Саладин фактически владел городом и мог поступить с ним так, как ему заблагорассудится. Он мог штурмовать его, если пожелает, да и в самом Иерусалиме у него было достаточно потенциальных сторонников. Высокомерие и гордыня прелатов католической церкви всегда возмущала православных христиан, которые образовывали большинство городского населения. Между латинянами и православными не было особого конфликта. Королевская семья и нобилитет, за исключением знати из Антиохии, проявляли дружелюбие и уважение по отношению к православному клиру.
Однако высшие позиции в церковной иерархии занимали исключительно католики. Во всех величайших святынях своей веры местные христиане были вынуждены присутствовать на богослужении, язык и ритуал которого был им чужд. И они с сожалением вспоминали те дни, когда, находясь под властью мусульман, могли молиться так, как им угодно. Личным советником Саладина, помогавшим ему строить отношения с христианскими правителями, был православный богослов из Иерусалима по имени Иосиф Батит. Теперь Иосиф завязал контакты с православной общиной города, и они пообещали открыть Саладину ворота.
Штурм был уже не нужен. Когда Балиан явился к Саладину в его шатер, тот заявил, что поклялся взять Иерусалим мечом и только полная капитуляция жителей города безо всяких условий может избавить его от этой клятвы. Саладин напомнил также Балиану об убийствах, совершенных христианами в 1099 г. Почему он теперь должен действовать как-то по-другому? Пока они говорили, бой продолжался. Саладин показал, как его штандарт взметнулся на городской стене. Но уже в следующий момент его людей отбросили назад. И Балиан предупредил Саладина, что, если тот не предложит им почетных условий сдачи города, его защитники, которым уже нечего терять, разрушат в городе все, в том числе и священные для мусульман здания в районе храма, а также убьют захваченных ими мусульманских пленников.
Саладин мог проявить милосердие, если побежденный готов был признать его власть, и не хотел, чтобы Иерусалим пострадал больше, чем это было необходимо. Он согласился обсудить условия сдачи и предложил, чтобы каждый христианин-мужчина в городе выкупил свою жизнь за десять динаров, пять динаров он хотел получить за женщину и один — за ребенка. Балиан возразил, что в городе живут около тысячи бедняков, которые не в состоянии позволить такую сумму, и поинтересовался, могут ли христианские власти Иерусалима единовременно уплатить весь выкуп. Саладин согласился принять 100 000 динаров за все 20 000 жителей. Однако Балиан понимал, что столько денег им не собрать. В результате они сговорились, что 7000 жителей будут выкуплены за сумму в 30 000 динаров.
По приказу Балиана гарнизон Иерусалима сложил оружие, и в пятницу 2 октября Саладин вошел в Иерусалим. Это был 27-й день месяца раджаб, седьмого месяца мусульманского лунного календаря, годовщина ночного путешествия пророка Мухаммеда в Иерусалим и его вознесения на небо. Победители были вежливы и гуманны. И если 88 лет назад франки ворвались в город по колено в крови побежденных, теперь не было разграблено ни единого дома, не было причинено вреда ни одному жителю города. По приказу Саладина стражники патрулировали улицы и ворота, чтобы предотвратить нападения на христиан. В это время каждый христианин был занят поиском денег для выкупа, а Балиан опустошил казну, чтобы добыть обещанные 30 000 динар. С большим трудом госпитальеров и тамплиеров удалось заставить опорожнить их сокровищницу. Патриарх и его каноники собирались позаботиться только о себе. Мусульмане были потрясены, увидев, как Ираклий уплатил за себя 10 динаров и покинул город, согнувшись под весом золота, которое нес на себе; вслед за ним тащились телеги, нагруженные коврами и посудой.
Благодаря золоту Генриха II удалось выкупить 7000 бедняков, но многим тысячам людей удалось бы избежать рабства, если бы ордена и церковь были более щедрыми. Христиане покидали город через главные ворота, разделенные на два потока: в одном шли те, кто уплатил выкуп самостоятельно или с помощью Балиана, в другом — те, у кого не было нужной суммы и кто отправлялся в рабство. Настолько жалким было это зрелище, что аль-Адиль повернулся к брату и попросил тысячу будущих рабов в уплату за свою службу. Саладин пожаловал их ему, и аль-Адиль немедленно освободил несчастных.
Патриарх Ираклий пришел в восторг от такого простого способа творить добро и спросил, нельзя ли и ему получить какое-то количество рабов, чтобы их освободить. Ираклию пожаловали семь сотен и пять сотен подарили Балиану. По сле этого Саладин лично объявил, что освободит всех пожилых мужчин и женщин. Затем выкупившие себя франкские женщины в слезах стали спрашивать Саладина, куда же им теперь идти и что делать, когда их мужья и отцы убиты или взяты в плен. Саладин пообещал отпустить на свободу всех плененных мужей, а вдовам и сиротам пожаловал дары из личной сокровищницы в зависимости от их сословия и состояния. Его милосердие и доброта странно контрастировали с деяниями христианских захватчиков эпохи Первого крестового похода.
Однако некоторые из его эмиров и воинов оказались не столь добросердечными. Ходили рассказы о христианах, тайно вывезенных мусульманами за город, а потом обчищенных своими мнимыми спасителями до нитки. Другие сарацины официально заявляли, будто опознали беглых рабов, и требовали с них деньги в уплату за свободу. Если до Саладина доходили сведения о подобных случаях, он принимал жесткие меры.
Длинная цепочка беженцев медленно двигалась по побережью; мусульмане их не трогали. Жители города отправились тремя караванами — первый вели тамплиеры, второй — госпитальеры, а третий — Балиан и патриарх. В Тире, и без того переполненном беженцами, могли принять только мужчин, способных управляться с оружием, а около Батруна местный барон Раймунд де Нифин ограбил несчастных. Поток беженцев направился в Триполи. Но и этот город был переполнен обездоленными пришельцами, и его власти, испытывая нехватку продовольствия, закрыли перед караваном ворота. Только в Антиохии они наконец обрели приют, но даже здесь не всех бывших жителей Иерусалима охотно пустили в город. Больше всего повезло беженцам из Аскалона, оказавшимся в Александрии. Если итальянские купеческие корабли отказывались брать их на борт без уплаты очень высокой суммы за проезд, египетские власти не выпускали суда из порта, пока те не пускали несчастных бесплатно.
Православные христиане и яковиты остались в Иерусалиме. Каждый их них был обязан уплатить в дополнение к выкупу подушный налог, хотя многих бедняков освободили от этого. Самые богатые из оставшихся христиан купили большую часть собственности покинувших город франков. Остаток был приобретен мусульманами и евреями, которых Саладин пригласил поселиться в городе.
Когда новости о победе Саладина достигли Константинополя, император Исаак Ангел отправил к нему послов, чтобы поздравить нового властителя Иерусалима и попросить, чтобы христианские святыни были переданы православной церкви. После небольшой задержки эта просьба была удовлетворена. Многие сторонники Саладина убеждали его разрушить храм Гроба Господня. Однако тот возразил, что христиане поклоняются месту, а не зданию и в любом случае захотят по-прежнему совершать сюда паломничество, а он вовсе не собирается с этим бороться. Храм был закрыт на протяжении всего трех дней, по истечении которых с франкских паломников просто стали взимать плату.
Христианские беженцы еще не покинули город, когда крест на «Куполе скалы» был разрушен и оттуда удалены все иные свидетельства некогда совершавшихся в нем христианских богослужений. Мечеть Аль-Акса также очистили от следов пребывания там тамплиеров. Оба здания окропили розовой водой и вновь подготовили к проведению в них мусульманских богослужений. В пятницу 9 октября Саладин вместе со всей остальной мусульманской общиной воздали хвалы Всевышнему в обновленной мечети.
После возвращения Иерусалима главная обязанность Саладина в качестве правоверного мусульманина была исполнена. Однако все еще оставались непобежденные франкские крепости. Леди Трансиордании Стефания оказалась среди других отпущенных за выкуп иерусалимских пленников и попросила Саладина отпустить ее сына Онфруа де Торона. Саладин согласился при условии передачи ему двух принадлежащих ей больших крепостей. Онфруа отпустили из тюрьмы и отправили к матери, однако гарнизоны замков Керак и Монреаль отказались повиноваться приказам леди Стефании и сдаться сарацинам. Поскольку она не смогла исполнить данного ею обещания, дама опять отослала сына мусульманам. Ее благородный поступок восхитил Саладина, и несколькими месяцами позже он даровал Онфруа свободу. Тем временем аль-Адиль и египетская армия осадили Керак. Осада продолжалась больше года. На протяжении многих месяцев защитники крепости были близки к полному истощению. Их жены и дети были вынуждены заботиться сами о себе. Некоторые из них были проданы бедуинам в уплату за еду. И только когда была съедена последняя лошадь в замке, крепость сдалась. Это случилось в конце 1188 г. Монреаль, осада которого была не столь тяжелой, продержался на несколько месяцев больше.
Расположенный севернее замок Сафед, принадлежавший тамплиерам, сдался 6 декабря 1188 г. после месяца тяжелой осады, крепость госпитальеров Бельвуар, находившаяся высоко в Иорданской долине, последовала за ним месяц спустя. Незадолго до этого воинами Саладина был занят замок Шато-Нёф в Хунине. Бофор, в котором укрылся сеньор Сидона Рено, выстоял благодаря его дипломатическим навыкам. Рено был образованным человеком, страстно интересовавшимся арабской литературой. Он пришел в лагерь Саладина и заявил, что готов сдать свой замок и удалиться в Дамаск, если ему предоставят три месяца, чтобы уладить свои дела. Рено даже намекнул на то, что готов принять ислам. Очарованный беседой, Саладин был полностью уверен в его благих намерениях и лишь только потом обнаружил, что Рено использовал перемирие для того, чтобы укрепить оборону замка. Тогда Саладин отправился завоевывать Триполи и Антиохию.