клетка, которая содержит ДНК. Отдел за двойной мембраной называется ядром, чем и отличается от прокариот (бактерий и архей), генетический материал которых не содержится в ядре.