Монастырь же на старом месте постепенно благоустраивался. Число братии росло, пещерный храм стал слишком мал. Тогда пришли игумен и братия к преподобному и просили благословения поставить малую церковь на холме вне пещеры, и благословил их на то Антоний. Убогая сия церковь во имя Успения Богоматери послужила началом великой Лавры Печерской.
После устроения малой надпещерной церкви князь Изяслав, во Святом Крещении Димитрий, создал каменный храм в честь святого, христианское имя которого носил, то есть в честь великомученика Димитрия; при храме он устроил монастырь. На игуменство для этого монастыря князь Изяслав взял игумена Варлаама. Надеясь на богатство, он хотел свой монастырь возвысить пред монастырем Печерским. Но, как замечает преподобный летописец Нестор (память 27 октября/9 ноября), «хотя и много монастырей бывают поставляемы от князей и бояр их богатством, не таковы они, как те, которые поставляются молитвами святых, слезами их и пощением». Так и преподобный Антоний, не имея ни злата, ни сребра, несравненную возрастил обитель, поливая ее слезами, которая внезапно процвела из пещерного семени и, как ветвистое дерево, разрослась над всей Русской землей.
После того, как блаженный Варлаам перешел в монастырь святого великомученика Димитрия, оставшиеся без игумена братия после совещания пришли к преподобному Антонию с такими словами: «Отче, поставь нам игумена». «Кого же вы хотите?» — спросил преподобный. «Кого хочет Бог, Пресвятая Богородица и ты, честный отче», — отвечали пришедшие. «Тот из вас, — решил преподобный Антоний, — который отличается послушанием, кротостью и смирением, пусть и будет вам игуменом». Тогда братия единодушно начали просить преподобного Антония, чтобы он благословил на игуменство преподобного Феодосия как единонравного ему и во всех благих делах искусного; и благословил его преподобный Антоний на игуменство.
Сделавшись игуменом, преподобный Феодосий с усиленным тщанием начал заботиться об обители, присоединяя к этим заботам строгое пощение и слезные молитвы; великое содействие оказывали ему молитвы и благословение начальника его, преподобного отца нашего Антония, наедине безмолвствующего. И Господь начал умножать черноризцев, так что вскоре под водительством преподобного Феодосия оказалось до 100 человек. Преподобный Феодосий, видя такое умножение, стал совещаться с братией об устройстве монастыря. Потом он отправился к преподобному Антонию и сказал ему: «Отче! Братия все более и более возрастают в числе, — не поставить ли нам монастырь?» Преподобный Антоний обрадовался: «Благословен Бог, — воскликнул он, — за все! Молитва же Пресвятой Богородицы и отцов Святой Горы да будет с вами и да содействует вам». Затем он послал одного из братий сказать князю Изяславу: «Князь христолюбивый! Бог умножает братию, а место, где мы поселились, тесно. Просим тебя: благоволи отдать нам гору, которая над пещерой». Князь, услышав слова эти, исполнился радости и послал своего боярина, чтобы тот дал им просимую гору. На этой-то горе преподобный Феодосий и братия его основали большую деревянную церковь, украсили ее иконами, поставили много келлий, куда и переселились иноки из своих пещер, и оградили монастырь столбами. С этого времени монастырь стал называться Печерским, так как прежде черноризцы жили в пещере.
После этого решил преподобный Феодосий оградить монастырь оградой мысленной, то есть уставом, определяющим жизнь иночествующих не только в затворе, но и монастыре. Он начал искать подходящий для указанной цели монастырский устав. И в данном случае ему поспешествовали молитва и благословение преподобного отца нашего Антония; нашелся один честный инок Студийского монастыря, по имени Михаил, пришедший из Греции с митрополитом Георгием. К нему-то и обратился преподобный игумен об уставе отцов Студийских: как поются у них песнопения, что и когда читают, как держать поклоны, спрашивал о стоянии в церкви и седании на трапезе, о роде пищи и днях поста. Подробно узнав обо всем от Михаила, преподобный Феодосий установил все это и в своем монастыре. А от Печерского монастыря Студийский устав переняли и все другие русские монастыри.
Преподобный Антоний, проводя уединенную жизнь в другой пещере, славя Бога в молитвах и подвигах, преуспевая во всех добродетелях, телесных и душевных, восходил от силы в силу. И изливалась благодать Божия чудными дарами на преподобного исцелениями и пророчествами. Не только исцелял он духовно, но и телесно своими молитвами, смиренномудрием покрывая данную ему благодать. Преподобный Антоний подавал болящим вместо благословения зелие, которым питался, и они получали здравие. Подражателем сего чудного образа врачевания он оставил по себе преподобного Агапита Печерского, безмездного врача (память 1/14 июня).
О даре же предвидения святого Антония, кроме других примеров, свидетельствуют еще следующие. Три князя Ярославича: Изяслав Киевский, Святослав Черниговский, Всеволод Переяславский, отправляясь на войну с половцами, пришли к преподобному Антонию, прося благословения. Он же, провидев гнев Божий, имеющий их постигнуть, сказал им: «За ваши грехи вы будете побеждены варварами и обращены в бегство. Многие из ваших воинов утонут в реке, другие будут взяты в плен, а остальные падут от меча». Что и сбылось после битвы на реке Альте, когда князья, едва сохранив жизнь, бежали: Изяслав и Всеволод — в Киев, Святослав — в Чернигов. Половцы же рассеялись по юго-восточным окраинам Русской земли, пленяя и губя ее жителей.
Вместе с этим пророчеством преподобный Антоний предсказал Шимону, сыну князя варяжского Африкана, что он по благодати Божией в помянутой битве не только избегнет смерти, находясь уже среди трупов, но спустя много лет первым будет положен в каменной Печерской церкви, о которой также предвозвестил, что она устроится чудесным образом. По возвращении с поля битвы Шимон поведал преподобному Антонию, что, действительно, лежал он раненый, среди убитых, но какая-то Божественная сила исхитила его из их среды и исцелила от ран, что и всех своих близких воинов нашел невредимыми: Говорил также Шимон и об исполнении пророчества о построении церкви: «Видел я дважды на воздусе подобие церкви, которая должна создаться и которая будет местом моего упокоения: при реке Альте, находясь среди убитых, и еще раньше на море, когда бежал в Русскую землю к князю Ярославу от дяди Якуна, изгнавшего меня из варяжского княжества». Затем Шимон самим делом подтвердил свои слова о явленном ему благословении Божием к созданию церкви. Он принес с собой пояс и золотой венец и вручил их преподобному Антонию, говоря: «Я снял сии предметы с образа Иисуса, Распятого на Кресте, когда уходил из своего отечества. При этом был глас Господень, да измерится этим поясом основание Церкви, подобие коей я видел и в коей по твоему предсказанию я буду положен по смерти. Венец же этот пусть будет повешен над жертвенником». С такой ясностью свидетельствовалось согласие Божия благоволения с пророчеством святого Антония. И еще более подтвердилось это пророчество, когда по прошествии многих лет в построенной каменной Печерской церкви первым был положен Шимон.
Летописец вспоминает еще о тяжкой напасти, которую претерпел преподобный. Князь тьмы — диавол, не вынося света дел добрых, снова попытался через князя Изяслава лишить стольный Киев великого светильника, преподобного отца нашего Антония, и с этой целью устроил смятение. После предсказанной преподобным победы половцев над русскими князьями киевляне стали побуждать князя своего Изяслава идти с ними против рассеявшихся по Руси врагов. Князь не согласился; тогда они произвели крамолу и освободили из темницы бывшего в плену в Киеве полоцкого князя Всеслава, которого и сделали своим князем. А Изяслав бежал в землю Ляхскую, в Польшу. Через семь месяцев он возвратился оттуда к Киеву с Болеславом Храбрым. Всеслав, тоже вышедший было им навстречу с войском, убежал затем тайком к Полоцку. Тогда Изяслав вошел в Киев. Он начал по наущению диавола гневаться на преподобного Антония, которого кто-то оклеветал пред ним, что будто бы Антоний любил Всеслава, давал ему советы, что он будто бы даже главный виновник всей смуты, происшедшей в Киеве. Преподобный же Антоний в это время служил в пещере болящему Исаакию затворнику (память 14/27 февраля), которого прельстил диавол, явившись в образе Иисуса Христа, и оставил еле живого, вовлекши в пляску с бесами. Это служение преподобного Антония болящим было особенно ненавистно обольстителю, опасавшемуся как бы Исаакий вскоре не исцелился душою и телом от сатанинского искушения. Поэтому диавол всячески и возбуждал гнев в князе Изяславе, чтобы тот изгнал преподобного Антония из Киевских пределов. И на некоторое время он достиг этого. Князь черниговский Святослав, узнавши, что брат его Изяслав сильно гневается на преподобного Антония, прислал за святым ночью и тайно взял его к себе в Чернигов. Преподобному Антонию полюбилось одно место близ Чернигова в горах Болдинских; здесь он выкопал себе пещеру и жил в ней (впоследствии на этом месте возник монастырь). Вскоре князь Изяслав, рассмотрев хорошенько и беспристрастно дело, убедился в незлобии святого и узнал козни искусителя. Сожалея о случившемся, он послал в пределы Черниговские к преподобному Антонию, умоляя его опять возвратиться в Киевскую область к своему богоизбранному стаду. Преподобный Антоний, кроткий и смиренный подвижник, склонился на эти просьбы: он возвратился к печерской братии, находившейся в смятении и забвении, как овцы без пастыря. Бог не хотел, чтобы такой светильник, светозарное солнце Русской земли, как преподобный Антоний, положил начало благочинного иноческого жития в ином городе, кроме богоспасаемого стольного Киева, но откуда через благоверного князя Владимира (память 15/28 июля) воссиял свет Православной веры во всю землю Русскую, оттуда же Господь благоволил воссиять через преподобного Антония и лучу совершенного закона подвижнического.
И после таких напастей не изнемог преподобный Антоний, но, восходя по ступеням все больших и больших подвигов, трудился в пещере, пока не одержал полной победы над немощной пред ним силой диавола. По слову евангельскому, он изгонял род обольстителей молитвой и постом (см.: Мк. 9, 29), а также и другими трудолюбивыми подвигами: бдением, стоянием и бесчисленным коленопреклонением на молитве. И до смерти он уже не оставлял своей темной пещеры, хотя жизнь его в ней была непрестанной борьбой с миродержателями тьмы века сего.