На следующий день, не дожидаясь высадки японцев с моря, голландский командующий приказал отходить от Палембанга. Уэйвелл также рассудил, что после падения Сингапура никаких надежд удержать Суматру не остается, и приказал всем английским войскам независимо от того, что решат голландцы, немедленно отступать на Яву. Пока японский десант высаживался у Палембанга, англичане и голландцы направились по железной дороге к южной оконечности Суматры, в порт Оостхавен (Телукбетунг), чтобы переправиться через Зондский пролив на Яву. Отступление из Палембанга было настолько поспешным, что пришлось оставить японцам почти всю технику и транспорт. В разгар бегства к причалу Телукбетунга подошли суда, доставившие подкрепления из Австралии. Два батальона и танковый отряд уже были на берегу, когда получили приказ срочно вновь грузиться на корабли и плыть к Яве.
Бегство с Суматры имеет эпилог. После того как 17 февраля последний голландский солдат покинул Телукбетунг, командование на Яве получило сведения, что японцы не только не продвигаются, но до сих пор даже не заняли Палембанг. Соединившись с остатками парашютистов на аэродроме, японские войска продолжали концентрацию в устье реки и разгрузку транспортов, полагая, что Палембанг твердо удерживается англичанами и голландцами. Еще через два дня 50 английских летчиков-добровольцев взошли на борт канонерки «Балларат» и отправились к Телукбетунгу. В порту было тихо, лишь кое-где местные жители распаковывали контейнеры, сваленные на берегу, выясняя, чем бы там поживиться. Летчики сошли на берег и сносили на канонерку ценное оборудование и припасы до тех пор, пока корабль не погрузился в воду по боевую палубу. Затем они взорвали и подожгли портовые сооружения и уничтожили подъездные пути железной дороги и так же спокойно, как и прибыли, вернулись в Батавию. Японские же войска лишь 18 февраля начали занимать населенные пункты Суматры и за несколько дней без всякого сопротивления оккупировали всю южную часть огромного острова.
К 20 февраля японцы завершили окружение Явы, захватив Бали и Тимор. Оккупация о-ва Бали не входила в первоначальные планы японского командования, однако испортившаяся погода препятствовала налетам японских самолетов на города Явы с аэродромов Калимантана и Сулавеси, и потому было решено использовать аэродромы на Бали, с которых до с Явы было рукой подать. Когда в штабе АБНА стало известно, что к Бали приближаются японские транспорты, Уэйвелл приказал командующему Объединенной эскадрой союзников в Индонезии голландскому адмиралу Доорману принять меры. Сделать это было нелегко, потому что корабли союзной эскадры были разбросаны по архипелагу, скрываясь от японской авиации. Поэтому адмирал пошел к месту высадки с большим запозданием, толком не собрав своих сил. Когда его корабли наконец подошли к месту высадки, выяснилось, что японские транспорты, благополучно высадив войска, уже ушли в море. Эскадра столкнулась лишь с японскими эсминцами, которым удалось потопить два американских корабля и так повредить тяжелый крейсер «Тромп», что тот надолго ушел в Австралию для ремонта.
О-в Тимор был захвачен комбинированной атакой японских парашютистов, которые захватили аэродром, и морского десанта. Несколько ранее Уэйвелл направил на Тимор подкрепление из австралийского порта Дарвин, но, когда конвой вышел в море, его обнаружили японские бомбардировщики, и конвой вернулся в Австралию. Этим был подписан смертный приговор о-ву Тимору и находившимся там войскам. Остатки австралийских и голландских войск отступили в горы центральной части острова и, когда им удалось собрать радиопередатчик, вышли на связь с Австралией, где давно уже были убеждены, что от гарнизона острова никого не осталось в живых. Почти год эти солдаты с помощью местных жителей вели партизанскую войну против японцев и лишь в декабре 1942 г. были эвакуированы в Австралию. Поддержка местных жителей была вызвана, разумеется, не их симпатиями к голландцам, а зверской политикой японцев, которые с первых дней оккупации восстановили против себя население Тимора. О взаимоотношениях захватчиков и коренного населения острова красноречиво свидетельствует рассказ капитан-лейтенанта Ямабэ: «Однажды на старшего унтер-офицера 1-го взвода Такано, когда он направлялся на наблюдательный пункт в сопровождении нескольких парашютистов отряда, неожиданно напали местные жители. Такано выхватил меч, нанес удар, и голова одного туземца отлетела прочь. Остальные в страхе разбежались. После этого случая Такано прослыл героем среди туземцев». Несколько месяцев, последовавших за захватом острова, ушли, по японским данным, на «боевые действия по умиротворению».
Полагая, что Яву союзникам не защитить, генерал Уэйвелл обратился к начальникам союзных штабов с предложением не выгружать в Батавии австралийскую дивизию, которая уже была отправлена на помощь голландцам, а использовать ее для обороны Бирмы. Однако 20 февраля он получил от Объединенного комитета начальников штабов указание удерживать Яву любой ценой. Для того чтобы генерал мог сконцентрироваться на этой задаче, из-под его командования была изъята Бирма. На этот приказ Уэйвелл ответил, что защиту Явы лучше доверить голландскому командующему, а ввиду того что АБНА отныне не имеет других объектов, которые следовало бы защищать, он просит распустить его штаб и освободить его самого от командования АБНА, поскольку таковой фактически не существует. На следующий же день начальники союзных штабов приняли предложение Уэйвелла. Уходя, генерал предупредил их, что оставшиеся на Яве самолеты союзников смогут участвовать в защите острова лишь в течение недели. После этого Ява, отрезанная в результате падения Тимора и Бали от Австралии и отделенная от Цейлона половиной Индийского океана, останется без всякой авиационной поддержки, что отдаст ее на милость японской авиации. Ввиду этого последним действием Уэйвелла был приказ повернуть к Яве транспорты, которые везли к Цейлону разобранные американские самолеты и летчиков. Один из транспортов дошел до Явы, но собрать самолеты уже не успели. Сам же Уэйвелл 25 февраля покинул Яву, чтобы принять командование индийским театром войны, т. е. присутствовать при крушении бирманского фронта.
Реальных надежд на удержание Явы, гарнизон которой составляли многонациональные, в значительной степени деморализованные части, конечно, не было. Понимая это, тысячи голландцев и англичан бились за места на последних пароходах, уходивших к Цейлону. В Сурабае и Батавии в это же время разгружались суда с беженцами из Сингапура и с восточных островов архипелага.
Регулярная голландская сухопутная армия на Яве насчитывала приблизительно 25 тыс. человек. Техническое оснащение голландских войск было весьма слабым. Особенно плохо обстояло дело с танками и артиллерией, так как США и Великобритания не смогли выполнить своих обещаний по поставке Голландии современного вооружения. На острове находились также австралийские, английские и американские части. В основном это были артиллерийские полки и танковые подразделения, однако их боевая ценность была невысока, потому что это были, как правило, бежавшие с Суматры или прошедшие малайскую кампанию части, потерявшие значительную часть снаряжения. Разномастные самолеты ВВС не могли не только соперничать с японскими, но даже эффективно вести боевую разведку или препятствовать высадке десантов. При этом, по подсчетам англичан, на острове скопилось более 6 тыс. пилотов, механиков и солдат обслуживания ВВС, которые были лишены самолетов, и пришлось принимать меры по их эвакуации с Явы, для того чтобы сохранить летные кадры. Оставался еще объединенный флот, в составе которого к этому времени было восемь устаревших крейсеров, 12 эсминцев и 32 подводные лодки, но ни одного авианосца, что резко снижало его возможности противостоять японским эскадрам.
После 19 февраля, когда японцы привели в порядок аэродромы на Бали и Южной Суматре, налеты японской авиации стали ежедневными и по мере приближения дня высадки становились все более интенсивными. Не зная, куда направит свой основной удар противник, командующий обороной острова голландский адмирал Хелфрич приказал подводным лодкам патрулировать Зондский пролив, а остальным кораблям стянуться в две эскадры, чтобы охранять западную и восточную оконечности острова. Хелфрич полагал, что вторжение будет произведено с двух концов острова. В соответствии с этим основные силы союзников были расположены в районах Батавии и Сурабаи, в то время как центральная часть острова была оголена.
Японская Южная армия смогла выделить для вторжения на Яву значительные силы — маршал Тераути надеялся покончить с сопротивлением гарнизона острова одним мощным ударом, чтобы развязать себе руки для дальнейших операций. Поэтому к Яве одновременно приблизились восточная группа — 48-я пехотная дивизия на 41 транспорте в сопровождении крейсера и шести эсминцев — и западная группа — 2-я дивизия и 230-й пехотный полк 38-й дивизии на 56 транспортах в сопровождении эскадры эсминцев. Движение групп прикрывалось 2-м флотом, в составе которого было два линкора, четыре авианосца и несколько крейсеров. Кроме того, эскадра в составе двух линкоров, трех тяжелых крейсеров и трех эсминцев обогнула Яву и вышла в Индийский океан, чтобы отрезать защитникам Явы пути к отступлению.
24 февраля голландцы обнаружили караван транспортов, идущий к Яве Макасарским проливом. Чтобы настичь и уничтожить его, в Яванское море вышла эскадра союзников под командованием адмирала Доормана. 25 февраля Доорман японские транспорты не нашел и на следующий день вышел в море вновь. К этому времени он лишился трех английских крейсеров, которым английское командование приказало покинуть Яву и уходить к Цейлону. В результате в распоряжении Доормана осталось только пять крейсеров и несколько эсминцев.
В ночь на 27 февраля крейсеры адмирала Доормана пошли вдоль побережья Явы, рассчитывая найти японские транспорты, однако за ночь им никто не встретился. Утром корабли повернули обратно. Уже у входа в гавань Сурабаи Доорман получил известие, что японские транспорты приближаются к берегу, и