Командованию и личному составу частей приходится решать много других вопросов, связанных со строительством объектов полка, с проведением рекогносцировочных и геодезических работ по привязке на местности будущих стартовых позиций.
В ходе формирования ракетных частей принимаются беспрецедентные меры секретности: весь офицерский состав перед назначением проверяется органами КГБ, категорически запрещается использование любых терминов, раскрывающих принадлежность к ракетному оружию. Первоначально полки называются инженерными, разрабатываются и внедряются различные легенды прикрытия, ракетная техника называется специальной техникой, подготовка расчетов – специальной подготовкой. В каждом полку создается аппарат уполномоченных особых отделов, которые развертывают интенсивную работу по профилактике личного состава, контролю переписки военнослужащих с целью исключения разглашения предназначения и организационно-штатной структуры подразделений и частей, характеристик ракетного оружия, других вопросов, составлявших военную и государственную тайну.
Все занятия по изучению ракетной техники организуются в закрытых помещениях, записи разрешается вести только офицерам в специальных, хранящихся в секретных частях тетрадях. Степень секретности сделанных записей постоянно контролируется. Перемещение крупногабаритной техники (лафетов, грунтовых тележек и ракет на них, машин с пусковым столом, бронемашин подготовки и пуска) осуществляется только в ночное время, минуя, по возможности, населенные пункты. Маршруты движения тщательно оцепляются и охраняются.
Для проведения практических занятий с установкой ракеты на пусковое устройство подбирается лесистая местность, проводится через органы власти ее отчуждение, строятся учебно-стартовые позиции: площадки, капониры, подъездные дороги. Занятия проводятся только в ночное время.
Массовое производство ракет и принятие на вооружение ракетных комплексов обусловили широкое развертывание и капитального строительства. Предстояло скрытно, в предельно сжатые сроки, в различных климатических и гидрогеологических условиях построить серийные ракетные комплексы, вспомогательные здания и сооружения технологического, технического, культурно-бытового и жилищного назначения, а также многокилометровые линии электроснабжения, управления, связи.
Для выполнения этой грандиозной задачи по решению правительства были созданы и сосредоточены в местах предполагаемых районов строительства значительные формирования военных строительных и монтажных организаций. Начиная с весны 1959 г., на строительных объектах будущей 50-й РА трудятся десятки тысяч строителей, монтажников и специалистов наладочных организаций. В процессе строительства объектов приходилось решать сложные вопросы по обеспечению объектов проектной документацией и оборудованием. Строительство объектов производилось в обстановке сверхсекретности, что создавало дополнительные трудности. Много уделялось внимания скрытной доставке на объекты строительства специфического оборудования, раскрывающего назначение и место дислокации объектов. В процессе строительства осуществлялась непрерывная маскировка строительства боевых площадок, легендирование или искажение их истинного назначения, контроль осуществлялся путем воздушного фотографированием и с помощью искусственных спутников Земли.
Процесс формирования полков, их преобразований, подготовки наглядно иллюстрирует история 122-го полка. 22 августа 1958 г. командующий 43-й воздушной армией Дальней авиации во исполнение организационной директивы заместителя министра обороны СССР от 25 июня 1958 г. № орг/4/23867 подписал свою директиву за № 57/001737 о формировании 122-го авиационного полка, вооруженного ракетной техникой, в составе 83-й авиационной дивизии. Полк формировался в сентябре – декабре 1958 г. в г. Умань Черкасской области на фондах расформированных воинских частей 271-й школы воздушных стрелков-радистов ВВС и 531-го отдельного батальона аэродромно-технического обеспечения. Его основой стал личный состав расформированного 906-го тбап 205-й тбад (Мелитополь). Формирование командования полка было завершено к концу сентября 1958 г. Полностью же полк был сформирован в декабре 1958 г.
С января 1959 г. личный состав полка приступил к теоретическому изучению ракетного комплекса с управляемой баллистической ракетой Р-2 (8Ж38) оперативно-тактического класса (максимальная дальность стрельбы – 600 км), а 15 февраля того же года стартовые эскадрильи начали практическое освоение ракетной техники путем проведения на ней комплексных занятий по подготовке и имитации пуска ракет. Такие занятия проводились в темное время суток, чтобы скрыть от местного населения факт перевооружения авиационного полка на ракетную технику.
В апреле 1959 г. 122-й авиационный полк переименовывается в 122-й инженерный полк РВГК с переформированием на новую организационно-штатную структуру (директива Генерального штаба Вооруженных сил СССР от 4 апреля 1959 г. № орг/4/71510). В составе полка формируются два стартовых дивизиона, состоящие каждый из четырех стартовых батарей, и дивизион транспортировки ракет и заправки компонентами ракетного топлива.
После освоения личным составом ракетного комплекса с ракетой Р-2 полк в полном составе вместе с ракетной техникой 25 мая 1959 г. убывает на 4-й Государственный центральный полигон Капустин Яр. Там личный состав полка подготовил и провел шесть учебно-боевых пусков ракеты Р-2 (первый пуск был проведен 3 июля 1959 г.). Все пуски были успешными.
В начале августа 1959 г. 122-й инженерный полк РВГК переименовывается в 79-й инженерный полк РВГК (директива Главного штаба ВВС от 5 августа 1959 г. № 341401) с одновременной передачей его из состава 43-й воздушной армии Дальней авиации в 25-ю авиационную дивизию 50-й воздушной армии Дальней авиации. Командованием 50-й воздушной армии принимается решение о перевооружении 79-го инженерного полка РВГК на новый ракетный комплекс с ракетой средней дальности Р-12. Максимальная дальность стрельбы этой ракеты составляла 2000 км.
В течение августа – сентября 1959 г. личный состав полка принимает поставленную от предприятий промышленности новую ракетную технику, изучает и осваивает ее с помощью специалистов 4-го ГЦП. Завершающим этапом переучивания полка на новую ракетную технику стало успешное проведение 25 сентября 1959 г. учебно-боевого пуска ракеты Р-12.
В сентябре – октябре 1959 г. 79-й инженерный полк РВГК в полном составе перебазируется на новое место дислокации – г. Плунге Литовской ССР. По прибытии в Плунге личный состав полка в течение оставшихся месяцев 1959 г. обустраивается на построенных к тому времени позициях стартовых дивизионов, а также так называемых «зимних квартирах», представляющих из себя казармы с автопарком и бараки для проживания семей офицерского состава (эти фонды достались полку от расформированной воинской части войск связи). Чтобы скрыть от местного населения предназначение полка, воинская часть была залегендирована под окружной склад техники связи ВВС. Но придуманная в Москве легенда не сработала. Вскоре все жители небольшого городка Плунге знали, что здесь разместилась ракетная часть. Однако органы военной контрразведки еще долго преследовали жен офицеров, которые в разговорах со своими подругами ненароком проговаривались, что их мужья сегодня дома ночевать не будут, так как у них комплексное занятие на ракетной технике в стартовом дивизионе.
С 1 января 1960 г. полк начал подготовку к заступлению на боевое дежурство – и это событие состоялось 16 мая 1960 г. К этому времени 79-й инженерный полк РВГК согласно приказу министра обороны СССР был исключен из состава 25-й авиационной дивизии и передан в состав РВСН – в 85-ю инженерную бригаду РВГК. Вскоре 85-я инженерная бригада РВГК переименовывается в 29-ю гвардейскую ракетную дивизию, а 79-й инженерный полк РВГК – в 78-й ракетный полк (директива главнокомандующего РВСН от 4 июля 1960 г. № 866394).
Директивой ГШ ВС № 71154 от 30.06.1960 г. и ГШ ВВС № 322034 от 1.07.1960 г. вместо управлений трех (5, 43 и 50-й) воздушных армий были сформированы управления трех отдельных тяжелых авиационных корпусов ДА с управлениями в городах Виннице (2-й отбак), Смоленске (6-й отбак), и Благовещенске (8-й отбак) со значительным сокращением численности личного состава.
В дальнейшем были дополнительно расформированы: управление 74-го отбак (Тарту), управление шести авиадивизий и девяти полков: 116-й тбад (Остров), управление 160-й тбад (Балбасово), управление 334-й тбад (Тарту), управление 53-й тбад (Белая), управление 45-й тбад (Барановичи), 685-й тап (Остров), 157-й тбап (Шаталово), 208-й тбап (Сеща), 238-й тбап (Озерное), 291-й тбап (Балбасово), 171-й тбап (Барановичи), 202-й тбап (Миргород), 292-й тбап, 210-й тбап (Бобруйск), Теоретическая школа летчиков (Конотоп), 29-я военная авиационная офицерская школа боевой подготовки (Нежин).
Бывшие летчики и техники, с боевыми наградами и военными заслугами, выстраивались в огромные очереди по местам проживания в поисках хоть какой-нибудь работы по профилю. Но работа находилась не всем. Так что расформирование и увольнение (как всегда) обернулась человеческой трагедией для десятков тысяч человеческих судеб.
С развитием ракетной техники, атомного и термоядерного оружия изменились взгляды на формы и методы ведения операций и в целом вооруженной борьбы. Руководящий состав Министерства обороны круто менял отношение к этим средствам и проблемам их использования. Несмотря на то, что первоначально было принято решение о развертывании стратегических ракет под началом ВВС, у руководства Министерства обороны это решение еще не было окончательным. Все больше преимуществ стало проявлятся при развертывании ракетных частей в составе сил РВГК. Для того, чтобы обеспечить массовое развертывание ракетных полков для создания стратегической ракетной группировки ракет средней дальности, Штаб реактивных частей проводит огромную подготовительную работу. Он отстаивал свои взгляды, суть которых сводилась к необходимости создания самостоятельного вида войск с непосредственным подчинением Министру обороны.