После того как сценарий судебного разбирательства был разработан, с обоими обвиняемыми, чтобы те ничего не напутали, провели репетицию. Дело дошло до того, что их до начала процесса свозили в здание суда и ознакомили с залом заседаний. Судебное разбирательство прошло гладко, без сучка и задоринки, как большинство судебных процессов. Военный суд под председательством генерал-лейтенанта В.В. Борисоглебского вызвал четырех свидетелей, двое из которых были знакомыми Пеньковского, и девятерых экспертов, которые подтвердили наличие на квартире обвиняемого шпионского оборудования, секретный характер передаваемых им на Запад материалов и т. д. В ходе вопросов и ответов на суде вновь была повторена и подытожена вся история шпионажа Пеньковского, направленного против Советского Союза, с момента его первой лондонской встречи с представителями британской и американской разведок. В начале слушания дела генерал Горный заявил: «…Обвиняемый Пеньковский — честолюбивый карьерист и морально разложившийся тип, который ступил на путь предательства своей Родины и начал сотрудничать с разведками империалистических стран. В конце 1960 года, пользуясь положением заместителя начальника иностранного отдела Государственного комитета по координации научно-исследовательских работ, а также безграничным доверием сотрудников, имея к тому же возможность встречаться с иностранцами, посещающими Советский Союз в составе всевозможных научных и культурных делегаций, пытался вступить в контакт с американской разведслужбой…»
В ходе рутинной процедуры разбирательства дела из вопросов к обвиняемым и их ответов присутствующим в зале суда стало известно о передаче Пеньковским на Запад секретных материалов, о тайниках, которыми он пользовался, о его контактах со связными иностранных спецслужб, о частотах радиосвязи и условных кодах. На всеобщее обозрение было выставлено шифровальное устройство, найденное на квартире Пеньковского.
Время от времени обвиняемые пытались оспорить некоторые факты из их шпионской деятельности, но делали они это очень робко. К чести Пеньковского надо отметить, что он настойчиво повторял на суде: «Винн не имел ни малейшего представления о материалах, которые он перевозил на Запад». Нескольких часов разбирательства оказалось достаточно, чтобы стало ясно: Пеньковский передавал на Запад очень ценные сведения. Представители иностранных средств массовой информации также присутствовали на заседаниях суда. Как сообщали они в своих репортажах, свидетельств того, что обвиняемые находились под воздействием психотропных средств или против них применялись меры физического воздействия, не было обнаружено.
Решившись на открытый суд, КГБ тем не менее позаботился о том, чтобы сдержать поток информации из зала суда. Винн в своих мемуарах пишет, что во время процесса московская милиция перекрыла движение на нескольких улицах и направила транспорт прямо под окна здания Верховного суда СССР. Западные представители, присутствовавшие на заседаниях, подтвердили, что из-за шума, доносившегося с улицы, они не могли разобрать, что говорили обвиняемые.
Советские власти опасались, что Винн может отступить от заготовленного сценария, поэтому каждый раз, когда он начинал говорить, его микрофон немедленно отключали. Так что почти все его ответы остались залом не услышанными. Всего один только раз он нарушил обещание, данное сотрудникам КГБ, когда произнес такую фразу: «Ни в моей стране, ни в других странах ни для кого не секрет, что в московских квартирах иностранных дипломатов установлены подслушивающие устройства». (В советских средствах массовой информации эта фраза была представлена так: «Мне также известно, что в московских квартирах иностранных дипломатов очень часто устанавливают подслушивающие устройства».) После такого заявления Винна председатель суда сразу же задал другой вопрос. По окончании этого заседания следователи КГБ предупредили англичанина, что если нечто подобное повторится, то у него будут серьезные неприятности.
Что касалось улик против обвиняемых, то с ними у стороны обвинения никаких проблем не было, и генерал Горный мог быть удовлетворен ходом судебного процесса: вина подсудимых была полностью доказана, и он, потребовав для них сурового наказания, за рамки правового поля не вышел. Улик, свидетельствовавших о том, что Пеньковский и Винн занимались шпионской деятельностью, было собрано предостаточно. Особенно против советского полковника. У него на квартире в ящике письменного стола чекисты обнаружили отснятые фотопленки, инструкции, поступавшие от сотрудников иностранных разведок, пишущая машинка под номером 213956, на которой, как установили эксперты, и были напечатаны хранившиеся там же секретные сообщения.
Как было заявлено на суде, материалы, подготовленные для передачи иностранному связному, являлись достаточно веским доказательством вины Пеньковского.
«При обыске на квартире Пеньковского помимо уже упомянутых телефонов сотрудников иностранных разведок, шести почтовых открыток с уже написанным текстом, подготовленного донесения и катушек с отснятыми фотопленками в тайнике его стола было найдено следующее: фальшивый паспорт, шесть шифровальных трафаретов, три фотоаппарата «Минокс», два листа специально обработанной бумаги для тайнописи, памятка с указанием радиочастот, на которых передавались ему инструкции из-за границы, набросок его отчета иностранным разведкам, статья, полученная с Запада, которую он намеревался опубликовать в Советском Союзе, шестнадцать катушек пленки к аппарату «Минокс» и инструкции по его использованию, а также по шифровке и дешифровке радиосообщений, приему радиопередач из штаб-квартиры иностранной разведки и по тайниковой связи».
«Кроме того, при обыске квартиры Пеньковского были изъяты и приобщены к делу в качестве неопровержимых улик радиоприемник фирмы «Сони», переданный ему сотрудниками иностранных разведок для приема зашифрованных сообщений, и пишущая машинка, на которой он печатал свои донесения».
Ни у кого не вызывал сомнения тот факт, что сотрудники британской и американской спецслужб поддерживали постоянную связь с Пеньковским. При допросе в суде подсудимый рассказал об этом с мельчайшими подробностями. На последнем заседании генерал Горный, подводя итоги показаниям Пеньковского, сказал следующее:
«В Париже Пеньковскому сообщили о московском тайнике американской спецслужбы, который находился в подъезде дома 5/6 по Пушкинской улице, и о том, как им пользоваться: перед тем как заложить в него секретные донесения, он должен был оставить на фонарном столбе номер 35 Кутузовского проспекта отметку черного цвета, дважды набрать номера телефонов ГЗ-26-87 и ГЗ-26-94 и, услышав ответ, сразу же положить трубку. Это означало, что тайник загружен. По одному из телефонных номеров Пеньковский должен был услышать пароль «Джоунс», а по другому — «Девисон». Спустя некоторое время его предупредили, что пароль «Джоунс» будет заменен на «Монтгомери».
«По тем же телефонам Пеньковскому следовало звонить и в случае непредвиденных обстоятельств. Оставив пометку на фонарном столбе, он должен был позвонить по названным выше номерам и, услышав ответ абонента, трижды дунуть в трубку».
«Эти инструкции Пеньковский записал на листке бумаги, который при аресте был у него отобран и приобщен к делу в качестве вещественного доказательства его вины» (том дела 8, пункт 110).
«Уважаемые члены суда, можно открыть телефонный справочник и легко убедиться, что телефонный аппарат с номером ГЗ-26-94 установлен на квартире помощника военно-воздушного атташе США Алексиса Девисона, а ГЗ-26-87 — в квартире второго секретаря американского посольства Вильяма Джоунса, работавшего в Москве до февраля 1962 года».
«Мне могут возразить: наличие у Пеньковского телефонов иностранных дипломатов не является доказательством того, что обвиняемый поддерживал с этими лицами преступные связи, поскольку в его прямые служебные обязанности входило общение с иностранцами и посещение дипломатических приемов. Так что знать домашние номера телефонов дипломатов труда для него не представляло».
«Следствие предусмотрело возможность таких возражений. К выводу о причастности указанных сотрудников американского посольства к шпионажу против СССР оно пришло не только на основании показаний обвиняемого, но и в результате установленного за ними наблюдения».
«Наблюдение за американскими дипломатами было установлено в ноябре 1962 года на основании статьи 183 Уголовно-процессуального кодекса РСФСР. В результате было зафиксировано посещение ими тайника, которым пользовался Пеньковский. Также установлено, что через тридцать минут после звонка Пеньковского помощник военно-воздушного атташе США Девисон проехал на машине мимо фонарного столба номер 35 на Кутузовском проспекте. Спустя некоторое время сотрудник американского посольства Ричард Джекобе был замечен у тайника на Пушкинской улице».
«Признания Пеньковского, материалы, конфискованные у него при аресте, и наблюдения за американскими дипломатами дают неопровержимые доказательства их причастности к шпионажу против СССР. Шпионский характер их деятельности установлен, и его невозможно опровергнуть».
«Более того, в соответствии с советским законодательством о показаниях обвиняемого, у нас есть все основания доверять заявлению Пеньковского о том, что помимо указанных выше телефонных номеров ему сообщили еще и третий номер, К4-89-73, по которому следовало звонить в 21.10, и только по понедельникам. Дважды набрав этот номер, Пеньковский должен был трижды дунуть в микрофон, а затем повесить трубку. Это означало, что можно идти к тайнику. Телефон К4-89-73 установлен в квартире, где до июня 1962 года проживал помощник военно-морского атташе Великобритании, а с июня 1962 года по март 1963-го — сотрудник того же посольства Айвор Расселл».
«Как стало известно, по возвращении из Парижа Пеньковский 17 октября 1961 года позвонил по телефону ГЗ-13-58 и, трижды дунув в микрофон, повесил трубку. Это означало, что он благополучно вернулся в Москву. Номер ГЗ-13-58 принадлежал сотруднице британского посольства Фелисите Стюарт, которая в октябре 1961 года еще работала в Москве».