В 1850 году, после окончания семинарии, духовное начальство направляет Мацкявичюса ксендзом небольшого филиального костела в село Паберже (ныне Паневежского района). Здесь он служит до самого восстания 1863 года. Его активная деятельность среди населения была больше общественно-политической, чем церковной. Впоследствии он сам признавал, что более десяти лет готовил крестьян к революции, побуждаемый любовью к народу.
По собственным его словам, он «старался посещать каждое собрание народа: крестины, свадьбу, похороны, — это были для меня места пропаганды». Он разъяснял крестьянам, что причина всех бедствий, всех тягот народных «угнетение.. административным управлением, полицией и панами-помещиками», «паны и вообще шляхта — это бич». Он убеждал крестьян, что «придет то время, когда народ, поднявшись поголовно, освободится».
Когда в Литве, как и по всей России, прокатилась волна крестьянских бунтов против грабительских «Положений 19 февраля» и начались массовые религиозно-патриотические манифестации горожан, Мацкявичюс убеждал крестьян в необходимости организованного выступления против царизма и помещиков. Он призывал их восстать, когда настанет подходящий момент. Бывая в дворянских поместьях, Мацкявичюс громко высказывал помещикам горькую истину о нуждах крестьянства и жестокости господ и делал это так, чтобы и панские слуги слышали, а слышанное передавали крестьянам.
Наряду с революционной пропагандой Мацкявичюс вел просветительную работу. Он понимал, что невежество и темнота народа — союзники его угнетателей, и много времени уделял обучению крестьян грамоте — чтению и письму.
Революционная пропаганда Мацкявичюса была направлена против помещиков и царской власти, против всех проявлений феодально-крепостнических порядков, за свободу народов, за лучшее будущее, путь к которому, по его собственным словам, лежал через революцию.
Революционное мировоззрение Мацкявичюса окончательно сформировалось в годы демократического подъема конца 50-х — начала 60-х годов под непосредственным влиянием идей русских революционных демократов. Он был знаком с их произведениями, читал «Колокол», который широко распространялся в Литве. Он пристально следил и за нараставшим национально-освободительным движением польского народа, понимая, что революционные силы Литвы должны действовать совместно с демократами соседних народов.
Вслед за русскими революционными демократами, вместе со своими товарищами Константином Калиновским и Зыгмунтом Сераковским Мацкявичюс раскрывал крестьянам грабительскую сущность реформы года, срывал с царя маску доброжелателя народа. Реформа, по его словам, ограничилась тем, «что бедный народ переменил только господина — даже хуже... На подати должен отдать последнюю подушку... А что об администрации? Печется ли она? Все, чтобы содрать. А от разбойничьей власти есть ли куда обратиться и пожаловаться?»
Мацкявичюсу было ясно, что царский манифест не дал крестьянам долгожданной воли и, следовательно, задачи революционной освободительной борьбы против царизма и помещиков остаются нерешенными.
В годы революционной ситуации демократические силы России начали деятельную подготовку к вооруженному восстанию. Возникло общество «Земля и Воля». В Варшаве в 1862 году был создан Центральный комитет для руководства революционными силами польского народа. Летом в Вильно образовался Комитет движения для подготовки и руководства восстанием в Литве и Белоруссии. Во главе комитета встал Кастусь Калиновский. В июле в Кейданах (Кедайняй) произошла личная встреча З. Сераковского, К. Калиновского и А. Мацкявичюса.
События назревали быстрыми темпами. С конца года в разных местах Литвы группы молодых крестьян с оружием в руках оказывали сопротивление помещичьим прислужникам и полиции. Вооруженные крестьяне все чаще отбивали насильно взятых рекрутов. Положение становилось все более напряженным. Виленский генерал-губернатор Назимов 7 января года обратил внимание ковенского губернатора на «неспокойное положение» в губернии и напомнил, что в его распоряжении находится большое число войск, которыми и нужно воспользоваться для подавления опасных народных выступлений.
Царские власти повсюду переходили в открытое наступление на демократические силы. Литва не была исключением. Край был объявлен на военном положении. Активизировали свою деятельность и революционеры. И Мацкявичюс в эти месяцы «еще более начал трудиться, указывая народу, что пришло время поголовного восстания».
Восстание началось в Польше. 10 (22) января 1863 года Временное Национальное правительство в Варшаве обнародовало манифест, в котором призвало народ к вооруженной борьбе с царизмом. Восставших поляков поддержали революционные силы Литвы и Белоруссии. Литовский Комитет движения, возглавляемый Калиновским, объявил себя революционным правительством. В Литве и Белоруссии началось формирование повстанческих отрядов.
Узнав о начавшемся восстании, Мацкявичюс «первый поднял знамя восстания в Литве». Он немедленно оповестил окрестных крестьян, заранее им подготовленных к выступлению, создал боевой отряд, состоявший из трехсот человек, вооруженных косами. Мацкявичюс вступил на путь открытой и решительной борьбы против царизма и крепостничества, за землю для крестьян, за свободу для народов. В ходе начавшихся военных действий отряд Мацкявичюса постоянно пополнялся добровольцами. Крестьяне, особенно молодежь, повсюду оказывали ему поддержку и охотно вступали в его отряд. Мацкявичюс стремился объединить литовских крестьян в единых боевых рядах с белорусами, поляками, русскими. «Так как Литве, — говорил он, — недостает многих условий для самостоятельной революции, то я и хотел массой помогать Польше, требовать от нее помощи для литовской революции и тем снискать для народа утверждение прав граждан и бесплатный надел земли».
Весна, лето и осень 1863 года прошли в постоянных походах, столкновениях и битвах повстанцев с царскими войсками. Первое крупное столкновение отряда Мацкявичюса с царскими войсками произошло 15 марта 1863 года. Его отряд, объединившись с отрядом Яблоновского-Длуского, у села Новобиржи сразился с четырьмя ротами пехоты и одним эскадроном кавалерии. Плохо вооруженные, не закончившие формирование, повстанцы понесли немалый урон. По данным царского командования, они потеряли около пятидесяти человек убитыми. Однако отряды продолжали боевые действия. С весны 1863 года восстанием была охвачена вся Литва. Командиры отрядов поддерживали между собой связь, а через повстанческий центр в Вильно — с революционными силами Польши и России.
За ходом восстания в Литве и Белоруссии внимательно следили К. Маркс и Ф. Энгельс. В письме К. Марксу 8 апреля 1863 года Ф. Энгельс писал. «Литовское движение сейчас самое важное, так как в нем принимают большое участие крестьяне, а ближе к Курляндии оно приобретает даже прямо аграрный характер». Н. Огарев характеризовал восстание в Литве как «антипанское».
Русские революционные демократы вели пропаганду в войсках, посланных на подавление восстания в Польше, Литве и Белоруссии. Со страниц «Колокола» раздавались призывы к войскам не обагрять рук кровью своих братьев. «Земля и Воля» обращалась к «офицерам всех войск», призывая их не поднимать оружия против повстанцев, а держаться «крепко в союзе друг с другом и с нами». Восстание 1863 года было кровным делом для прогрессивных сил всех народов.
Мацкявичюс с первых же дней принимал в нем самое активное участие, понимая, что дело, за которое он борется, является делом всеевропейской демократии. С сентября 1863 года он возглавил общее руководство действиями всех повстанческих отрядов Ковенской губернии.
Важнейшим событием было объединение в апреле 1863 года повстанческих отрядов под руководством З. Сераковского Мацкявичюс передал свой отряд под непосредственное руководство Доленги и вместе с Колышкой стал одним из ближайших соратников выдающегося польского революционера. Повстанческая армия Доленги после ряда успешных боев с карателями остановилась в Оникштских лесах, воспетых поэтом А. Баранаускасом в поэме «Аникщяйский бор». В этом революционном лагере повстанческие офицеры, возглавляемые Сераковским, Мацкявичюсом и Колышкой, закончили формирование и обучение объединенного отряда. Мацкявичюс высоко ценил деятельность Сераковского, который, по его словам, завершил создание и объединение отрядов и дал очень верное направление восстанию. По поручению Сераковского он несколько раз во главе специальной группы повстанцев разгонял органы царской администрации в окрестных селениях, осуществлял там повстанческие аграрные декреты.
Успехи повстанцев и сплочение их в крупное воинское объединение под командованием Доленги и особенно массовое вступление крестьян в ряды повстанцев вызвали большую тревогу у царских властей Против объединенного отряда Сераковского были брошены крупные силы хорошо вооруженных царских войск под командованием генерала Ганецкого.
В Оникштских лесах Ганецкий уже не застал отряда Доленги. Повстанцы, покинув свой лагерь, двинулись на север. Они шли поднимать латышских крестьян. В этом марше Мацкявичюс командовал одной из колонн, двигаясь через местечки Ракишки (Рокшикис), Жабишки (Жёбишкис) к Биржам. К отряду повсюду присоединялось много добровольцев «из разного сословия: казенных и временнообязанных крестьян, мещан и дворян». Мацкявичюс, выступая перед народом, провозглашал конец царской власти, наступление свободы, внушал крестьянам, чтобы и после его ухода они не исполняли распоряжений чиновников и полицейских, не работали на помещиков, объявлял, что все мужики «получат бесплатно надел земли». По его приговору народ наказывал своих угнетателей.
25 апреля под Биржами войска Ганецкого настигли повстанцев. Два следующих дня прошли в жестоких боях, в ходе которых царские войска нанесли поражение повстанцам. Тяжело раненный Сераковский и Колышко были взяты в плен. Мацкявичюсу и Лясковскому удалось увести значительную часть отряда в Поневежские леса.
Бои с царскими войсками на всем пространстве Ковенской, Виленской и Августовской губерний продолжались летом и осенью 1863 года. Превосходящие силы карателей не позволяли повстанцам концентрироваться в одном месте, приходилось действовать партизанскими методами. Отряд Мацкявичюса, постоянно пополняемый новыми силами, вырастал порой до 1300 человек. С боями он прошел большую часть Ковенской губернии — от района Биржи — Ракишки — Поневеж до западных границ Жемайтии, до Серяджюса на Немане. Осенью 1863 года Калиновский назначил Мацкявичюса организатором и повстанческим воеводой Ковенской губернии.