Филипп II торопил де Базана с окончанием подготовки Армады. Он считал, что надо форсировать приготовления и выходить в море. В январе 1588 года дон Альваро отвечал, что из запланированных 50 галеонов он имеет в строю только 13! Вместо 100 судов обеспечения и поддержки — всего 70! Вместо 15 гребных судов — всего 4 галеры! Но и из этих судов большая часть не кренгована и не загружена пушками и припасами. 23 января король потребовал выхода флота в море, но опять получил ответ, что флот еще совершенно не готов. Филипп, не доверяя до конца Базану, послал в Лиссабон с ревизией графа де Фуэнтеса. Проверка эта не выявила хищений и нарушений со стороны маркиза Санта-Крус, но дон Альваро воспринял ревизию как королевскую немилость, заболел, впал в горячку и скончался 19 февраля 1588 года.
После недолгих раздумий король назначил новым командующим Наисчастливейшей армадой уже известного нам по обороне Кадиса дона Алонсо Переса де Гусмана эль-Буэно, герцога Медина-Сидония. Большую роль в выборе именно этого назначения сыграли администраторские способности герцога.
По признанию Медины-Сидонии, по прибытии в Лиссабон он застал там полный хаос — припасы, провизия, пушки, порох, ядра — все это в беспорядке свалено у пристаней; часть галеонов были хоть сейчас готовы к выходу в море, но на другой части не были поставлены даже мачты; какие-то корабли благодаря расторопности своих капитанов были перегружены провизией, а на других ее не было совсем; кто-то загрузил на свои корабли все пушки, но не имел ядер; кто-то, наоборот, имел полный комплект ядер и пороха, но еще не установил пушки. В общем, царило состояние хаоса и неразберихи.
Благодаря титаническим усилиям Медины-Сидонии к лету Армада была оснащена Полный список судов Армады сведен в таблицу:
| Наименование | Тоннаж | Пушки | Тип корабля | Примечание |
| Португальская армада (командующий герцог Медина-Сидония) | ||||
| San Martín | 1000 | 48 | галеон | капитана |
| San Juan | 1050 | 50 | галеон | альмиранте |
| San Francesco or Florencia | 520 | 52 | галеон | |
| San Luis | 830 | 38 | галеон | |
| San Felipe | 840 | 40 | галеон | |
| San Marcos | 790 | 33 | галеон | |
| San Mateo | 750 | 34 | галеон | |
| Santiago | 520 | 24 | галеон | |
| San Bernardo | 351 | 21 | галеон | |
| San Cristóbal | 352 | 20 | галеон | |
| Augusta | 160 | 13 | малый галеон (галисабара) | |
| Julia | 160 | 14 | малый галеон | |
| Кастильская армада (командующий дон Диего Флорес де Вальдес) | ||||
| San Cristóbal | 700 | 36 | галеон | капитана |
| San Juan Bautista | 750 | 24 | нао | альмиранте |
| San Medel у San Celedón | 530 | 24 | галеон | |
| San Juan el Menor | 530 | 24 | галеон | |
| Santiago el Mayor | 530 | 24 | галеон | |
| Asunción | 530 | 24 | галеон | |
| San Felipe у Santiago | 530 | 24 | галеон | |
| San Pedro | 530 | 24 | галеон | |
| Nuestra Señora del Barrio | 530 | 24 | галеон | |
| Santa Ana | 250 | 24 | галеон | |
| Nuestra Señora de Begoña | 750 | 24 | галеон | |
| Trinidad | 872 | 24 | нао | |
| Santa Catalina | 882 | 24 | нао | |
| San Juan Bautista | 650 | 24 | нао | |
| Nuestra Señora del Socorro | 75 | 14 | паташ | |
| San Antonio de Padua | 75 | 12 | паташ | |
| Бискайская армада (командующий дон Хуан Мартинес де Рекальде) | ||||
| Santa Ana | 768 | 30 | нао | капитана |
| Gran Grin | 1160 | 28 | нао | альмиранте |
| Santa María de Montemayor | 707 | 18 | нао | |
| Santiago | 666 | 25 | нао | |
| María Juan | 665 | 24 | нао | |
| Magdalena | 530 | 18 | нао | |
| Manuela | 520 | 12 | нао | |
| Conceptión Mayor (or Zubelzu) | 468 | 16 | нао | |
| Conceptión de Joanes d'Elcano | 418 | 18 | нао | |
| San Juan | 350 | 21 | нао | |
| María de Miguel Suso | 96 | 6 | паташ | |
| San Sebastián | 78 | 6 | паташ | |
| Isabela | 71 | 6 | паташ | |
| La María de Aguirre | 70 | 6 | паташ | |
| Гипускоанская (Баскская) армада (командующий дон Мигель де Окендо) | ||||
| Santa Ana | 1200 | 47 | нао | капитана |
| Nuestra Señora de la Rosa or Santa María de la Rosa | 945 | 26 | нао | альмиранте |
| San Salvador | 958 | 25 | нао | |
| Santiesteban | 736 | 26 | нао | |
| Santa Cruz | 680 | 16 | нао | |
| Santa María | 548 | 20 | нао | |
| Santa Bárbara | 525 | 12 | нао | |
| San Buenaventura | 379 | 21 | нао | |
| María San Juan | 291 | 12 | нао | |
| Doncella | 500 | 16 | «урка» | |
| San Bernabé | 69 | 9 | паташ | |
| Asunción | 60 | 9 | паташ | |
| La Magdalena | ? | 1 | пинас | |
| Nuestra Señora de Guadalupe | ? | 1 | пинас | |
| Андалузская (Кадисская) армада (командующий дон Педро Вальдес) | ||||
| Nuestra Señora del Rosario | 1150 | 46 | нао | капитана |
| San Francisco | 915 | 21 | нао | альмиранте |
| Duquesa Santa Ana or Duquesa Medina Sidonia | 900 | 23 | нао | |
| Concepción | 662 | 20 | нао | |
| San Juan Bautista | 800 | 31 | галеон | |
| San Bartolomé | 976 | 27 | «урка» | |
| Santa Catalina | 730 | 23 | «урка» | |
| Santa María | 730 | 20 | «урка» | |
| Trinidad | 650 | 13 | «урка» | |
| San Juan de Gargoriu or Gargarin | 569 | 16 | нао | |
| Espíritu Santo | 70 | 10 | паташ | |
| Левантийская (Средиземноморская) армада (командующий дон Мартин де Бертендон) | ||||
| Regazona or Ragusana (Dubrovnic) | 1249 | 30 | нао | капитана |
| La Lavia or La Via | 728 | 25 | нао | альмиранте |
| Trinidad Valencera or Santo Spirito | 1100 | 42 | нао | |
| Santa Trinidad de Scala or de Sagra | 900 | 22 | нао | |
| Juliana | 860 | 32 | нао | |
| Sveti Nikola or San Nicolás Prodanelic | 834 | 26 | нао | |
| Santa María Rata у Coronada or Rata Coronada | 820 | 35 | нао | |
| Santo Joanne Battista or San Juan de Sicilia | 800 | 26 | нао | |
| Presveta Anuncigata or Anunciada (Dubrovnic) | 703 | 24 | нао | |
| Santa Maria de Biscioneor de Vis6n | 666 | 18 | нао | |
| Зафрахтованная (Немецкая) армада (командующий Хуан Гомес де Медина) | ||||
| Gran Grifón | 650 | 38 | «урка» | капитана |
| San Salvador | 650 | 24 | «урка» | альмиранте |
| Castillo Negro | 750 | 27 | «урка» | |
| Casa de Paz Grande | 650 | 25 | «урка» | |
| Santiago | 600 | 19 | «урка» | |
| Barca de Hamburgo | 600 | 23 | «урка» | |
| San Pedro Mayor | 581 | 29 | «урка» | |
| Falcón Blanco Mayor | 500 | 15 | «урка» | |
| San Pedro Menor | 500 | 18 | «урка» | |
| Sansón | 500 | 18 | «урка» | |
| Barca de Ancique | 450 | 26 | «урка» | |
| David | 450 | 7 | «урка» | |
| San Andrés | 400 | 14 | «урка» | |
| El Gato | 400 | 9 | «урка» | Реквизированное английское судно |
| Ciervo Volante | 400 | 16 | «урка» | |
| Santa Bárbara | 370 | 10 | «урка» | |
| Casa de Paz Chica | 350 | 15 | «урка» | |
| Falcón Blanco Mediano or Menor | 300 | 16 | «урка» | |
| Esayas | 280 | 4 | «урка» | |
| San Gabriel | 280 | 4 | «урка» | |
| Paloma Blanca | 250 | 12 | «урка» | |
| Perro Marino | 200 | 7 | «урка» | |
| Buena Ventura | 160 | 4 | «урка» | |
| Эскадра галеасов или Неаполитанская армада (командующий Хуго де Монкада) |