Директором и главным редактором издаваемого институтом журнала "Вестник аналитики" с момента создания института был Вагиф Гусейнов.
Бывший председатель КГБ Азербайджанской ССР Вагиф Гусейнов для Бобкова не был случайным человеком. Их навсегда связала кровь сотен погибших бакинцев – армян и азербайджанцев – в январе 1990 года. Укрывшись с помощью Бобкова в Москве, Гусейнов не только сумел избежать уголовного преследования на родине, но и получил престижное место работы.
Гусейнов родился в 1942 году в городе Куба Кубинского района Азербайджанской ССР. В 1970 году окончил факультет журналистики Азербайджанского государственного университета. С 1973 по 1978 годы – секретарь, затем первый секретарь ЦК ЛКСМ Азербайджана. В 1978 году его перевели в Москву в ЦК ВЛКСМ на должность секретаря по международным делам. С 1980 по 1983 годы – первый секретарь Бакинского городского комитета компартии Азербайджанской ССР.
В 1984 году возглавил Национальный олимпийский комитет Азербайджана. В 1986 году был назначен на должность первого заместителя начальника управления по обслуживанию дипломатического корпуса МИД СССР. С 1988 по 1989 год – заведующий отделом организационно-партийной работы ЦК КП АзССР. Избирался членом ЦК КП АзССР и депутатом Верховного Совета АзССР. С августа 1989 года по 13 сентября 1991 года – председатель Комитета государственной безопасности АзССР.
Именно при Гусейнове 19–20 января 1990 года в Баку в связи с произошедшими там 13–19 января погромами, в результате которых погибли десятки армян, были введены части советской армии и спецподразделений КГБ СССР. После начала этой операции число жертв оказалось еще больше. В заявлении комиссии Верховного Совета Азербайджанской ССР по расследованию событий тех дней говорилось:
''В ночь с 19-го на 20 января 1990 года в городе Баку совершена страшная по своей жестокости преступная акция, приведшая к массовой гибели мирного населения... В операции были задействованы крупные формирования сухопутных, военно-морских, военно-воздушных и воздушно-десантных войск Союза ССР, а также войск специального назначения КГБ и МВД СССР. Ввод указанных воинских частей и соединений в город Баку сопровождался антигуманными, жестокими действиями со стороны военнослужащих, жизни лишались все, кто попал в поле зрения, обстреливались жилые дома и медицинские учреждения, давились танками машины ''скорой помощи'', проезжавшие мимо и стоявшие на обочине автомобили, добивались раненые, расстреливались медицинские работники при оказании неотложной помощи на местах.
По предварительным данным, на сегодняшний день убито 168, ранено и получило телесные повреждения 715 мирных жителей, нет сведений о судьбе более 400 человек. В их числе женщины, старики и дети... Многих смерть настигла в квартирах, подъездах домов, в автобусах и на рабочих местах. По сей день продолжают поступать сведения о новых жертвах и умирающих от ран. Погибло 28 и ранено более 80 военнослужащих, многие из которых пострадали от рук своих товарищей в результате несогласованных действий командования''.
Наставником Гусейнова в этот период был Бобков, лично прибывший в Баку за неделю до ввода в город войск и спецподразделений КГБ группы "А" ("Альфа").
В марте должны были состояться выборы в парламент Азербайджанской ССР, в ходе которых, несомненно, победил бы Народный фронт (НФА). По наущению Москвы с целью дестабилизации обстановки и появления предлога для введения режима чрезвычайного положения для последующего ареста лидеров НФА и разгона его структур в Баку республиканским КГБ были спровоцированы погромы армян.
После распада СССР и прихода в Азербайджане к власти представителей Народного фронта Гусейнов был арестован и находился под следствием по обвинению в организации взрыва на бакинском телецентре в феврале 1991 года. Некоторое время он содержался в следственном изоляторе. В 1993 году он был освобожден, в феврале 1994 года покинул Азербайджан и обосновался в Москве, где сделал успешную карьеру у Бобкова. В 1996 году Азербайджан потребовал экстрадиции Гусейнова, однако российские власти в экстрадиции Гусейнова Азербайджану отказали.
С 1995 по 1996 годы Гусейнов руководил Аналитическим центром АФК ''Система''. С 1996 по 2001 годы он был президентом АООТ ''Акционерное общества научно технического развития ''Регион'', оставаясь одновременно членом Совета директоров АФК ''Система''. Формально в его подчинении находился тогда бывший председатель КГБ СССР генерал армии Крючков, вышедший из тюрьмы по амнистии. В 1998 году совместно с бывшим комсомольско-партийным функционером Олегом Сергеевичем Кузиным, главным редактором газеты ''Санкт-Петербургские ведомости'', Гусейнов создал информационное агентство ''Росбалт''. В 1998–1999 годах Гусейнов был председателем совета директоров этого агентства.
Под "крышей" Института стратегических оценок и анализа укрылся также бывший начальник 5-го управления КГБ СССР генерал-лейтенант Евгений Иванов, кадровый офицер 5-го управления КГБ Владимир Масленников и его подчиненный по времени службы в 5-м управлении КГБ Валерий Ширяев, старший оперуполномоченный 1-го отделения 3-го отдела, курировавшего МГУ.
В бытность свою офицером 5-го управления КГБ автор этих строк был лично знаком с Ширяевым – через приятеля и коллегу по службе Владимира Пищенко. С Пищенко их сблизило пристрастие к спиртному, в итоге сократившее Пищенко жизнь. Он умер в возрасте 56 лет. Ширяев же по-прежнему в строю и трудится в издательстве "Новой газеты" на должности заместителя директора, являющейся прикрытием, так как он по-прежнему состоит на службе в госбезопасности в качестве офицера действующего резерва ФСБ России.
В числе сотрудников института, подчиненных Гусейнова, было немало людей весьма примечательных. Александр Львович Свечников в 1973 году окончил географический факультет МГУ. Начинал свою службу в 3-м отделе 5-го управления КГБ СССР. В 1987 году стал кандидатом философских наук. В конце 1980-х занимал должность помощника начальника 5-го управления КГБ Евгения Иванова. После коллапса СССР непродолжительное время был сотрудником ФСБ России.
В 1995 году Свечников вернулся под начало бывшего своего руководителя Евгения Иванова, к тому времени возглавившего информационно-аналитическое управление службы безопасности "Мост-банка", где Свечников работал в подразделении, возглавляемом бывшим его коллегой по 3-му отделу 5-го управления КГБ СССР Ширяевым. После упразднении и этой структуры он последовал за своим шефом в ИСОА, где укрылись многие его бывшие коллеги по 5-му управлению КГБ СССР и сотрудники СБ "Мост-банка".
Свечников написал несколько книг: "Глобальный капитализм: размышления на тему" (2002, в соавторстве), "Современный глобальный капитализм" (2003, в соавторстве) и так далее. Главным автором на обложках этих книг был указан Филипп Бобков. Другим соавтором Свечникова был генерал Евгений Иванов.
Еще одним из соавторов Свечникова был его коллега по 5-му управлению КГБ СССР Сергей Петрович Чаплинский, бывший в течение ряда лет сотрудником 8-го отдела этого управления и помощником генерала Ивана Абрамова. Отдел осуществлял разработку зарубежных сионистских центров и сионистов-активистов из числа советских граждан. Как и Свечников, Чаплинский некоторое время являлся помощником начальника 5-го управления КГБ СССР генерал-лейтенанта Иванова. В какой-то момент Чаплинский и Свечников были еще и секретарями комсомольской организации 5-го управления КГБ СССР.
На этом, однако, тяга к написанию книг у Бобкова не угасла. Соавтором его воспоминаний стал писатель Святослав Рыбас, завербованный в агентурную сеть госбезопасности в период его обучения на втором курсе литературного института имени Горького в Москве. Вербовал Рыбаса офицер 1-го отделения 2-го отдела 5-го управления КГБ старший лейтенант Юрий Балас (при активном участии куратора Литинститута от КГБ, которым в ту пору был автор этих воспоминаний).
Анатолий Собчак и Артем Боровик
Практически накануне избрания Путина на пост президента России 19 февраля 2000 года при странных обстоятельствах скоропостижно скончался бывший первый мэр Санкт-Петербурга Анатолий Собчак, незадолго до этого вернувшийся из-за границы, где он вынужденно скрывался от уголовного преследования на родине. Бегству Собчака за границу и устранению от должности его главного гонителя генерального прокурора РФ Юрия Скуратова активнейшим образом способствовал Владимир Путин.
Путин понимал, что в случае уголовного преследования Собчака за преступные действия на посту мэра Санкт-Петербурга неминуемо вспомнят и о самом Путине, руководившем при Собчаке комитетом по внешним связям мэрии и бывшем затем первым заместителем председателя правительства Санкт-Петербурга. Теперь же, по прошествии времени, под гарантии Путина, занимавшего посты директора ФСБ и секретаря Совета Безопасности РФ – 12 июля 1999 года Анатолий Собчак вернулся в Россию. В августе этого же года Путин стал премьер-министром, а 31 декабря 1999 года – исполняющим обязанности президента России.
14 февраля 2000 года Собчак был назначен доверенным лицом кандидата в президенты России Путина и, кроме того, возглавил политический консультативный Совет демократических партий и движений Санкт-Петербурга. Во время агитационной поездки в Светлогорск, Калининградской области, в ночь с 19-го на 20 февраля 2000 года Собчак скоропостижно скончался.
Преждевременная и неожиданная смерть породила массу кривотолков, для которых были основания. Были засекречены результаты вскрытия тела Собчака, были приняты экстраординарные меры по сокрытию всей информации, касающейся кончины Собчака. Появилась версия о его отравлении. Официально подтверждено ничего не было. Но серьезным настораживающим фактом было присутствие в Светлогорске в момент смерти Собчака известного агента КГБ бизнесмена Шабтая Калмановича и бывшего офицера ГРУ генштаба армии, также ставшего бизнесменом, Андрея Бурлакова. Как заявлял Калманович в одном из своих интервью, Собчак умер у него на руках.