Должности военных генерал-губернаторов также занимали: в Гродно в разное время генералы Брюн и Лебрен, в Белостоке генерал Феррьер.
Генерал-губернатором всего княжества стал граф Дирк ван Хогендорп, оставивший довольно интересные мемуары.
30 августа 1812 г. Жомини был снят со своего поста и направлен в Смоленск (там он сменил генерала Армана Огюстена Луи Коленкура герцога Виченцского), где тоже пробыл не долго; 4 октября его место в управлении г. Вильно занял барон Рох Годар. Причины перевода Жомини до сих пор остаются спорными: по одной версии – из-за разногласий с начальником Хогендорпом, по другой – за плохую работу (о чем неоднократно писал Наполеон). Можно предположить, что эти причины связаны между собой. Для честолюбивого швейцарца этот конфликт закончился даже временным домашним арестом. Вместе с тем необходимо указать и на наличие сведений о том, что именно Жомини впоследствии предложил Наполеону ряд решений, облегчивших отступление остатков Великой армии из Росиии. В частности, благодаря собранным им сведениям о местности переправа отступавшей французской армии через реку Березину прошла относительно удачно.
Также по поводу его будущих конфликтов с сослуживцами следует вспомнить, что в кампанию 1813 г. Жомини, являясь начальником штаба при Нее, внес большой вклад в победу при Бауцене, но не был произведен в дивизионные генералы из-за недоброжелательства Бертье. Оскорбленный этим, Жомини в день истечения перемирия перешел в стан антифранцузской коалиции. Принятый на службу императором Александром I с чином генерал-лейтенанта и званием генерал-адъютанта Жомини стал в осеннем походе 1813 г. советником, при этом далеко не бесполезным. Как результат – 8 октября 1813 г. был награжден орденом Св. Анны 1-й степени (впоследствии получил еще несколько орденов и наград). Также при императоре Николае Жомини участвовал в разработке военных проектов и, в частности, проекта об учреждении высшего военно-учебного заведения для получения образования офицерами Генерального штаба (позже – Николаевская Академия Генерального штаба). Интересно, что в военной галерее Зимнего дворца имеется портрет Жомини, хотя, как было указано, сам он был во время кампании 1812 года на противоположной стороне – на службе в армии императора Наполеона.
Возвращаясь к пребывании Жомини на должности военного губернатора Вильно, следует отметить, что, по воспоминаниям современников, работа гражданских органов была не очень слаженной и эффективной. В частности, генерал Тьерри ван Хогендорп писал: «Они ничего не делают». Вследствие этого Наполеон принял решение, что «власть военная и власть гражданская должны быть совмещены», и 24 августа Хогендорп был поставлен во главе Временного литовского правительства.
С целью повышения поддержки со стороны местного населения было подготовлено несколько воззваний. В одном из них указывалось следующее: «Правительством приняты меры для того, чтобы восстановить порядок и облегчить ваше положение, но чтобы достигнуть этого, необходимо, чтобы и вы приложили к этому свои старания…» При этом объяснялись и некоторые обстоятельства войны: «Вражда императора Наполеона с императором Александром до вас не касается: ваши обязанности будут состоять лишь в том, чтобы наблюдать за благоденствием города».
Относительно реальной практической деятельности отдельных комитетов Комиссии Временного правительства следует отметить, что система управления, построенная по принципу коллегиальности, была в определенной степени довольно хорошо продумана и закончена, но не имела достаточно реальных сил, на которые могла бы опираться при выполнении своих задач.
Необходимо констатировать, что уровень самостоятельности в деятельности и полномочиях Комиссии Временного правительства был низким. Прежде всего, это было связано с тем, что над ней существовал постоянный контроль французов. В частности, опекуном (протектором) являлся сам Наполеон, который определил, согласно предложению А. Сапеги, ее состав. При Комиссии также находился императорский комиссар Биньён, бывший французский резидент в Варшаве. Французский историк А. Вандаль давал ему следующую характеристику: «Это был маленький человек, очень деятельный, живой, резвый, высокообразованный и шибко рачительный, всей душою преданный служению императору и его славе». Императорскому комиссару подчинялся интендант, который был при административной комиссии департамента. Разные французские чиновники были при городских и уездных властях Великого княжества Литовского (ВКЛ).
Но несмотря на довольно точное разграничение правительственных функций, управление страной было крайне неудовлетворительно. Вот как объясняет это участник военных действий, полковник де Марбо (которого нельзя заподозрить в недоброжелательстве по отношении к полякам): «необходимость поддерживать порядок в местностях, занимаемых нашими войсками, побудила императора учредить должности префектов и подпрефектов, на которые были избраны образованные поляки. Но служебная деятельность этих лиц не принесла ровно никакой пользы. Полное равнодушие литовских поляков происходило главным образом оттого, что все эти великодушные поляки, беспрестанно твердившие о свободе, держали своих крестьян в самом суровом рабстве. Крупные землевладельцы опасались, что французы их освободят, а потому из расчета держали сторону русского правительства, обещавшего не нарушать их владельческих прав». Собственно, в этих словах и кроется объяснение недоброжелательного поведения местных помещиков, связанное не с патриотическими побуждениями, а мотивами личной экономической выгоды.
Параллельно с контролем французов за литовским правительством действовало также военное управление армии Наполеона. Помимо того, в собственно гражданское управление постоянно вмешивались французские командиры и чиновники армейских частей, которые временно находились в населенных пунктах или проходили через них.
Все это вызывало недовольство литовцев и, собственно, когда военный французский генерал-губернатор граф Хогендорп стал председателем Временного правительства (24 августа), это продемонстрировало, что так называемое возрождение и самостоятельность Литовского княжества – всего лишь фарс. После этого А. Сапега заявил протест и подал в отставку. Историк Ю. Татищев писал о последствиях таких изменений: «Получился своеобразный вид государства, лишенного самого содержательного признака независимого бытия: в наличии были территория и народ, который там жил, но не было объединяющей его власти, хотя и имелись ее агенты».
Сложившаяся ситуация осложнялась и служебными перестановками в Комиссии. В частности, после снятия с должности А. Сапеги военный комитет возглавил генерал Стефан Грабовский, а во главе комитета финансов был поставлен К. Прозор. Комитет продовольствия возглавил Игнатий Тызенгауз. Военное время дополнительно усложнило социально-экономические условия работы Комиссии, ведь край был наводнен группами разбойников, отставших от войск. К тому же представители французской администрации плохо относились к членам местных органов управления, изымали денежные средства из казны и т. д.
Отдельно необходимо остановится на попытках поляков воссоздать Речь Посполитую в границах 1772 года. В частности, когда они окончательно осознали, что Литва не будет к ним присоединена (случилось это после визита их депутации к Наполеону), они начали действовать самостоятельно. В частности, Совет Генеральной конфедерации писал в Комиссию Временного правительства Литовского княжества следующее: «Общий неприятель разорвал исконные нити братства и нужно нам поднять надежду, что общий освободитель возвратит его и восстановит. Покажем ему, что захватчик только господствовал над землею, а сердца не переставали всегда быть верными Отечеству, которое находилось под его всеобъемлющей опекою, и, взявшись за руки, доверием, достоинством и общим к единственной цели усилием установим единство и драгоценное дело возрождения ее». Про общие цели говорилось также и в воззвании к жителям освобожденных уездов Литвы, к которым обращались таким образом: «Мужественные литвины, соотечественники наши».
В воззвании к Литве и западным губерниям конфедерация призывала: «Довершите вашим усердием, чтобы истосковавшаяся родина узрела всех истинных сынов своих, сплоченных одним духом, одной целью и едиными неразрывными узами. Общий враг расторгнул вечные союзы братства; мы должны надеяться, что общий избавитель возвратит и сплотит их… Дадим друг другу руку и решим – единомыслием, доверием, ревностью и общим стремлением к единой цели поддержать святое дело – возрождение отечества…» Это дало результат, и 14 июля Комиссия Временного правительства подписала акт присоединения к Генеральной конфедерации Княжества Варшавского (о нем упоминалось ранее). Председатель Комиссии Ю. Сераковский свою речь закончил словами: «Да здравствует объединение Литвы с короной!» Этот призыв повторили все присутствующие. В тексте акта также указывалось, чтобы «разъединенные страны Королевство Польское и ВКЛ объединены были бы вновь в единственное политическое тело и возвратились бы к давней своей Отчизне, ее свободам и владениям».
Постепенно присоединились к Генеральной конфедерации и западные губернии. Сначала Брест-Литовск, давая клятву «содействовать всеми доступными человеку силами и способами тем ее предначертаниям, которые касаются дела освобождения всех частей нашей древней земли от неприятельской власти, и в этом полагаем главную цель наших усилий». Затем присоединился совет гродненской конфедерации, «…ибо теперь разбиты позорные цепи, 18 лет давившие нас. Пора очнуться от тяжелого сна, в который мы были ввержены волей и тиранией насильника. Теперь настало время показать всему миру, что мы поляки, что мы еще не утратили того народного духа, которым гордились наши предки… С сегодняшнего дня мы стали нацией…»
Затем присоединились к конфедерации и другие города и провинции Северо-западного края: в Волковыске и Волковысском уезде, Минске, Слуцке, Бобруйском уезде, Пинском, Виленском, Игуменском и Борисовском уездах. Везде процесс принятия актов проходил следующим образом: зачитывался акт Варшавской (Генеральной) конфедерации, избирали делегатов на нее, подписывали акт. Текст по содержанию также был схож. Примером может служить акт присоединения к конфедерации Минской губернии: «Мы, граждане Королевства Польского и ВКЛ, что живём в его области, которая за времена неволи была названа Минской губернией, – знать, духовенство, мещане, крестьяне и всякого состояния люди перед Богом и всем обществам свидетельствуем, что освобожденные от ярма московской неволи и возвращенные к нашему отечеству, мы, как только разузнали об образовании конфедерации всего польского королевства, желая как можно крепче связаться сердцем и оружием с нашими братьями, соединяемся добровольно, единодушно и непринужденно через настоящий торжественный акт с конфедерациею Королевства Польского».