Против повстанцев царское правительство бросило более чем трехсоттысячную карательную армию. Из этих войск около ста двадцати тысяч штыков и сабель действовали против партизанских отрядов Белоруссии и Литвы. В крае было введено военное положение. Вся полнота власти переходила в руки военных начальников губерний и уездов. Воинские, полицейские, жандармские посты и караулы заполнили населенные пункты и дороги. В лесах вдоль дорог делались широкие просеки. Населению запретили передвигаться. Все жители были обложены контрибуцией. Крестьянам сулили землю, снижение выкупных платежей. Чиновники и офицеры уверяли их, что, как только будет покончено с «мятежом» панов-поляков, царь обеспечит }ix всеми благами, создаст народу чуть ли не райскую жизнь.
С осени 1863 года восстание начинает гаснуть, несмотря на героические усилия Калиновского и его сподвижников. С наступлением осенне-зимнего сезона положение повстанцев, блокированных в лесах, окруженных стеной войск, стало особенно тяжелым. Несмотря на военное поражение повстанцев, их борьба имела огромное значение. В условиях восстания крестьяне повсеместно прекратили отбывание повинностей и уплату налогов, а органы царской администрации не решались принуждать население.
Калиновский решил вывести из-под ударов карателей основные военные силы, чтобы использовать зиму для перегруппировки сил и, опираясь на поддержку крестьян, весной вновь поднять борьбу. Он разослал по отрядам инструкцию о сохранении военных сил в зимних условиях. Запрещалось «самочинно распускать отряд». В каждом отдельном случае командир отряда должен был получить согласие высших органов. «Если бы местные условия заставили начальника распустить свой отряд, то солдатам следует выдавать отпускные билеты, чтобы временный роспуск отряда не имел вида окончательного роспуска войск. Это распоряжение не касается общего восстания и не меняет правил о нем». Калиновский поддерживал связь с начальниками отрядов. С ноября он назначил Мацкявичюса «организатором вооруженных сил Ковенского воеводства». Калиновский призывал повстанцев быть стойкими и надеяться на успех дела. В зимних условиях продолжали борьбу только немногие, хорошо снаряженные отряды, остальные распускались до весны. Рядовые повстанцы получили отпускные билеты с обязательством явиться по первому требованию. Командный состав и оружие укрывались в лесах.
Эти меры, предпринятые Калиновским, были связаны с общим планом оживления восстания весной 1864 года, разработанным Р. Траугутом, но претворить их в жизнь не удалось повстанческому руководству ни в Царстве Польском, ни в Литве.
Над руководителями восстания все ближе нависала опасность. Еще в июне 1863 года властям стало известно, что во главе восстания стоит К. Калиновокий. Муравьев предпринял энергичные меры для его ареста. Но революционная организация надежно укрыла своего вождя. Он скрывался в Вильно, проживая по подложным паспортам (Чарнецкого, Макаревича, Витоженца). Местожительство Калиновского было известно только нескольким преданным и стойким лицам. В случае малейшей опасности квартира немедленно менялась. Среди повстанцев Калиновский был известен под именами «Хомутус», «Хамович» и т. п.
В результате предпринятых в Вильно повальных обысков и облав муравьевским ищейкам удалось арестовать ряд видных деятелей революционной организации и напасть на след Калиновского и его ближайших соратников. 26 сентября был арестован Игнаций Зданович, возглавлявший революционную организацию Вильно. При нем были захвачены документы, свидетельствующие о близости Здановича к руководству восстанием. В течение трех месяцев царские палачи терзали Здановича, пытаясь вырвать у него «чистосердечное сознание», узнать, где скрывается Калиновский, но тщетно. 21 декабря Зданович был казнен. Между тем Муравьев получил новые доказательства продолжающейся деятельности Калиновского. Пленные повстанцы сообщали о его приказах быть стойкими и ждать весны с оружием у ноги. Все истинные сыны родины должны нести все свои силы на алтарь ее для продолжения борьбы. В декабре царским следователям стало известно, что «главное революционное правление Литвы находится в руках уполномоченного комиссара Константина Калиновского и его секретаря Титуса Далевского, скрывающихся в Вильно». Предатель сообщил карательным органам и некоторые явочные квартиры революционеров. На одной из них в доме недавно умершего поэта В. Сырокомли (Кондратовича) в засаду попал Титус Далевский. Калиновского в последнюю минуту удалось предупредить, и он избежал ареста. 22 декабря Титус передал товарищам на воле следующие строки: «...При мне и на моей квартире нашли сильно компрометирующие меня документы. ...В понедельник военно-полевой суд перешлет свой приговор по моему делу Муравьеву — во вторник или в следующие дни я буду мертв. В жизни моей я не испытал счастья. Делил со своей семьей ее великую недолю и все моральные муки. Любил свою родину, и теперь мне радостно отдать за нее жизнь. Оставляю мою семью на попечение моего народа, ибо из нас, братьев, никто не останется живым». 30 декабря 1863 года Титус Далевский был расстрелян. Его отказ выдать руководство восстанием рассматривался в приговоре как самая тяжелая его вина. Несмотря на все явные доказательства самого тесного знакомства с Константином Калиновским, Далевский о сношениях своих с ним и о месте его укрывательства ничего не высказал.
Современники передают, что Калиновский, пренебрегая опасностью, провожал в последний путь своих отважных товарищей, являлся к месту казни, становился в первых рядах толпы за шпалерами войск, окружавших эшафот. Товарищи не раз говорили ему о неразумности подобных действий, но Константин считал своим долгом прощание с ближайшими соратниками, шедшими на смерть, спасавшими его от ареста ценой собственной жизни. Он мог десятки раз без особого труда выехать за границу, повстанческая почта еще действовала, но считал недостойным для революционера покинуть пост, пока в лесах продолжали действовать хотя бы несколько партизанских отрядов. Соратникам за границей Константин писал, что царским ищейкам не скоро удастся напасть на его след, а пока этого не случилось, он нанесет врагам еще не один удар Несколько раз ему удавалось ускользать от полиции во время массовых облав, уходя из окруженных солдатами домов по крышам, чердакам, водосточным трубам.
Муравьеву помог предатель, арестованный в Минске, который сообщил, где скрывается Калиновский. Специальной эстафетой Муравьев был извещен об этом. Шифрованная телеграмма жандармского полковника Лосева из Минска была получена в Вильно в девять часов вечера 28 января 1864 года: «№ 28 на Святоянской улице в святоянских мурах живет преступник Калиновский, воевода, под именем Витоженец. В доминиканском доме живет госпожа Банвич, к ней обращаются агенты из других городов для указания места жительства Калиновского и других. Она все знает. Полковник Лосев».
Святоянскими мурами жители Вильно называли обширные средневековые корпуса, где некогда помещалась иезуитская академия, а позже — Виленский университет, закрытый в годы царствования Николая 1. В период восстания в этих зданиях находились гимназия, музей древностей, центральный архив, обсерватория, множество квартир служащих и частных лиц. Содержание телеграммы Лосева хранилось в глубочайшей тайне. Полицмейстеру было поручено лично справиться в книгах о точном адресе Витоженца, но, как бывает при спешке, имя его ускользнуло при просмотре книг. Тогда решили обыскать весь Святоянский квартал, для чего понадобилось две роты солдат, разделенных на десять партий при офицерах полиции и особых чиновниках. Имя лица, которое следовало арестовать, было им объявлено только ночью перед самым обыском. Калиновский нанимал уже второй месяц комнату в квартире одного учителя гимназии, уехавшего куда-то в отпуск. Его застали на площадке лестницы со свечой в руке. Когда спросили фамилию, он спокойно ответил «Витоженец», и в ту же минуту был схвачен.
С арестом Калиновского прекратилось централизованное руководство уцелевшими звеньями революционной организации и партизанскими отрядами, ожидавшими в лесах сигнала к весеннему выступлению. Разбитые, лишенные руководства, остатки партизанских отрядов еще надеялись на новый подъем движения. Весна действительно принесла некоторое оживление деятельности немногочисленных групп повстанцев. Произошло несколько нападений на помещичьи мызы и казачьи патрули, но массового выступления не было.
Калиновский был помещен в здании упраздненного Доминиканского монастыря. Следствие над ним вела особая комиссия. Муравьев, «интересовавшийся ходом дела в высшей степени, постоянно посылал туда чиновников своих». Между иными побывал в «Доминиканах» один из чиновников муравьевской канцелярии, Мосолов, оставивший не лишенное интереса описание последних дней руководителя восстания. «Первый день, — пишет он, — Калиновский лишь кусал себе губы, неохотно даже отвечал на вопросы, но к вечеру не выдержал и объявил настоящее свое имя. Несмотря на все усилия членов комиссии, им не удалось исторгнуть от Каличовского подробного показания о личностях, составляющих революционную организацию края. Он, однако, откровенно сознался, что был распорядителем жонда во всем крае, и, как видно из показаний других лиц, он умел поддержать падающий революционный дух польского населения. Помещики его страшились, он свободно разъезжал между ними, воодушевлял нерешительных и запугивал слабых. Калиновский был лет 26, крепкого сложения и с лицом жестким и выразительным; короткие русые волосы были зачесаны назад — таким я его видел в тюрьме за несколько дней до казни»
Следственно-судебное дело «О дворянине Гродненской губернии и уезда Викентии Калиновском» содержит свидетельства о несгибаемой воле, мужестве и стойкости, проявленных Калиновским в царском застенке. Он отказался дать какие-либо показания о составе революционной организации, заявив палачам: «Выработав трудом и жизнью сознание, что если гражданская откровенность составляет добродетель, то шпионство оскорбляет человека, что общество, устроенное на иных началах, недостойно этого названия, что следственная комисси