Между тем командующий подводным флотом должен был сделать оперативные выводы. После того как переход от торпед с зажиганием от магнето к ударному взрывателю также не привел к лучшим результатам, а 13 апреля U-64 была поражена авиабомбой во внутреннем Нарвик-фьорде и 16 апреля U-49 – в Ваагс-фьорде, 19 и 20 апреля все подводные лодки, стоявшие перед Нарвиком и Тронхеймом, получили приказ отправляться в район Шетландских островов. 20 апреля четыре лодки этой группы стали охотиться за шедшим на север английским конвоем с сильной охраной, но по приказу командующего подводным флотом его преследование не было продолжено. На этом использование подводных лодок в норвежской операции было прекращено.
9-я группа подводных лодок стояла с 17 апреля в зоне восточнее Пентленд-Ферта, не вступая в сражения с противником. Оперирующая в районе Ставангер – Линдеснес учебная флотилия (U-l, U-2, U-3, U-4, U-5, U-6) была безуспешно использована при попытке помешать вражеским операциям по постановке мин перед Скудеснесом, а также для борьбы с подводными лодками в том же самом морском районе. При этом U-4 10 апреля уничтожила английскую подводную лодку «Фисл», в то время как 16 апреля по U-1 торпедный удар нанесла английская подводная лодка «Попэс». Днем позже эти лодки по приказу военно-морского командования были отозваны для продолжения подготовки экипажей субмарины. Согласно распоряжению командования ВМФ от 27 апреля, в дальнейшем подводные лодки в основном должны были использоваться в Атлантическом океане. После сообщения об освобождении Нарвика союзниками 8 июня пять подводных лодок получили приказ полным ходом идти в морской район Шетландских – Фарерских островов, чтобы атаковать возвращающиеся из Нарвика английские транспорты. Успехов эти лодки так и не достигли.
Чтобы сохранить момент неожиданности при высадке на берег, быстроходные военные корабли, которые должны были отправляться главным образом в порты, расположенные на севере, перевозили войска, необходимые для захвата. Они могли быть погружены на суда только со своим ручным оружием, в то время как военное имущество, тяжелое вооружение и продовольствие с 3 апреля отправлялись в порты назначения предварительным транспортом на судах снабжения эшелона – в качестве цели-прикрытия был указан Мурманск. Из семи пароходов эшелона снабжения прибыли только «Бэренфельс» 10 апреля в Берген и «Леванте» 13 апреля утром в Тронхейм; из приблизительно 11 600 тонн оборудования пропали 7000 тонн.
Предназначенный в Тронхейм пароход «Сан-Паулу» должен был 7 апреля прийти в Кристиансанн, но из-за потери времени изменил направление на Берген. Пароходы «Бэренфельс» и «Майн», которые предназначались в Нарвик и Тронхейм, из-за недостатка лоцманов 8 апреля также еще стояли в Хёугесунне. «Сан-Паулу» наскочил перед Бергеном на мину. «Рауенфельс» достиг 10 апреля Офорд-фьорда перед Нарвиком с опозданием на один день и тем не менее был уничтожен там эсминцем «Хэйвок». Направлявшийся в Ставангер пароход «Рода» был потоплен перед этим портом 9 апреля норвежским эсминцем «Аэгер». Пароход «Альстер» был захвачен 10 апреля в морском районе севернее Бодё английскими военно-морскими силами, пароход «Майн» был потоплен 9 апреля перед Хёугесунном норвежским торпедным катером «Драуг». Следовательно, из шести пароходов, предназначенных для Нарвика и Тронхейма, только один достиг Тронхейма. «Рауенфельс» и «Альстер» пришли бы в Нарвик своевременно, если бы время прихода было рассчитано не слишком плотно. «Бэренфельс» изменил направление на Берген и был потоплен там 14 апреля в результате воздушного налета.
Первый эшелон транспортировки войск (1-й морской транспортный эшелон, 15 пароходов) вышел 6 и 7 апреля из Штеттина. 10 пароходов (52 296 брутто-регистровых тонн были заняты частями военной авиации (экипажами, боеприпасами, продовольствием). Отправление морских транспортов вменялось в обязанность командиру группы тральщиков «Восток» и его штабу; охрану осуществлял командующий группами ВМС Балтийского моря. Из пятнадцати пароходов одиннадцать достигли портов назначения. За исключением парохода «Крит», предназначенные для Кристиансанна корабли прибыли, везя на борту треть 163-й дивизии. Часть еще одной, 63-й, дивизии была доставлена по плану в Ставангер, в то время как в Берген прибыло только судно «Мария Леонард» с усиленной пятой ротой 159-го пехотного полка. Пароход «Куритиба», который опоздал из-за соприкосновения с грунтом в четырех морских милях к северу от Хельсингборга, вынужден был изменить направление на Осло. Пароход «Рио-де-Жанейро» 8 апреля был потоплен перед южнонорвежским побережьем у Лиллесанна польской подводной лодкой «Орел», которая выпустила две торпеды. Из личного состава смогли спастись до 16 человек. 10 апреля английская подводная лодка торпедировала в проливе Каттегат пароход «Антарес», с которого спаслись примерно 150 человек. Пароходы «Крит» и «Иония» были торпедированы 9 апреля в Каттегате и у входа в Осло-фьорд. «Крит» смог прийти после высадки с судна войск, «Иония», после удаления личного состава, перевернулся и затонул 12 апреля.
Из эшелона танкеров только «Ян Веллем», оборудованный как корабль снабжения подводных лодок, достиг места назначения – Нарвика; танкер «Каттегат» затопил себя сам на виду у норвежского вспомогательного судна «Нордкап» перед Нарвиком. Предназначенный для Тронхейма танкер «Скагеррак» был остановлен 14 апреля английским крейсером и затоплен своим экипажем. Другой маленький танкер «Моонзунд» был уничтожен 12 апреля артиллерией английской подводной лодки «Снэппер» у Ларвика. Из эшелона танкеров военной авиации (четыре маленьких танкера, всего 1769 брутто-регистровых тонн, с авиационным топливом для Осло, Ставангера, Бергена и Тронхейма) 8 апреля у Ставернера английской подводной лодкой «Трайдент» был потоплен «Штединген». Три корабля службы безопасности полетов «Ролсховен», «Тширшки» и «Майер» использовались также для транспортировки авиационного бензина и авиабомб для Ставангера и Бергена.
2-й морской транспортный эшелон перевез на одиннадцати пароходах часть 196-й пехотной дивизии из Готенхафена в Осло. Из этого медленно двигавшегося конвоя вечером 10 апреля в проливе Каттегат английской подводной лодкой были потоплены пароходы «Фриденау» (5200 брутто-регистровых тонн), «Вигберт» (3600 брутто-регистровых тонн) и катер 1507.
Всего восемь морских транспортных эшелонов были предусмотрены во временной последовательности друг за другом, причем после возвращения снова использовались те же самые пароходы. Со следующими морскими транспортными эшелонами начиная с 12 апреля были подтянуты из Гамбурга – Киля части дивизий, уже переброшенных в Норвегию на военных кораблях 1-го морского транспортного эшелона или авиатранспортом. 4-й морской транспортный эшелон переправил из Готенхафена остатки 196-й дивизии, части корпуса и тыловые службы. Следовавшие для первой высадки медленные транспорты, перевозившие войска, понесли восприимчивые потери, так что теперь должны были использоваться быстрые транспортные средства, в частности плавучие базы и торпедные катера. Первый такой транспорт прибыл 14 апреля в 17 часов в Осло. Следующие транспорты с войсками шли из Дании на быстроходных катерах и других плоскодонных транспортных средствах, защищенных против подводных лодок.
Тем не менее транспортировка материалов могла осуществляться только торговыми пароходами. Из 12 пароходов 3-го морского транспортного эшелона (72 575 брутто-регистровых тонн), с которым 181-я дивизия была переведена из Гамбурга в Осло, пароход «Флорида» был торпедирован во второй половине дня 14 апреля у шведского западного побережья и затонул. С 3-м морским транспортным эшелоном шел танкер «Фридрих Бреме» (10 397 брутто-регистровых тонн) с 30 железнодорожными цистернами авиационного топлива. Наконец, в ходе транспортировки 2-й горнострелковой дивизии были торпедированы пароходы «Кастилло» и «Буэнос-Айрес». В то время как «Кастилло» удалось взять на буксир, «Буэнос-Айрес» затонул восточнее Скагена, потери составили 30 человек и 220 лошадей. Днем позже пароход «Клэр Стиннес» также был поврежден торпедой в Бьёрн-фьорде. Шведский пароход «Монарх» (3100 брутто-регистровых тонн) был конфискован в Бергене и в начале мая находился с немецкой призовой командой на пути из Ставангера в Германию, когда его остановила британская подводная лодка. После того как личный состав покинул судно, подводная лодка торпедой потопила пароход.
С начала операции в Норвегии (9 апреля) по 15 июня 1940 года на 270 кораблях (1 180 006 брутто-регистровых тонн) в целом было выполнено 530 рейсов. Потери составили 21 корабль (111 700 брутто-регистровых тонн), то есть примерно 10 %, людские потери – около 2000 человек, то есть почти 2 % переправленных войск.
После того как десантному эшелону не удалось осуществить снабжение соединений, высадившихся в Нарвике и Тронхейме, обеспечение потребностей армии транспортными пароходами не могло конкурировать с английским противодействием. Уже 10 апреля был отдан приказ оснастить стоявшие в портах приписки подводные лодки U-26, U-29, U-43 под транспорты в Нарвик. Они вышли 12–16 апреля с 40–50 тоннами боеприпасов для пехоты и зенитных пушек и прочим имуществом для армии, тем не менее из-за небезопасного положения у Нарвика изменили направление на Тронхейм и разгрузились там. На обратном пути U-26 из английского конвоя потопила пароход снабжения. 27 апреля три другие лодки U-32, U-A, U-101 вышли с 130 тоннами авиационного бензина и авиабомбами в Тронхейм. Чтобы лодки могли выполнять боевые задачи, военно-морское командование отказалось от дальнейшего применения субмарин в качестве транспортных средств. В мае три лодки были предоставлены еще раз, чтобы снабдить авангард 2-й горнострелковой дивизии, продвигающейся в Бодё, и все же группа XXI в конце мая снова освободила эти лодки. В целом во время операции в Норвегии подводные лодки выполнили восемь транспортных операций.
В перевозке войск и материалов в Норвегию участвовали транспортные соединения военной авиации. В период с 9 по 30 апреля 1940 года на 582 транспортных самолетах было выполнено 3018 полетов, при этом переправлены части 21 батальона, 9 штабов и нескольких горнострелковых батарей. Это была самая большая производительность авиатранспорта из когда-либо достигнутых в военной истории.