В конце 1861 года Домбровский сдал выпускные экзамены в академии. Несколько лет назад он стал бы без колебаний добиваться должности в Петербурге. Теперь и обстоятельства изменились, и он сам стал другим. Соображения, связанные € военной карьерой, которые играли определенную роль при его поступлении в академию, сейчас вовсе для него не существовали. Решая вопрос о том, куда проситься после академий, Домбровский исходил только из интересов революционной борьбы.
Сознание революционного долга требовало от Домбровского, чтобы он находился в гуще событий. Грозная волна крестьянского протеста, поднявшаяся после обнародования подготовленной помещиками крестьянской реформы, к осени 1861 года начала спадать, и стало ясно, что в русских губерниях новый революционный подъем можно ожидать только в 1863 году, когда истечет срок составления уставных грамот. Именно на это ориентировались русские революционеры, среди которых у Домбровского было немало друзей. В Польше и Литве, напротив, ситуация продолжала обостряться. Военное положение, введенное в связи с манифестациями, не приостановило брожения. Царство Польское стало в это время той частью Российской империи, в которой революционный взрыв был наиболее вероятен. Руководство военно-революционной организации сочло целесообразным, чтобы Домбровский перебрался в Варшаву, Последние недели в Петербурге пролетели очень быстро. Незаметно прошла и непродолжительная поездка в Москву во время которой Домбровский повидался с родными и установил связи с участниками офицерских и студенческих революционных кружков второй российской столицы. Вскоре после возвращения в Петербург он встретился с Сераковским. Тот сообщил, что в Варшаву отправляются Михал Гейденрейх, Фердинад Варавский и другие их товарищи. В Вильно будет действовать Людвик Звеждовский. Единомышленники будут также в Москве, Киеве, Житомире и кое-где еще. В Польше, по мнению Сераковского, главным будет укрепление военной организации и вовлечение в конспирацию простых людей.
.Именно этим и занялся Домбровский, приехав в Варшаву. С выполнением служебных обязанностей ему удалось устроиться как нельзя лучше. Числясь при штабе сначала 4-й, а потом 6-й пехотных дивизий, Домбровский должен был готовить военно-статистическое описание Варшавской губернии. Это давало ему возможность, не возбуждая подозрений, посещать любые заводы и фабрики, любые учреждения и предприятия, а также лагери, казармы, склады, крепости и другие военные объекты. Больше того, он имел право требовать от соответствующих учреждений сведения о населении, промышленности и сельском хозяйстве, о доходах и расходах, о лесах, реках и озерах, о мостах и дорогах, о транспортных средствах, opaнизaции почтовой связи и т. д. Одним словом, он мог собрать все те данные, которые были необходимы для составления военного плана будущего восстания.
В Варшаве Домбровский часто встречал тех, с кем вместе учился в военно-учебных заведениях, служил на Кавказе. Это помогало ему в конспиративной деятельности, позволяя быстро вовлечь в организацию надежных, найти правильный подход к колеблющимся и избегать откровенных разговоров с теми из старых знакомых, кто и раньше отличался верноподданническими настроениями. Еще более важную роль для Домбровского играли те знакомства и связи, которые завязались у него во время пребывания в Петербурге, прежде всего среди офицеров Академии генерального штаба. Очень многие из петербургских знакомых Домбровского были для него не просто сослуживцами или личными друзьями, но политическими единомышленниками, соратниками по революционной борьбе, активными помощниками во всех его организационных усилиях.
Большинство подпольных кружков Варшавы еше в октябре 1861 года было объединено под руководством Варшавского городского комитета, который стал центром притяжения для всех сторонников вооруженного выступления, образовавших партию красных. В комитет вошли активные деятели манифестационного периода, в их числе писатель Аполлон Коженевский и бывший студент Киевского университета Игнаций Хмеленский. Приехав в Варшаву, Домбровский сразу же включился в работу комитета. Через несколько недель он был назначен начальником города. Это дало ему возможность сосредоточить в своих руках все важнейшие нити варшавского подполья. Поселившись вместе с И. Хмеленским в Саксонской гостинице, Домбровский внимательно следил за деятельностью организации, заботясь прежде всего о непрерывном росте ее рядов за счет трудящихся слоев городского населения.
Городская организация строилась по десятичной системе. Надежный человек, принятый в организацию, имел право принять до десяти новых членов из числа хорошо известных ему лиц, называясь при этом десятским. При дальнейшем росте группы из нее выделялись самостоятельные десятки, образующие вместе с другими десятками сотню, которая возглавлялась руководителем первого десятка, получавшего звание сотского. Сотни, в свою очередь, могли образовывать тысячу, возглавляемую тысяцким и подчиняюшуюся городскому комитету либо непосредственно, либо через уполномоченного по соответствующему району Варшавы. Рядовому члену организации полагалось знать только своего десятского и товарищей по десятку; десятским полагалось знать своего сотского, сотским — своего тысяцкого» но они не должны были знать никого из остальных руководящих деятелей организации.
Каждый член конспиративной организации должен был вносить в ее кассу через своего десятского тридцать копеек в месяц. Кроме этого, собирались более значительные по размерам добровольные взносы от состоятельных членов организации и сочувствующих лиц. Все вновь принимаемые приносили следующую присягу: «С сегодняшнего дня я вступаю на службу отчизне и посвящаю ей все, что имею. Буду слушаться национальной власти в лице указанного мне начальника и явлюсь по первому зову, не медля ни минуты. Не буду пытаться узнавать и расспрашивать о том, кто стоит во главе организации, а все, что услышу, сохраню в глубокой тайне». Присяга принималась в торжественной обстановке в помещениях, куда будущих членов организации приводили маленькими группами. Одно из таких помещений находилось во дворце Потоцких на главной улице Варшавы — Краковском Предместье, другое — на Кривом Кольце. Были и иные пункты, куда в установленные дни приходили для приема присяги руководители подполья, в том числе начальник города.
У Домбровского сходились все сведения о составе городской организации. На крупнейшем в Варшаве металлическом заводе Эванса, имевшем около пятисот рабочих, действовали четыре сотни, образующие самостоятельную тысячу. Тысяцким на заводе был рабочий Ян Словацкий. Из сотских известны только два. Это были пролетарии, происходившие из деклассированной шляхты. Несколько меньшие, но все же сильные группы членов организации существовали у железнодорожников, на заводах Замойского, Фраже и др. Среди рядовых членов организации и десятских 4/5 составляли рабочие, ремесленники, городская беднота. Среди сотских и тысяцких преобладала интеллигенция. Общая численность организации по Варшаве приближалась к трем тысячам человек.
Канун январского восстания был тем периодом, когда формирующийся рабочий класс Польши впервые начал выходить на арену политической борьбы. Это выражалось не только в большой активности пролетарских и полупролетарских слоев в конспиративной организации, но и в использовании ими таких специфических форм борьбы, как забастовка. Участники организации из рабочей среды не раз рассказывали Домбровскому о том, как они ответили забастовками на расстрел царскими войсками манифестации 27 марта (8 апреля) 1861 года. Тогда забастовало несколько сот рабочих на Варшавско-Венской железной дороге, заводе Замойского и других предприятиях. Участники забастовки стали наиболее надежными и деятельными членами возникших позже конспиративных организаций.
Энергичная деятельность Домбровского и его ближайших соратников содействовала росту влияния городского комитета. Весной 1862 года к нему присоединился Студенческий комитет, испытывавший определенное влияние соглашательской политики белых и безуспешно пытавшийся встать во главе городской организации. С мая Варшавский городской комитет стал называться Центральным национальным комитетом (ЦНК). Это значило, что он превратился в руководящий орган партии красных в масштабах всей страны. Наиболее активными и влиятельными его членами были Я. Домбровский, И. Хмеленский и Ст. Матушевич. Поэтому первой печатью ЦНК была монограмма, составленная из начальных букв фамилий. К лету 1862 года численность конспиративных Организаций партии красных в делом составляла уже семь тысяч человек. Появились подпольные газеты («Сигнал», «Истинный патриот», «Голос из Варшавы»), заметно выросло число распространявшихся прокламаций.
Пропаганда подпольной печати своим острием была направлена против имевших хождение среди интеллигенции соглашательских настроений. Подпольная печать разоблачала политику царизма в Польше, жестоко высмеивала тех, кто возлагал какие-либо надежды на реформы сверху. Острую полемику вела подпольная пресса красных с другими проявлениями идеологии партии белых.
Революционная организация в царских войсках, расположенных в Польше, возникла во второй половине 1861 года, то есть также еще до приезда Домбровского в Варшаву. Базой для ее возникновения послужили разнородные по составу и политической ориентации офицерские кружки, начавшие появляться сразу после Крымской войны и особенно активизировавшиеся в 1860—1861 годах. Одним из основателей организации был поручик Василий Каплинский, учившийся некоторое время в Петербурге и участвовавший в кружке генштабистов. Он вовлек в организацию отдельных офицеров из различных частей, расположенных в Варшаве и за ее пределами, пытался установить связь с городским и Студенческим комитетами. Вскоре среди участников водных кружков большую популярность приобрел поручик Шлиссельбургского пехотного полка Андрей Потебня. Именно ой возглавил организацию после ареста Каплинского, «который в феврале 1862 года оказался в тюрьме, так как у него была обнаружена тетрадь с копиями «Великоруса» и выписками из других запрешенных изданий. Организация постепенно превратилась в федерацию, или союз полковых, батальонных, бригадных кружков. Наиболее активные участники кружков, фактически руководившие их деятельностью, образовывал» коллегиальный орган — Комитет русских офицеров в Польше. Это название, впрочем, применялось нередко и ко всей военной организации в целом.