Между тем англо-русские войска получили подкрепление – 7 сентября 1799 года собрался наконец весь экспедиционный корпус. Однако положение его, вследствие наступивших холодов, вскоре стало удручающим: вода в многочисленных каналах из-за бурь и дождей поднялась, залила низменности и превратила их в труднопроходимые болота. Солдаты же не имели должного обмундирования, палаток и шалашей, кроме того, была крайне затруднена доставка транспорта. Русские войска также страдали от нехватки продовольствия и от непривычной пищи. Продовольственных обозов у воюющих не было; до самого конца экспедиции кавалеристы оставались спешенными.
Как только высадились последние русские войска, герцог Йоркский решил сразу же перейти в наступление, атаковав неприятеля, занимающего позицию в городе Бергене и его окрестностях. Атака была произведена 8 сентября и окончилась неудачей. Больше всего пострадали при этом русские войска, которые уже овладели Бергеном, но, встреченные контратакой превосходящих сил и своевременно не поддержанные, были выбиты оттуда со значительными потерями. Союзники отступили на прежние позиции, потеряв около 4 тысяч человек (русские – до 3 тысяч, среди них генерал Жеребцов, англичане – около тысячи). Их сложное положение еще более усугубилось, когда была утрачена всякая надежда на содействие приверженцев принца Оранского. Армия Брюна, напротив, укрепила свой боевой дух одержанным в сражении успехом и, кроме того, получила значительное новое подкрепление. Видя, что противник имеет небольшие силы, Брюн решает нанести удар. 10 сентября на рассвете он начал наступление шестью колоннами, однако потерпел неудачу. Получив сильный отпор, Брюн решил отказаться от всех наступательных действий и стал возводить укрепления в ожидании дополнительных сил, которые ему были обещаны. Тем временем герцог Йоркский приводил свои деморализованные войска в порядок. Он стоял перед дилеммой: либо полностью отказаться от военных действий, либо снова пойти на риск и атаковать. После долгих размышлений герцог выбрал второй вариант. Ввиду того, что в сражении 8 сентября не принимали участия около 15 тысяч солдат, герцог Йоркский все же решил предпринять новую атаку против французов и голландцев. Однако сражение, данное 21 сентября, не имело решительных результатов; но так как союзникам удалось обойти слева французскую позицию, то генерал Брюн в ночь на 22 сентября отвел свои войска к Бевервейку, в окрестностях которого занял новую позицию.
Два последующих дня обе противоборствующие стороны не предпринимали никаких действий. Герцог Йоркский все никак не мог решиться на атаку, а Брюн решил взять союзников измором, тем более что это бездействие шло именно ему на пользу. И вот, несмотря на удручающее положение войск, 25 сентября герцог Йоркский все же решился предпринять еще одну попытку разгромить войска Брюна. Целый день близ Бевервейка шел жаркий бой. В этом сражении между действиями отдельных атакующих колонн герцога Йоркского не было ни малейшей связи; вся тяжесть боя легла на русские войска, а выигрыш заключался лишь во взятии нескольких селений, между тем как потери доходили почти до 2,5 тысячи человек. Позиции, занимаемые французами, несколько раз переходили из рук в руки. Победа клонилась то на одну, то на другую сторону до тех пор, пока генерал Гильом Брюн не добился ее прекрасной кавалерийской атакой, заставив противника в беспорядке отступить. 15 октября Брюн нанес удар по союзным войскам и окружил их лагерь.
Положение армии союзников стало критическим: число выбывших из строя в сражениях доходило до 10 тысяч; госпитали были переполнены больными и ранеными; под ружьем оставалось не более 18 тысяч; подвоз продовольствия стал еще более затруднительным.
Войско Брюна, напротив, получило обещанное подкрепление, а снабжение солдат и офицеров припасами происходило без задержек, благодаря средствам богатой страны в тылу. Учитывая сложившиеся обстоятельства, на военном совете армии союзников было принято решение возвратиться в Англию, а чтобы посадка войск на суда могла совершиться беспрепятственно, с генералом Брюном вступили в переговоры.
Последний согласился заключить с союзниками конвенцию, главные условия которой состояли в том, что к 19 ноября экспедиционные войска обязывались выйти из Голландии, сдать батареи Хелдера и возвратить несколько тысяч французов и голландцев, захваченных в плен. Условия капитуляции были выполнены со скрупулезной точностью. 5 ноября в Англию отплыли первые части союзных войск, а 19 ноября последний эшелон русско-английской армии покинул Голландию, не выполнив поставленную перед ним задачу. После этой победы за генералом Брюном в войсках закрепилось почетное звание «Спасителя Батавской республики». Наполеон позднее признавал, что Брюн в 1799 году избавил Францию от нового вражеского нашествия. Правда, в своих воспоминаниях Наполеон хоть и не столь резко, но критиковал некоторые действия и решения Брюна. Разбирая все этапы этой кампании, Наполеон, в частности, пишет: «Генерал Брюн потерял десять дней августа в досадных колебаниях. Чтобы принять решение, он выжидал более надежных сведений о намерениях противника. Он считал, что лучше действовать медленно, чем действовать плохо и наобум. Такая осмотрительность была тут неуместна: не могло быть никакого сомнения относительно пункта, где будет иметь место атака англичан. Им хотелось захватить Голландию; они могли это сделать, лишь овладев Зюйдерзее, а для этого им нужен был Гельдер». Однако, несмотря на критические замечания, Бонапарт в конце заключает, давая тем самым оценку действиям Брюна: «Он провел кампанию умно».
России же голландская кампания не доставила ни славы, ни выгод. Даже после окончания экспедиции русским войскам, во время пребывания их на английских островах Джерси и Гернси, пришлось вытерпеть много лишений, и только в сентябре 1800 года экспедиционный корпус вернулся домой. Существенную пользу из этих военных действий извлекла только Англия: ей удалось овладеть голландским флотом, и овладеть безвозвратно, так как условия конвенции его не коснулись.
Опала верного Брюна
Несмотря на свой крайний республиканизм, во время государственного переворота, получившего название «переворот 18 брюмера» (по французскому революционному календарю), Гильом Брюн всецело поддержал Наполеона и стал одним из ближайших сподвижников главного защитника Великой французской революции, ярого антимонархиста – генерала Бонапарта. В результате этого переворота была лишена власти Директория, разогнаны представительные органы (Совет пятисот и Совет старейшин) и было создано новое правительство во главе с Наполеоном Бонапартом.
Ранним утром 9 ноября 1799 года (18 брюмера) на совет были созваны старейшины. Собравшиеся депутаты единогласно подтвердили перенесение законодательного корпуса в Сен-Клу, где оба совета должны были собраться на другой день не ранее полудня. Исполнение этого декрета было возложено на Бонапарта; ему предоставлялось право принять все меры, необходимые для безопасности республики, и ему же подчинялись все местные вооруженные силы; вместе с тем всем гражданам вменялось в обязанность оказывать ему помощь при первом требовании с его стороны.
К народу Совет старейшин обратился с особым манифестом, в котором декретированные меры оправдывались необходимостью усмирить людей, стремящихся к тираническому господству над национальным представительством, и тем обеспечить внутренний мир. Бонапарт, окруженный генералами и офицерами, немедленно отправился на заседание совета, где произнес короткую речь с обещанием поддерживать «республику, основанную на истинной гражданской свободе и на национальном представительстве». Так, путем заговора в верхах и опираясь на преданных ему военных, Наполеон под предлогом спасения Республики от мифических врагов назначил себя командующим Парижским военным округом и, разогнав высшие органы власти, установил режим правления трех консулов. Первым из них, то есть фактическим главой Французской республики, стал он сам. В 1802 году Бонапарт стал пожизненным консулом, а 18 мая 1804 года императором Наполеоном I.
В декабре 1799 года Бонапарт назначил Гильома Брюна членом Государственного совета и председателем военной секции. 14 января 1800 года он был представлен к должности командующего западной армией, призванной покончить с мятежниками, а 17 января 1800 года консул Наполеон Бонапарт утвердил это назначение. «Брюн, – пишет Рональд Делдерфилд, – единственный из генералов, уже встречавшийся с англичанами на поле боя и разгромивший их, был отправлен на все еще беспокойный Запад (Франции) с приказом предпринять последнюю попытку убедить храбрых и тупоголовых крестьян Вандеи, что революция – это свершившийся факт и что у Бурбонов нет никаких перспектив возвратиться на престол и наказать тех, кто гильотинировал Людовика и его австриячку жену. Чтобы придать больше убедительности доводам Брюна, Наполеон выделил в его распоряжение 60-тысячную армию». Довольно скоро генерал добился определенных успехов, в результате чего руководители вандейцев и шуанов согласились сложить оружие. Но 5 мая 1800 года Брюн был отозван первым консулом в Дижон, а уже 11 мая был назначен командующим 18-м (дижонским) военным округом и вскоре официально утвержден в этом звании. В начале лета 1800 года Гильом Брюн был назначен на должность главнокомандующего резервной армией, которой командовал до 15 августа 1800 года. 13 августа 1800 года по распоряжению Наполеона Брюн был представлен к должности главнокомандующего итальянской армией, на которой он заместил генерала Анри Массена. Как пишут исследователи, причина этой замены была в том, что, обретя пост главнокомандующего итальянской армией, Массена «без промедления попытался извлечь из него всевозможные материальные выгоды». Московский историк Сергей Захаров пишет: «Снятый со своего поста Массена был заменен генералом. Правда, следует отметить, что новый главнокомандующий Итальянской армией был не лучше предыдущего: Брюн действовал в Италии так же, как Массена до него, не гнушаясь ничем, что могло бы обогатить его».