Мацкявичюс никогда не шел ни на какие компромиссы с помещичьей и националистической идеологией.
Это снискало ему любовь, уважение, поддержку широких масс литовского крестьянства. В 165-м листе герценовского «Колокола» отмечались успешные действия литовских повстанцев, храбрость Мацкевича, «пламенное участие в восстании» крестьян. Даже царские чиновники признавали, что литовское население, «принимая живое участие в мятеже, везде встречало Мацкевича радушно, с хлебом-солью, видело в нем своего избавителя и верило его обещаниям о даровом наделе землею и отмене податей». Народ обеспечивал повстанцев всем необходимым. «Продовольствие, — указывал Мацкявичюс, — получал я от народа, который охотно мне давал за следуемую плату. От помещиков я брал насильно, под смертной казнью в случае отказа».
Крупные воинские силы преследовали отряд Мацкявичюса на всем протяжении края от Курляндской границы до берегов Немана. Опираясь на поддержку местного населения, ему долго удавалось уходить от карателей. Войсковые командиры в своих рапортах описывают, как они преследовали «шайку Мацкевича» от Бирж до Таурагских лесов, как они перебрасывали свои части из одного пункта в другой и не могли ни разбить отряд повстанцев, ни схватить Мацкявичюса. На одном из таких рапортов Муравьев Вешатель в июле 1863 года написал «...я нахожу объяснение подполковника Гренгагена неуместным и неосновательным и прошу Вас поставить ему это строго на вид. Он и не умел настичь шайку Мацкевича». Рапорты других царских офицеров, в которых они рассказывают, будто им удалось «настигнуть» и «совершенно рассеять скопища Мацкевича», были не в ладу с действительностью. 19 июля начальник лейб-гвардии стрелкового батальона подполковник Чертков рапортовал, что нанес «окончательное поражение партии Мацкевича». 21 сентября подполковник Давыдов доносил, что при Зеленом лесе (около Поневежа) разбил «шайку Мацкевича» и она «после нанесенного поражения совершенно рассеялась».
Но 7 октября 1863 года генерал-лейтенант Лихачев признавал, что «шайки Мацкевича и Людкевича существуют поныне, общая их численность от 800 до 1000 человек», что «на крестьян имеет огромное влияние Мацкевич», «скопища Мацкевича по-прежнему находят приют, продовольствие и получают все необходимые сведения о движении наших войск». За голову Мацкявичюса царские власти назначили крупную награду, но среди повстанцев и населения не находилось предателя. Каратели пытались заслать своих осведомителей в отряд, но и этот шаг был сорван благодаря бдительности повстанцев.
15 октября 1863 года Муравьев Вешатель приказал генералу Ганецкому уничтожить отряд, выделив для этого крупные воинские силы. Предписывая генералу «принять решительные меры к водворению порядка», Муравьев выражал уверенность, «что шайка Мацкевича и прочие шайки будут окончательно уничтожены», и указывал — «постарайтесь взять самого Мацкевича».
В подавлении восстания царским властям помогали помещики и реакционное духовенство Жемайтский епископ М. Валанчюс в августе 1863 года призывал народ не слушать повстанцев, повиноваться чиновникам и отдаться на милость царя, власть которого от бога. Мацкявичюс разоблачил епископа как пособника карателей. Он говорил, что повстанцы никогда «не доверяли ни его словам, ни обещаниям», а призывом сложить оружие Валанчюс «восстановил против себя как остающихся в отрядах, так и мирных жителей».
С наступлением зимы положение повстанцев стало крайне тяжелым. Леса и поля покрылись снегом, это облегчало карателям преследование повстанческих групп. 12 ноября у села Лебеджяй, недалеко от Немана, крупный воинский отряд в составе пехоты, гусар и казаков напал на повстанческий отряд Мацкявичюса. Повстанцы потерпели поражение. Подполковник Горелов, командовавший отрядом карателей, от пленного повстанца узнал, будто в этом бою был убит Мацкявичюс. Он «вторично рассыпал цепь с тем, чтобы найти тело Мацкевича, но между найденными убитыми телами Мацкевича не оказалось».
Царским сатрапам вновь не удалось захватить Мацкявичюса. С частью отряда он ушел от преследователей. Однако в создавшихся условиях продолжать борьбу с карателями было невозможно. Многие отряды были разгромлены, была нарушена связь не только с польским Национальным правительством, но и с повстанческим центром в Вильно. Руководители повстанческих отрядов, действовавших между Россиенами — Кейданами и Ковно (Расейняй — Кедайняй и Каунасом), решили послать Мацкявичюса в Варшаву, чтобы установить связь с руководством для обеспечения отрядов оружием и боеприпасами, для согласования конкретных планов дальнейшей борьбы.
В начале декабря Мацкявичюс с адъютантом и казначеем в сопровождении конников вышли к Неману в окрестностях местечка Вилькия. Отпустив охрану, Мацкявичюс с двумя товарищами пошел по берегу в поисках переправы. Здесь они были захвачены внезапно появившимся воинским отрядом. Это произошло 5 (17) декабря 1863 года.
В штабе Муравьева царило ликование. Один из сотрудников Вешателя, Мосолов, вспоминает: «По возвращении моем в Вильно около 10 декабря я был встречен радостною вестью; все говорили мне при встрече: «Вы знаете, Мацкевич взят!» Штабс-капитан Озерский, возглавлявший поимку Мацкявичюса, «был упоен выпавшим на его долю счастьем» и только и говорил что о своей счастливой экспедиции.
Муравьев Вешатель 6 декабря телеграфировал в Петербург военному министру: «Поспешаю уведомить Ваше превосходительство для доклада государю императору, что... известный предводитель шайки мятежников ксендз Мацкевич, его адъютант Дартюзи и кассир Родович, схваченные вчерашнего числа между Вильками и Средниками штабс-капитаном Озерским, доставлены в Ковно».
Дальнейшая судьба Антанаса Мацкявичюса была предрешена. Муравьев отдал приказ судить его в 48 часов. Однако желание царских палачей добыть от пленника нужные им сведения несколько затянуло дело. Следствие продолжалось шесть дней. Чтобы сломить волю Мацкявичюса, ковенский губернатор Муравьев (сын Вешателя) приказал ввести в свой кабинет во время допроса Антанаса его отца — тяжело больного, уже долгие месяцы томившегося в тюрьме. Неожиданная встреча с отцом потрясла, но не сломила вождя восстания. «Прости, отец, но не обвиняй, не все кончено, не все потеряно!» — заявил Антанас.
Следователи не могли добиться от него желаемых показаний, а генерал-губернатор не хотел долго ждать. 9 декабря он послал в Ковно телеграмму, требуя «ускорить окончание военного суда над ксендзом Мацкевичем».
На следствии Мацкявичюс держался мужественно. Он с гордостью говорил царским следователям о своей двенадцатилетней революционно-пропагандистской деятельности. Он признавал, что готовил народ к выступлению и призывал его действовать, как только борьба началась в Польше, что он был организатором и руководителем восстания «не по принуждению, а по своему убеждению». На вопросы о своих соратниках и товарищах он отвечал, что ничего не знает, или называл только погибших. Он даже «не знал», кто входил в Виленский комитет.
Попытке следователей обвинить его в том, будто он действовал против русского народа, Мадкявичюс дал резкую отповедь. Он провел резкую грань между царским правительством и русским народом, указал на всеобщую ненависть народа к правительству и ко всей царской администрации. Он заявил: «Не питал я ничего дурного против русского народа — говорю это не из боязни наказания, а по истинному моему убеждению, как человек, сознающий свои деяния».
Прямо и смело заявил Мацкявичюс царским следователям о своей вере в конечную победу революции, «А что взгляды мои справедливы, — писал он,— свидетельствуюсь настоящим положением, как человек, который знал, что делает, когда делал, и что ожидает, если не удастся».
Мацкявичюс понимал, что восстание уже разгромлено. Но задачи, решения которых добивались повстанцы, по-прежнему не решены. «Если только правительство, — писал он, — не переменит способ действия администрации, если не прекратят обирательства и мучения над жителями, найдется другой Мацкевич и, что я не сделал, сумеет окончить».
12(24) декабря 1863 года военно-полевой суд «рассмотрел» «военно-судное дело» Антанаса Мацкявичюса и констатировал, что «подсудимый Мацкевич.., первый поднял знамя восстания в Литве, которое, по выражению Мацкевича, вначале опиралось на нем одном, и как до этого, так и потом рассеивал везде свои преступные стремления... и старался распространять и проповедовать восстание в Ковенской, Виленской и Гродненской губерниях. В то же время Мацкевич, собрав шайку, принял над ней начальство, вошел в тесные сношения с членами так называемого народного правления, вскоре назначен был люстратором (то есть инспектором. — Ю. Ж.) мятежных шаек и, наконец, в начале минувшего ноября месяца получил от литовского революционного правительства мандат на звание организатора вооруженной силы Ковенского воеводства и вместе с тем был назначен наместником войскового начальника в Ковенском воеводстве. При таких обширных уполномочиях подсудимый был главным и действительным агитатором восстания в Литве и до последних дней пытался поддержать восстание в крае. На допросе же он сам сознался во всех своих преступлениях, скрыв, однако, всех лиц и членов революционной организации, с которыми он сначала как начальник одной шайки, а потом как люстратор и, наконец, как организатор всех шаек в Ковенской губернии должен был иметь непосредственное и близкое сношение. Единственное оправдание, которое представил Мацкевич, заключается в том, что он... если поднял первый знамя бунта, то, собственно, в защиту литовского народа без решительного намерения оторвать его от русского государства».
Временный полевой аудиториат приговорил Антанаса Мацкявичюса «казнить смертию повешением». Решение аудиториата 14 декабря утвердил генерал-губернатор Муравьев, «с тем чтобы смертная казнь над ксендзом Мацкевичем была исполнена публично в г. Ковно».
Через два дня, 16(28) декабря 1863 года, приговор был приведен в исполнение на небольшой площадке, где ныне сходятся две каунасские улицы — Ожешкенес и Саломеи Нерис.