ался тем, что Трапезунд лишился сухопутной границы с Византией, объявил себя независимым правителем.
В 1129 г., когда умер князь из династии Рубенидов Торос, Гази обратил внимание на юг. В следующем году, заключив союз с армянами, он убил князя Антиохии Боэмунда II в сражении на берегу реки Джейхан. Как бы Иоанн ни относился к Антиохийскому княжеству, он не хотел, чтобы оно оказалось во власти могущественного мусульманского правителя. Благодаря его стремительному вторжению в Пафлагонию Гази не сумел закрепить свою победу. К счастью, Сельджукиды, правившие в Анатолии, были нейтрализованы — они оказались слишком заняты своими семейными конфликтами.
В 1125 г. султана Масуда низверг его собственный брат Араб. Масуд бежал в Константинополь, где был принят императором со всеми причитавшимися ему по статусу почестями. Затем он отправился к своему тестю — представителю династии Данишмендидов Гази, с помощью которого после продлившейся на протяжении четырех лет борьбы сумел вернуть свой трон. Когда это произошло, Араб бежал в Константинополь, где и умер.
Начиная с 1130 г. и заканчивая 1135 г. Иоанн ежегодно отправлялся в походы против Данишмендидов. Дважды ему приходилось возвращаться из-за интриг, которые плел его брат севастократор Исаак. Последний бежал из дворца в 1130 г. и в течение последовавших за этим девяти лет вступал в переговоры с различными правителями — мусульманами и армянами. В 1134 г. внезапно умерла императрица, и Иоанну также пришлось отвлечься от войн. К сентябрю 1134 г., когда византийцы оказались в более выгодном положении благодаря смерти эмира Гази, император вернул в состав Византии все потерянные ранее территории, за исключением города Гангры, который он сумел захватить только следующей весной. Мухаммед, сын и преемник Гази, встревоженный семейными дрязгами, не мог позволить себе агрессивную политику, а Масуд, лишенный поддержки Данишмендидов, был вынужен договариваться с Иоанном.
Разобравшись с турками Анатолии, император получил возможность переключиться на Сирию. Однако сначала ему следовало обезопасить тыл. В 1135 г. ко двору императора Священной Римской империи Лотаря прибыло византийское посольство. Послы от имени Иоанна предложили заплатить Лотарю крупную сумму денег, если тот вступит в войну с королем Сицилии Рожером. Переговоры продолжались на протяжении нескольких месяцев. В конце концов Лотарь согласился напасть на Рожера весной 1137 г. В 1128 г. потерпели поражение венгры, а в результате похода, предпринятого в 1129 г., были покорены сербы. Теперь Иоанн мог не опасаться угрозы со стороны обитателей земель, расположенных в нижнем течении Дуная. Заключив в 1126 г. договор с пизанцами, император разрушил их союз с норманнами. Кроме того, он сумел наладить отношения с венецианцами и генуэзцами.
Весной 1137 г. в Атталии собралась византийская армия, которой командовали император и его сыновья. Оттуда византийцы направились на восток и вошли в Киликию. С фланга войско прикрывал флот. Услышав о приближении византийской армии, и армяне, и франки были крайне удивлены. Представитель династии Рубенидов Левон, бывший хозяином равнины на востоке Киликии, решив помешать продвижению этого войска, попытался захватить византийскую крепость Селевкию, но был вынужден отступить. Император двигался дальше. По мере его продвижения ему открывали ворота Мерсин, Тарс, Адана и Мамистра. Армянский князь надеялся, что сможет укрыться в хорошо укрепленном Аназарбе. Гарнизон этого города продержался 37 дней, но осадные машины византийцев пробили стены, и городу пришлось сдаться. Левон отошел к Тавру, и император решил не преследовать его. Уничтожив несколько располагавшихся неподалеку армянских замков, Иоанн повел свое войско на юг, мимо Исса и Александретты, и, пройдя через Сирийские ворота, византийцы вышли на равнину, на которой стояла Антиохия. Оказавшись 29 августа у городских стен, они разбили лагерь на северном берегу Оронта.
Князя в Антиохии в тот момент не было. Раймунд де Пуатье отправился к Монферрану на помощь королю Фульку; вместе с ним уехал и граф Эдессы Жослен. Добравшись до Букайи, они узнали, что король уже обрел свободу. Фульк собирался лично отправиться в Антиохию, чтобы сразиться с византийцами, но после событий в Монферране предпочел отправиться в Иерусалим. Раймунд поспешил в Антиохию, но, подойдя к городу, выяснил, что император уже приступил к его осаде, однако полностью взять в кольцо город еще не успели. Благодаря этому князь сумел в сопровождении своих телохранителей тайно проникнуть в Антиохию, пройдя через Железные ворота.
Византийские осадные машины на протяжении нескольких дней кидали снаряды в городские стены. Раймунд не мог рассчитывать на помощь извне и беспокоился из-за настроений, царивших в самом городе. Теперь даже многие из его баронов осознали, насколько мудрой была политика Алисы, от которой они отказались. Через непродолжительное время Раймунд отправил Иоанну сообщение, в котором соглашался признать его своим сюзереном, если тот позволит ему править княжеством в качестве наместника. В ответ Иоанн потребовал, чтобы Раймунд сдал ему город, не ставя перед ним каких-либо условий. Тогда князь сказал, что должен посоветоваться с королем Фульком, и спешно отправил в Иерусалим гонца с письмом.
Однако ответ Фулька не обнадеживал. «Все мы знаем, — писал король. — И старшие всегда учили нас, что Антиохия принадлежала Константинополю до того, как ее захватили турки, удерживавшие ее на протяжении четырнадцати лет, и что слова императора о договорах, заключенных нашими предками, правдивы. Должны ли мы тогда отрицать правду и мешать тому, что правильно?» Получив от короля, которого он считал своим сюзереном, такой совет, Раймунд решил, что больше не может сопротивляться. Его послы выяснили, что Иоанн готов пойти на компромисс. Раймунд должен был прибыть в византийский лагерь и принести императору полную вассальную клятву, признав таким образом его своим сеньором, а также позволить ему войти в город и цитадель. Более того, если византийцы с помощью франков сумеют захватить Алеппо и соседние города, Раймунд должен был отдать Иоанну Антиохию, а вместо нее получить княжество, в состав которого войдут Алеппо, Шайзар, Хама и Хомс. Князь неохотно согласился. Он вышел из города, встал перед императором на колени и принес ему присягу. После этого Иоанн не стал настаивать на своем праве войти в Антиохию, но приказал повесить над цитаделью имперский штандарт.
Эти переговоры показали, что действия императора вызвали обеспокоенность франков. Возможно, ответ Фулька был обусловлен сиюминутными потребностями. Король прекрасно знал о той враждебности, с которой Занги относился к королевству франков, и не хотел оскорблять единственного христианского правителя, способного сдержать мусульман. Вероятно, не обошлось здесь и без влияния королевы Мелисенды, стремившейся таким образом оправдать действия своей сестры Алисы и унизить человека, который обманул ее. Однако письмо короля, очевидно, было составлено с учетом мнения его законников. Несмотря на всю пропаганду Боэмунда I, наиболее добросовестные крестоносцы помнили, что договор, заключенный между Алексеем и их предками в Константинополе, все еще действует. Антиохию следовало вернуть Византии, а Боэмунд и Танкред, нарушив данные ими клятвы, утратили право на какие-либо притязания. Эта точка зрения, вероятно, была еще более проимперской, чем мнение самого Иоанна.
Византийские императоры всегда были реалистами. Они понимали, что выгонять франков из Антиохии, не предложив им компенсацию, непрактично и глупо. Более того, они предпочитали располагать на границе своих владений вассальные государства, осуществляющие свою политику под контролем Византии, но в то же время способные принять на себя вражеский удар. Таким образом, Иоанн в своих притязаниях руководствовался не договором, заключенным в Константинополе, а тем, который Боэмунд подписал на берегу реки Деволи. Император потребовал отдать ему Антиохию, не ставя при этом каких-либо условий, как будто Раймунд был вассалом, восставшим против своего сеньора, но в то же время он был готов сохранить за княжеством статус вассального государства. При этом Иоанну было необходимо, чтобы оно тотчас же начало участвовать в его военных кампаниях против мусульман.
Однако для нового похода было уже слишком поздно, поэтому Иоанн, установив свою власть над Антиохией, вернулся в Киликию, чтобы довести до конца ее завоевание. Князья из династии Рубенидов, завидев византийскую армию, бежали в горы Тавра. Трое из сыновей Левона: Степан, Млех и слепой Константин — укрылись у своего двоюродного брата графа Эдессы Жослена. Родовая крепость Вахка, которой отважно командовал Константин, продержалась несколько недель. Слепой сын Левона вступил в рукопашный бой с Евстратием, солдатом из македонского отряда, и их схватка произвела неизгладимое впечатление на все византийское войско. Вскоре после падения крепости сам Левон и его старшие сыновья Рубен и Торос были захвачены в плен. Их отправили в Константинополь и заключили в тюрьму, где Рубен вскоре был казнен. Но Левон и Торос снискали расположение императора и жили под надзором византийских властей. Левон умер через четыре года, а Торосу удалось бежать и вернуться в Киликию.
Когда завоевание этой области было завершено, Иоанн вернулся на Киликийскую равнину, где планировал перезимовать. Туда к нему прибыл владетель Мараша Балдуин, принесший ему вассальную клятву и попросивший помощи в борьбе с турками. Тогда же император отправил послов к Занги, стремясь заставить того поверить, будто византийцы не желают вступать с ним в вооруженный конфликт.
В следующем феврале, следуя приказу императора, власти Антиохии внезапно арестовали всех купцов и путешественников из Алеппо и соседних с ним городов с мусульманским населением, чтобы те не успели отправить домой сообщения о приготовлениях к войне, которые нельзя было не заметить. Ближе к концу марта византийское войско выдвинулось к Антиохии, где к нему присоединились армии антиохийского князя и графа Эдессы, а также отряд тамплиеров. В итоге 1 апреля союзники вступили на вражескую территорию и заняли Балат. Затем, 3 апреля, они подошли к Бизаа, сопротивлявшемуся под руководством жены командира на протяжении пяти дней. В течение недели союзники отлавливали в окрестностях мусульманских солдат, большинство из которых укрывалось в пещерах Эль-Бабы, откуда их выкуривали византийцы.