Начальники отрядов должны были повсюду прекращать сбор налогов в царскую казну. На них возлагалась ответственность за приведение всего населения к присяге на верность революции» Они должны были осуществлять мобилизацию всех лиц, способных носить оружие.
Инструкция рекомендовала повстанцам, где необходимо портить коммуникации, разрушать телеграфные линии, задерживать курьеров, уничтожать всюду органы царской полиции. Особое значение имел заключительный (восьмой) пункт инструкции, который гласил, что начальник отряда в освобожденных селах должен был собирать крестьян и у них на виду вешать помещиков, известных своим зверским обращением с крепостными. Калиновский боролся за демократизацию восстания, за сдвиг влево. Повстанческие отряды, возглавляемые Мацкявичюсом, Вислоухом и др., сочувственно встретили его намерения и оказали ему активную поддержку. На пепелищах панских усадеб они оставляли «Повстанческие инструкции». Но в рядах повстанцев были лица, не разделявшие стремления Калиновского, считавшие, что репрессии против помещиков раскалывают национальное единство.
Маневры царских властей также осложнили повстанцам задачу вовлечения крестьянства в восстание. Там, где в первые же недели борьбы удалось сформировать отряды и ознакомить население с программой повстанцев, сторонники Калиновского заручились поддержкой масс. Но в районах Могилевской, Витебской, Минской губерний, где контакт революционных демократов с крестьянством был слабым или отсутствовал вовсе, царским властям удалось внушить населению, что восстание — затея сугубо помещичья.
Калиновский был убежден, что с первыми выстрелами повстанцев, как только его сторонники провозгласят крестьянскую собственность на землю, свободу народа от панско-помещичьего гнета, к ним со всех сторон устремятся тысячами толпы крестьян. Но жизнь преподала ему суровый урок в первые же дни восстания.
В этих условиях группе Гейштора — Дюлёрана удалось в конце февраля — начале марта отстранить Калиновского от руководства. Активизация белых в Литве была частью более широкого плана, связанного с установлением диктатуры Лянгевича. Оценивая случившееся, Калиновский в протесте на имя Временного Национального правительства писал: «Провинциальный комитет уступает и слушает главу восстания потому, во-первых, что не желает начинать пагубных для революции раздоров и несогласий, и, во-вторых, потому, что не чувствует себя достаточно сильным, чтобы вырвать руководство дел из рук своих противников.
Однако же члены комитета считают своим долгом объявить вместе с тем, что они считают гибелью и изменой революции передачу руководства в руки контрреволюционеров — всегдашних врагов и революционного движения вообще и манифеста 22 января в особенности, что они протестуют против такого решения Центрального комитета, снимают с себя всякую ответственность перед будущностью за все ошибки и за все потери и несчастья, которые принесет противное духу и тенденциям восстания руководство литовским делом».
Как цинично заявлял Гейштор, «восстание уже было во всех губерниях, когда мы приняли должности в комитете». Чтобы избежать открытой борьбы с восставшей молодежью, белые, по их же признанию, встали у руля, с тем чтобы повернуть борьбу в национальное русло. Все распоряжения, приказы, инструкции, изданные Литовским провинциальным комитетом, отменялись, лица, им назначенные, снимались со своих постов и заменялись ставленниками белых. Дело дошло до того, что Калиновский был предан суду и начато было специальное над ним следствие. Белые не могли простить ему приказа об истреблении помещиков. Только возмущение рядовых повстанцев и протесты начальников отрядов заставили Гейштора прекратить это позорное дело и внешне помириться с Калиновским.
Вскоре после падения диктатуры Лянгевича Гейштору пришлось пойти на серьезные уступки демократическому крылу, Калиновский получил пост революционного комиссара Гродненского воеводства. Перед отъездом у него был продолжительный спор с Гейштором «насчет способа подхода к людям и делу». Выслушав его замечания, Гейштор «основные тезисы повторил без изменений» и под угрозой расправы потребовал безукоризненного выполнения своих инструкций. По словам Гейштора, он «рекомендовал Калиновскому не признавать никаких различий между сословиями; дворян, помещиков не отталкивать, учитывать их как силу, необходимую в восстании, как его живительную душу». Калиновский же доказывал, что участие дворянства и помещиков в восстании является не только ненужным, но даже вредным. Народ сам одержит победу и потребует у помещиков свою собственность. Калиновский, по заявлению Гейштора, хотел, чтобы народ великодушно простил дворянству преступления прошлого, но, если бы оно даже и погибло, это было бы заслуженным наказанием, и страна от этого совсем не пострадала.
В самом конце марта 1863 года Калиновский отправился в родной ему край. О своем вступлении в должность комиссара он оповестил население специальным приказом, в котором объяснял, что повстанцы борются за справедливую свободу, призывал народ вступать в повстанческие отряды, сообщать восставшим о передвижении карателей, истреблять мелкие группы царских солдат. Приказ Калиновского получил широкое распространение среди крестьян и не на шутку встревожил карателей.
В седьмом номере «Мужицкой правды» содержался призыв к крестьянам решительно поддержать восстание: «Вышел уже польский манифест. Земля бесплатно дается всем мужикам, ибо это их земля с дедов-прадедов. За эту землю никто не должен отрабатывать панщину и никаких чиншей никогда не платить Подушного налога больше не будет, рекрута не будет, а все мужики, паны и мещане — всякий отслужит 3 года в своей земле и снова вольный... Вот теперь сами разбирайтесь, где больше правды: в польском манифесте или в царском? Царь обещал дать вольность — не дал. Обещал не брать рекрута, а на деле уже второго требует. Польский манифест дал землю, не берет рекрута, сбросил подушный, вернул унию. Ну, скажите же, братки, кто же нам добра желает?!.
".Подумайте хорошо, да, помолившись богу, дружно встанем вместе за нашу вольность. Нас царь уже не обманет... И пока есть время — надо нашим парням спешить с вилами и косами туда, где добывают волю и правду. И будет у нас вольность, какой не было у наших отцов и дедов».
Возглавив повстанцев Гродненщины, Калиновский вновь боролся против шляхетско-националистических элементов, которые, захватив руководство восстанием, заигрывали с помещиками, саботируя проведение аграрных декретов в жизнь. От всех повстанческих органов Калиновский требовал, «чтобы наблюдали за точным выполнением законов и решений, принятых народным правительством». При этом он указывал, что надо «обращать особое внимание на то, чтобы деревни, наделенные земельной собственностью, по приходе отряда не возвращались под царское управление». Повстанцы, говорил он, должны строго следить, чтобы во всякой деревне, через которую проходил отряд, был обнародован декрет Национального правительства о крестьянской собственности. Этот декрет должен быть объявлен и акт собственности написан в трех экземплярах, из коих один остается у крестьян, другой — у уездного начальника, третий отправляется к комиссару губернии.
В качестве революционного комиссара воеводства Калиновский привлекал крестьянство к непосредственному участию в деятельности руководящих органов восстания, требовал от уездных комиссаров «определять в должности крестьян и требовать исполнения этого от всех чиновников Национального правительства».
Калиновский лично следил за тем, чтобы все бойцы были хорошо вооружены и одеты, чтобы в отрядах поддерживалась дисциплина, чтобы боеприпасы и провиант помещались на вьючных лошадях и не отягощали людей на марше.
Деятельность Калиновского была образцом революционного служения народу. Он объехал губернию, посетил все повстанческие отряды, строго взыскивал за нерадивость и бездеятельность. Он произвел проверку личного состава отрядов, снаряжения и обеспечения бойцов всем необходимым, «расспрашивал о духе сельского населения».
Сохранилось описание внешнего вида Калиновского во время одной из инспекционных поездок. Он был одет в чемарку, расшитую черными шнурками, в сапогах и барашковой шапке, роста выше среднего, широкоплечий, сутуловатый, крупные волевые черты лица, обрамленного небольшой бородкой, пристальный, даже дерзкий взгляд. Прибывал в отряд он точно в назначенное время. С командирами держался строго, сурово взыскивал за военно-политические упущения, слабую заботу о рядовых, оставаясь в отряде, вел задушевные беседы с повстанцами,
В Гродненской губернии действовали отряды Валерия Врублевского, Ляндера (Александра Ленкевича), Млотка (Густава Стревинского), Юндзилла, Миладовского, Траугута, Стасюковича и др. Общая численность их ко времени вступления Калиновского на пост комиссара была не менее двух тысяч бойцов.
В каждом уезде было один-два отряда, насчитывавших от ста пятидесяти до трехсот человек. Отряды делились на группы по десять-пятнадцать человек под командой унтер-офицера. Группы объединялись в плутоны под командой офицера. На вооружении состояли старые охотничьи ружья, часто кремневые, новые охотничьи двустволки были редкостью, военные винтовки (штуцеры) — исключением. Большая часть повстанцев вооружалась самодельными пиками и копьями, изготовленными из кос. Порох и пули повстанцы приготовляли сами. Повстанцы могли вести прицельный действенный огонь на расстоянии пятидесяти-семидесяти шагов и были почти беззащитны перед армией, вооруженной новейшим оружием. Отряды не имели обозов и кухонь, продовольствие получали от крестьян, стараясь по возможности вознаграждать их за добровольные дары.
Все партизанские отряды Гродненщины были подчинены единому командованию. При Сокольском отряде, которым командовал капитан Эйтманович, был создан штаб во главе с Врублевским. Из штаба исходили приказы, повинуясь которым отряды маневрировали, сосредоточиваясь и рассыпаясь в тактических целях. Штаб обобщал получаемые донесения и представлял в Вильно сведения о боях и заявки на снабжение.