Видя себя уже у дверей гроба, святой старец очень желал уйти на место своего пострижения — в Пафнутьев монастырь, но моления братии удержали его. Тогда подвижник решил уйти тайно; уже перебрался в другой свой (малый) монастырь Христова Рождества и пробыл там ночь, чтобы отправиться в дальнейший путь, но его упросили до конца остаться в устроенной им обители. Он вернулся из Рождественского монастыря в городе Переяславле в свой большой монастырь и уже не делал попыток перейти в Пафнутьев Боровский монастырь. Больше и больше предчувствуя наступление смерти, Даниил кротко просил настоятеля своей обители руководить братией по закону Божию и преданиям святых отцов; управлять врученным ему стадом не из славы или своеволия, не в гневе или безрассудной дерзости, но в тишине, беззлобии и духовной любви; поддерживать немощных, пастырски направлять их и угождать не себе, а Богу и братии. Призвав своего ученика Кассиана, подвижник сказал: «Сын мой, возьми из грешных рук моих две эти волосяных одежды, которые я носил на теле моем: одну отдай повару Евстратию, а другую — Иринарху. Вы сами знаете все Евстратиевы добродетели… И другой повар, Иринарх подвизается трудолюбно».
Старость все сильнее и сильнее повергала Даниила в изнеможение, и он уже с трудом передвигался. Однажды во время церковной службы он так ослабел, что не имел сил дойти до своей келлии, и сказал братии: «Ведите меня в келлию, ибо я изнемогаю».
Архимандрит Иларион позвал инока Иону, и они повели под руки старца. Вышедши из церкви через левые двери и минуя место, где теперь гроб святого, Даниил сказал: «Вот покой мой на веки; здесь и поселюсь, как желал, — и, заливаясь слезами, промолвил братии: — Молю вас, братие, здесь погребите тело мое грешное».
Снявши с главы клобук, святой старец передал его иноку Ионе со словами: «Теперь, Иона, исполни желание мое, возьми этот клобук из грешной руки моей и возложи на свою голову».
Иона бережно взял подарок и, поклонившись преподобному до земли, произнес: «Благословение твое да будет со мною во веки веков».
Старец ответил: «Аминь». Архимандрит же Иларион заметил преподобному: «Этот клобук ты отдал Ионе, а другого у тебя нет; что ты возложишь на главу свою?» Подвижник ответил на это: «Я уже не буду больше носить клобука, но поскорее ведите меня в келлию и пошлите за моим духовным отцом, пусть облечет меня в великий образ схимничества и возложит куколь на мою голову».
Пришел духовник и совершил над умирающим чин пострижения в схиму. Преподобный обратился тогда к архимандриту Илариону и братии с предсмертным наставлением: «Отцы и братия, богособранное стадо! Всеми силами старайтесь хранить и в точности соблюдать Божественные заповеди и предания отцов, о которых Сам Христос сказал: Доколе не прейдет небо и земля, ни одна йота или ни одна черта не прейдет из закона… Поэтому кто нарушит одну из заповедей сих малейших и научит так людей, тот малейшим наречется в Царстве Небесном; а кто сотворит и научит, тот великим наречется в Царстве Небесном (Мф. 5, 18-19). Отцы и братия, всегда помните обещание свое, которое вы даете при пострижении, предстоя святому престолу, на вопрос: “хочешь ли терпеть всякую скорбь и бедствия ради Царствия Небесного?” — “Ей, с помощью Божией, честный отче!” А так как мы дали этот обет перед святым престолом, то и должны всячески питать друг к другу любовь, о которой Христос Спаситель наш заповедал: Где двое или трое собраны во имя Мое, там Я посреди них (Мф. 18, 20). Нам следует нести на себе немощи слабых, старых братий не раздражать, а скорее угождать им; странников и нищих не оставлять без призора, а всячески оказывать им милость, насыщать и покоить, чтобы их ради приобрести Царство Небесное: так в древности праведный Авраам заботой о нищих достиг райского жилища; бесчинства и пустых бесед избегать, как и апостол Павел, наставляя нас на истину, повелевает удаляться от всякого брата, поступающего бесчинно (2 Фес. 3, 6). Бойтесь пьянства и запоя и не держите в обители хмельного, помня слова апостола Павла: Братия, не упивайтесь вином, от которого бывает распутство (Еф. 5, 18). Молю вас, отцы и братия, постарайтесь всеми силами следовать этой заповеди — не пить вина. Изначала не было пьянства в этой обители, пусть и никогда не будет. Еще умоляю вас, отцы и братия, любите чистоту духа и тела; всегда в мысли своей держите час смертный и помните, что дадите ответ Праведному Судии за всякое дело и слово».
И о многом другом беседовал умирающий подвижник с братией, и передал ей краткое письменное наставление.
Хотя преподобный слабел с каждым днем, однако, когда хоть немного собирал свои силы, старался раньше других явиться к церковной службе и со слезами молился Господу Богу. Иногда угасающие силы вдруг оставляли его и он не мог стоять, садился на своем месте по правую сторону церковного клироса и воссылал непрестанную молитву. Ежеминутно чувствуя, как он недалек от смерти, подвижник говорил братии и мирянам, которые навещали его: «Отцы и братия! Вы видите, что меня одолевают разные болезни и конец жития моего близок. Прошу вас, Господа ради, помните любовь, которую имели ко мне грешному и не забывайте меня, ленивого, в своих молитвах ко Христу Богу нашему, да помилует Он мою душу грешную, да оградит святую обитель сию и живущих в ней, да сохранит их от наветов вражиих и направит на дела, угодные воле Его».
Но смерть все крепче и крепче налагала свою печать на уста подвижника, он уже не говорил, не слыхал голоса братии и только слегка шевелил губами, творя тайную молитву. Так прошло довольно времени. Вдруг преподобный воскликнул радостным голосом настолько ясно, что все окружающие услышали его: «Где трое этих чудных старцев?» Бывшие вблизи братия спросили: «О каких монахах ты спрашиваешь, отец?»
«Перед основанием этой святой обители пустынники посетили меня в Горицах и теперь они пришли ко мне. Разве вы их не видите в этой келлии?»
Братия ответили: «Мы никого не видим, кроме твоих учеников, здесь стоящих».
Святой старец замолк, причастился Животворящих Таин Тела и Крови Господних и с миром предал трудолюбную душу свою в руки Божии. Это случилось 7 апреля 1540 года, в 11-м часу дня, в среду второй седмицы по Пасхе. Жития преподобного было более 80 лет.
Слух о кончине великого подвижника быстро разнесся по окрестностям, и сошлись на погребение его архимандриты, игумены, множество бояр, монахов, белых священников и простого люда из города и сел со свечами и ладаном. Торжественно погребли преподобного Даниила при церкви Святой Троицы, у самой стены, возле святого жертвенника, в монастыре, им устроенном.
В 1652 году, при царе Алексии Михайловиче и патриархе Никоне, последовало открытие мощей преподобного Даниила при таких обстоятельствах.
Боярский сын города Переяславля Залесского Иван Андреевич Дауров, которого родители лишили наследства, ушел из отцовского дома и поселился на житье в Троицком Даниловом монастыре, чтобы приготовить себя к монашескому служению. По повелению настоятеля Иоанн вместе с другими монастырскими рабочими трудился на удаленной от монастыря пустоши Пыжеве. День был жаркий: солнце палило так сильно, что нельзя было продолжать работы, и монастырские трудники старались укрыться в тени дерев. Прилег под деревом Иоанн и уснул. Во сне предстал перед ним благообразный муж в монашеской одежде, и говорит: «Иоанн, Иоанн, встань! Новый исповедник и равноапостольный Филипп, митрополит Московский и всея Руси, не захотел пребывать на Соловецком острове, но пришел на свой престол, в царствующий град Москву. Время и мне явиться: не могу более оставаться в земле, но пусть прославится имя мое, как и блаженного Филиппа».
Иоанн очень испугался и еле мог спросить: «Господин, скажи мне, кто ты и как твое имя?» Явившийся старец ответил: «Я Даниил, игумен Переяславский; встань, иди в обитель Пресвятой Троицы, где мой гроб, и возвести, что ты видишь, настоятелю и братии».
Сказав это, старец стал невидим. Иоанн, поднявшись от сна, не стал задерживаться с рабочими, но немедленно отправился в Троицкий Данилов монастырь, явился к настоятелю архимандриту Тихону и поведал ему о видении. Тихон призвал эконома Никиту и стал совещаться с ним, как устроить свидетельствование мощей. Отдается приказание разыскать чудеса преподобного и с записью их отправиться к царю и патриарху, чтобы они повелели произвести осмотр святых останков подвижника. Благочестивый царь и святейший патриарх, узнав о многих чудесах Даниила, дают эконому Никите грамоту, которой дозволяют осмотреть мощи угодника Божия. Прибыв в монастырь, эконом прочитывает грамоту перед всей братией, установляется на короткое время пост, и затем монастырский собор приходит к Даниилову гробу, над которым был каменный склеп. Пропев Достойно есть, приступают к осмотру: настоятель, взял лопату, делает знамение креста у головной части гроба и начинает копать; прорыв три ряда (в вышину лопаты), архимандрит передает лопату эконому, который усердно продолжает дело. Отверстие в могиле, словно сделанное руками человека, привело к середине гроба, над которым земля как бы стояла в высоту с пол-аршина; на верхней крышке гроба, прямо против скважины в земле, оказалось также отверстие, в которое могла пролезть человеческая рука (через это отверстие немного земли попало и в самый гроб). Эконом со свечою в руках начал осматривать через отверстие мощи святого, а за ними и другие: нашли нетленное сокровище и исполнились радости. Начали расчищать место около гроба, чтобы мог сойти к нему и настоятель, который вместе с монахом Иовом клиросным и пекарем из мирян Гавриилом стояли вверху. Вдруг обрушилась земля и засыпала эконома Никиту по шею: архимандрит Тихон стал колом откапывать землю, чтобы освободить эконома, а Иов и Гавриил черпали ее сосудами и спустя немного времени отрыли эконома. Теперь оказалось возможным совсем открыть гроб — и нашли мощи преподобного как бы помазанного миром; одежда святого истлела мало; на голове его венец схимный был совсем новым, как будто только что возложен; лицо его было обращено направо к церкви Пресвятой Трои