Первый арест в марте 1906 года стал для Яковлевой испытанием на прочность. После тюремного заключения ее отправили по этапу в Сибирь, в нарымскую ссылку. Однако в 1910 году Варвара Николаевна сбежала оттуда, несмотря на страх перед возможным суровым наказанием.
До конца 1912 года она находилась в эмиграции. Там Яковлева познакомилась с Лениным и Крупской Надежда Константиновна вспоминала: «Мы отправили Варвару Николаевну в Германию. Она перед этим бежала из ссылки, где заболела туберкулезом…»
В 1913 году Яковлева вернулась в Москву. Началась череда арестов, этапов и побегов. Варвара Николаевна долго помнила этап в Астраханскую губернию. Шел 1915 год, она с дочерью на руках переправлялась через Волгу на пляшущей между льдинами лодке в разгар ледохода. Страх испытывал и сопровождающий ее жандарм.
В 1916–1918 гг. Яковлева стала секретарем Московского областного бюро ЦК партии большевиков. Тогда в Московскую область входили Московская, Тверская, Костромская, Калужская, Тульская, Нижегородская, Рязанская, Тамбовская и Орловская губернии. Понятно, что работы предстояло много. Свою дочь Варвара Николаевна видела крайне редко, в основном воспитанием маленькой Ирины занималась бабушка — Анна Ивановна Яковлева. С мужем, Павлом Карловичем Штернбергом, Варвара Николаевна встречалась от случая к случаю.
Что касается семейных отношений, то тут Яковлева придерживалась взглядов известной революционерки Александры Коллонтай. Та отрицала необходимость семьи, считала, что детей в свободном обществе будет воспитывать государство. О сексуальных отношениях однажды высказалась весьма любопытно: «В свободном обществе удовлетворить половую потребность будет так же легко, как выпить стакан воды». Аркадий Ваксберг в книге «Валькирия революции» написал об Александре Коллонтай так: «Магическая женщина, до глубокой старости сводившая с ума и юных, и седовласых». Коллонтай успешно работала на дипломатическом поприще. Будущий посол, она выступала за свободную любовь как непременное условие равноправия женщин. Коллонтай была в близких отношениях с известными революционерами: Шляпниковым и Раскольниковым. Состояла в браке с революционером Дыбенко. (Названные в честь этих супругов улицы расположены параллельно в одном из кварталов Питера).
Точно неизвестно, когда познакомились Варвара Яковлева и Александра Коллонтай. Возможно, это произошло 10 октября 1917 года на пленуме ЦК партии большевиков, где решался вопрос о взятии власти в стране вооруженным путем. Там присутствовали члены и кандидаты ЦК. Этому пленуму предшествовала тяжелая для партии полоса жизни.
Июльские события 1917 года создали условия для появления массовых антибольшевистских настроений. Большевиков обвиняли в организации вооруженного мятежа. В статье «Подготовка октябрьского вооруженного восстания в Московской области» (журнал «Пролетарская революция» 1922, № 10.) Яковлева писала: «После июльских дней все доклады с мест в один голос отмечали не только резкое падение настроений в массах, но даже некоторую враждебность к нашей партии. Были довольно многочисленные случаи избиения наших ораторов. Число членов в организациях сильно уменьшилось, а некоторые организации и вовсе перестали существовать, особенно в южных губерниях». По словам Варвары Николаевны, перелом наступил уже в конце августа, когда во всех губерниях происходил процесс «поголовной большевизации масс». Изменился и состав Советов.
Все эти вопросы и обсуждались на пленуме ЦК партии 10 октября 1917 года. Собрание проходило на квартире Суханова (Гиммера Н. Н.), жена которого, Галина Константиновна, работала в Петроградском комитете. От Московской области там присутствовали Ломов (Г. И. Оппонов) как член ЦК и Яковлева как кандидат в члены ЦК и секретарь областного бюро партии. Другие участники пленума — Ленин, Троцкий, Дзержинский, Свердлов, Каменев. Зиновьев. Сокольников, Коллонтай и Бубнов. Яковлевой было поручено вести секретарские записи. Как отметила Варвара Николаевна, Ленин «появился в совершенно неузнаваемом виде: бритый, в парике. Он напоминал лютеранского пастора».
Выступавшие отмечали рост большевистских организаций и растущее сочувствие масс. «Поздно вечером, — вспоминает Яковлева, — уже после двенадцати часов, было вынесено решение (против двух, при одном или двух воздержавшихся) о том, что партия держит курс на восстание в ближайшее время».
12 октября 1917 года Варвара Николаевна доложила о прошедшем пленуме на заседании Московского областного бюро. Оно одобрило указанную выше резолюцию ЦК партии, о чем было доведено до сведения крупнейших партийных организаций области. Вскоре на совместном совещании Московского областного бюро, городского и окружного комитетов ЦК РСДРП(б) создали боевой партийный центр по руководству действиями в момент восстания. В этот центр была включена и Яковлева. Тогда в полном объеме проявились ее незаурядные организаторские способности и волевые качества.
Между тем после великого потрясения — Октябрьской революции — жизнь потекла дальше. В Москве в эту осень и зиму было тревожно, по ночам хозяйничали грабители, за ними тянулись отряды анархистов. Грабили открыто, нагло «изымали у буржуев» все подряд, устраивали кутежи с песнями и стрельбой из оружия. В столице то и дело вспыхивали стычки анархистов с рабочими отрядами и отрядами ВЧК. Поэтому, когда в середине апреля 1918 года в одну из ночей анархисты были разоружены, москвичи вздохнули с облегчением: в городе стало спокойнее.
На партийной работе Яковлева находилась до 23 декабря 1917 года. В тот день шло очередное заседание Совета народных комиссаров под руководством Ленина, рассматривалось множество вопросов. И вдруг возник конфликт из-за Варвары Николаевны между Комиссариатом внутренних дел и Высшим советом народного хозяйства. Оба ведомства хотели получить ее к себе на работу. В итоге СНК принял компромиссное решение: Яковлеву ввели в состав НКВД и одновременно назначили управляющим делами ВСНХ.
Накануне открытия Учредительного собрания, намечавшегося на 5 января 1918 года, в Петрограде шло бурное заседание фракции большевиков, где обсуждался вопрос, имеет ли смысл вообще открывать собрание или после его открытия сразу же потребовать признания советского правительства, а в случае отказа — покинуть зал и тем самым сорвать работу органа. На том заседании председательствовала Яковлева. Она отстояла вторую позицию, которой придерживался Ленин.
В то же время по проблеме заключения Брестского мирного договора с Германией 3 марта 1918 года Варвара Николаевна разделила взгляды левых коммунистов, возглавляемых Бухариным. Противниками Брестского мира выступили Дзержинский, Бубнов, Урицкий и другие, ратовавшие за революционную борьбу с немцами. 3-10 марта на экстренном съезде РКП(б) левые коммунисты голосовали против договора с немцами, некоторые из них даже отказались от своих государственных и партийных постов. Яковлева оказалась в их числе. Ее союз с левыми коммунистами был Закономерен и не случаен, ведь Бухарин зарекомендовал себя как идейный наставник уже давно, когда Варвара Николаевна только приобщалась к революционной деятельности. (Правда, спустя какое-то время Бухарин признал ошибочность позиции левых коммунистов в вопросе Брестского мира).
В настоящее время существуют разные мнения о необходимости заключения тогда, в 1918 году, мирного договора с Германией. Конечно, Россия потеряла огромные территории. Утверждения, что Ленин был немецким шпионом, а потому и пошел на такой унизительный для Советской России шаг, небезосновательны. Возможно, в тот момент подписание Брестского мирного договора являлось единственно верным решением. Особенно если учитывать разрыв отношений с Антантой, плохую подготовку армии к военным действиям, опасность захвата Петрограда.
Кстати, тогдашние союзники большевиков — левые эсеры — тоже решительно протестовали против Брестского мира. Они вышли из правительства, куда уже больше не вернулись. Позиция Яковлевой по договору с немцами негативно отразилась на ее взаимоотношениях с Лениным. Оставаясь внешне лояльным, он перестал доверять Варваре Николаевне.
24 февраля 1918 года Яковлева участвовала в заседании узкого состава Московского областного бюро РСДРП(б), которое выразило недоверие ЦК партии, отказалось подчиняться решению ЦК по вопросу о мире с Германией и заявило, что считает целесообразным в интересах международной революции идти на возможность утраты советской власти, становящейся после заключения договора чисто формальной.
Позднее Варвара Николаевна не только не стала членом, но и потеряла пост кандидата в члены ЦК партии. Ее дальнейшая судьба определилась на заседании ЦК РКП(б) 18 мая 1918 года. Тогда по просьбе Дзержинского с целью усиления комиссии ВЧК было решено «перевести туда ряд товарищей», в том числе Яковлеву, для работы в отделе по борьбе с контрреволюционерами при ЧК.
Начался один из самых значительных этапов жизни Яковлевой.
Варвара Николаевна еще в марте 1918 года стала членом коллегии НКВД, работая в Московской ЧК. Кроме того, с июля того же года она — член коллегии ВЧК, а в сентябре 1918 – январе 1919 гг. она председательствовала в Петроградской ЧК. Следует подробнее описать обстановку того времени, чтобы понять, какие обязанностями пришлось выполнять Яковлевой в органах госбезопасности.
До 10 марта 1918 года Петроград являлся столицей Российской империи. Потом правительство переехало в Москву. У руля власти в Петрограде встал Григорий Евсеевич Зиновьев (Г. А. Радомысльский). Так по-настоящему звали Григория Евсеевича Зиновьева. Он родился в 1883 году в Елисаветграде в семье владельца молочной фермы.
Волею судьбы Зиновьев стал фактическим правителем Петрограда. При нем сменилось девять секретарей Петроградского комитета партии, одиннадцать начальников губернской ЧК, а только за 1919 год на посту руководителя городской милиции побывало восемь человек. Зиновьев обладал неограниченной властью. Вот как отзывался о Зиновьеве член партии Федор Раскольников: «После Октябрьской революции Ленин простил Зиновьева и Каменева за «штрейкбрехерство» и не только сохранил их в партии, но и посадил обоих, как бояр, на «кормление»: Каменева — в Московскую, а Зиновьева — в Петроградскую вотчины. Кроме того, они были влиятельными членами не декоративного, а подлинного советского правительства — Политбюро Центрального Комитета». Раскольников отметил также, что «Зиновьев не отличался личной отвагой и, как и все трусливые люди, в панике хватался за орудие террора».