В 1484 году при настоятеле Чудова монастыря архимандрите Геннадии (с 12 декабря 1484 года — архиепископ Новгородский; память 4/17 декабря) в обители началось строительство новой трапезной с храмом во имя святителя Алексия. В 1485 году святые мощи его были перенесены в новый трапезный храм и поставлены у южной стены, где и хранились два столетия. 12 февраля 1535 года, в день памяти святителя, мощи его были переложены в новую серебряную гробницу.
20 мая 1686 года при патриархе всея России Иоакиме († 1690) мощи святителя торжественно перенесли из обветшавшего к тому времени трапезного храма в арку между новоустроенными храмом в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и храмом во имя святителя Алексия, где почивали открыто. Ныне святые мощи покоятся в Богоявленском патриаршем соборе в Москве.
Со времени открытия мощей исцеления и чудеса разного рода обильным потоком текут от святителя Божия.
Память святителя Алексия Русская Церковь торжественно празднует 12/25 февраля — в день кончины, и 20 мая/2 июня — в день обретения и перенесения святых его мощей. Сохранилось в «Иконописном подлиннике» и описание иконы обретения мощей святителя.
Яко сокровище пребогатое, многолетно в земли сокровенное, честныя мощи твоя обретошася чудоточащия, всеблаженне отче святителю Алексие: от нихже врачевство приемлюще, обогащаемся и Христа славословим, глаголюще: слава Прославляющему святыя Своя.
Апостольских преемников архиерее сопрестольниче, России всея пастырю и учителю, всеблаженне отче Алексие, Владыце всех молися мир пастве твоей даровати и спасение душам и великую милость.
Свыше от Бога глас глаголющ услышав, от юности подвизався, мудре, в молитвах, и во умилении, и слезах, во бдениих же и пощениих образ быв добродетели, отонюдуже и дом Духу Пречистому явися. Сего ради Русския митрополии архиерейским саном почтен быв, Христово стадо упасл еси добре, еретическая нападения, не усумнеся, отрази и церкви воздвиже Христови, святителю Алексие, иночествующих лики собра и сих Христови привел еси. Умре же, явися, яко спящ, цел соблюден бысть пред многими леты, подавая цельбы болящим. Тем молим тя: моли Христа Бога спасти град твой Москву неврежден и страну и православныя люди по велицей Его милости.
Яко солнце незаходимое, от гроба возсия нам от мног лет сокровены честныя твоя мощи нетленны, святителю Алексие, тобою благодать приемлем, всю бо страну сию и вся ны чудесы и добротою обогащаеши, действом благодати, да поем ти: радуйся, отче, светило России.
Яко светоносная память святителя всем разруши уныние и свет облиста Небесных даров, всех созывающи на веселие: от Бога бо, святителю Алексие, благодать обрете прогонити недуги и вся человеки исцеляти, и мнихом же степень показася.
О пречестная и священная главо и благодати Святого Духа исполненная, Спасово со Отцем обиталище, великий архиерее, теплый наш заступниче, святителю Алексие! Предстоя у Престола всех Царя и наслаждаяся света Единосущныя Троицы и херувимски со ангелы возглашая песнь трисвятую, великое же и неизследованное дерзновение имея ко всемилостивому Владыце, молися паствы твоея спасти люди, единородный ти язык: мирно и безмятежно житие наше устрой: благосостояние святых церквей утверди; архиереи благолепием святительства украси; монашествующия к подвигом добраго течения укрепи; царствующий град (сей и святую обитель сию) и вся грады и страны добре сохрани, и веру святую непорочну соблюсти умоли; мир весь предстательством твоим умири, от глада и пагубы избави ны, и от нападения иноплеменных сохрани; старыя утеши, юныя настави, безумныя умудри, вдовицы помилуй, сироты заступи, младенцы возрасти, немощствующия исцели, и везде тепле призывающия тя и с верою притекающия к раце честных и многоцелебных мощей твоих, усердно припадающия и молящияся тебе, от всяких напастей и бед ходатайством твоим свободи, да зовем ти: радуйся, Богоизбранный пастырю, звездо всесветлая мысленныя тверди, тайнаго Сиона необоримый столпе, миродохновенный цвете райский, всезлатая уста Слова, московская похвало, всея России украшение! Моли о нас Всещедраго и Человеколюбиваго Христа Бога нашего да и в день Страшного Пришествия Его от шуияго стояния избавит нас, и радости святых причастники сотворит со всеми святыми во веки. Аминь.
Житие святого благоверного князя Довмонта, во святом крещении Тимофея, Псковского чудотворца(память его празднуется 20 мая/2 июня)
Святой благоверный князь Довмонт (Домант) Псковский, князь Нальшинайский (Нальшанский), был родом из Литвы. Сначала он ревностно исповедовал язычество, но в 1265 году, спасаясь от междоусобиц литовских князей, был вынужден бежать из Литвы и с 300 литовскими семьями пришел во Псков. Здесь не было тогда недостатка в способных учителях веры для пришельцев Литвы, и псковские священники и князья встретили его радушно. По выражению летописца, «дохнула на него благодать Божия». Душа Довмонта потрясена была превратностями жизни и, прозрев, стала видеть значение прежней языческой жизни; и стремился он теперь насладиться светом Истины после горькой и многолетней тьмы. Довмонт со всей своей свитой принял Святое Крещение с именем Тимофей и сподобился великих даров от Господа. Великая была радость всему Пскову о просвещении духовном столь именитого князя.
Уже через год, в 1266 году, за доблесть и истинно христианские добродетели псковичи избрали его своим князем. И Довмонт своими доблестями отблагодарил новое отечество и своею ревностью по святой вере напомнил Пскову лучших его князей. В течение 33 лет он управлял городом и был единственным князем за всю историю Пскова, который сумел так долго прожить в мире и согласии с псковским вечем. Он был справедлив и строго следил за правосудием других, щедро творил милостыню, принимая нищих и странников, благоговейно чтил церковные праздники, покровительствовал храмам и монастырям и сам основал обитель в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Через брак с дочерью великого князя Димитрия, внучкой святого благоверного князя Александра Невского (память 23 ноября/6 декабря и 30 августа/12 сентября), он породнился с русским великокняжеским родом. Князь Довмонт, как и святой Александр Невский, был славным защитником Русской земли. Основная заслуга благоверного князя Довмонта как полководца и государственного деятеля состоит в том, что в течение многих лет он надежно защищал северозападную границу Русского государства от неприятельских нападений.
В 1268 году князь Довмонт был одним из героев исторической битвы при Раковоре, где русская рать одержала победу над датскими и немецкими войсками. Перед битвой святой Довмонт, осмотрев силы неприятеля, собрал войско, пришел в Троицкий собор, положил меч свой перед алтарем, пал на лицо и молился со слезами: «Господи Боже, призри на кротких и смиренных рабов Твоих и смири высокие мысли гордых». Игумен Исидор препоясал князя мечом и благословил на битву за святую веру.
Святой Довмонт сделал псковскую крепость неприступной. В память о славном защитнике города каменная оборонительная стена, возведенная святым князем рядом с Кремлем в конце XIII века, была названа Довмонтовой, а территория, огражденная стеной, до сих пор называется Довмонтовым городом. У святого защитника «дома Святой Троицы» был еще один благочестивый обычай: в благодарность Господу, именем Которого он одерживал победы, не зная поражений, благоверный князь Довмонт рядом с Кремлем возводил храмы в честь того святого, в день памяти которого одерживал победы. Ставили там храмы по особым обетам и другие жители Пскова. Небольшая территория нынешнего Довмонтова города была сплошь покрыта храмами. (Первый храм в честь святого Довмонта-Тимофея был построен в Довмонтовом городе в 1574 году).
Свою последнюю победу доблестный князь-воин одержал 5 марта 1299 года на берегу реки Великой, где он с малой дружиной разбил большое немецкое войско. Ливонские рыцари неожиданно напали на посад у Пскова, захватили пригородные Снетогорский и Мирожский монастыри и сожгли их, жестоко расправившись с насельниками. Они убили основателя Снетогорского монастыря преподобного Иоасафа с 17 иноками и преподобного Василия, игумена Мирожского (память 4/17 марта). Святой князь Довмонт, не дожидаясь, пока соберется большое псковское войско, вышел навстречу врагу с дружиной и изгнал святотатца за пределы Русской земли.
Через несколько месяцев после тяжелой недолгой болезни святой благоверный князь Довмонт-Тимофей скончался и был погребен в Троицком соборе Пскова. Летопись свидетельствует, что «бысть же тогда жалость велика в Пскове мужам и женам и малым детям по добром господине благоверном князе Тимофее». Псковичи вспоминали, как святой князь заботился о них в мирные дни и особенно когда городу угрожала опасность, как вел их в бой со словами: «Добрые мужи псковичи! Кто из вас стар, тот мне отец, кто молод, тот брат; постоим за Святую Троицу!» Вскоре после кончины князя началось почитание его как святого заступника перед Богом, молитвенно охраняющего нашу землю от врагов и бедствий. Не раз и по смерти защищал Псков святой князь. Так, в 1480 году, когда более ста тысяч немцев осадили город, он явился во сне одному горожанину и сказал: «Возьмите одеяние (покров) гроба моего, обнесите его три раза вокруг города с крестами и не бойтесь». Псковичи исполнили его указание, и немцы отступили от города. После этого чудесного избавления от врагов святому князю была составлена служба. Рядом с мощами благоверного князя в Троицком соборе висел его боевой меч, который хранился в Псковском историко-художественном и архитектурном музее-заповеднике. Этот меч, долго служивший защитой Пскову, являлся предметом особого уважения и вручался псковским князьям в храме Святой Троицы при возведении на престол.