фаном преосвященный Герасим рукоположил его во иеромонаха и благословил на миссионерское служение. Снабженный антиминсами, миром, частицами святых мощей, а также необходимой для богослужения церковной утварью, святой Стефан отправился на родину, чтобы проститься с родителями. Осенью 1379 года святой Стефан отправился в Пермскую землю. Язычники-зыряне поклонялись стихиям (воде и огню), зверям и деревьям; главным их божеством была «Золотая баба» — каменный идол, которому приносилась в жертву лучшая часть добычи. Особым влиянием у зырян пользовались жрецы или волхвы, державшие в страхе и подчинении народ. Смерть ожидала каждого, кто осмелился бы коснуться их языческих верований. Положение для проповедника осложнялось еще и тем, что алчные великокняжеские сборщики дани озлобили зырян, поэтому все, что исходило из Москвы, казалось зырянам враждебным. Пырас (ныне город Котлас) стал первым селением, в котором святой Стефан начал свою проповедь. Жители его чаще бывали в Устюге и общались с русскими. Когда они услышали, что инородец прекрасно говорит на их родном языке, то оказали ему гостеприимство.
Поначалу миссионерство святого Стефана не имело успеха. Непривычно и страшно было слышать зырянам, что их боги — ложные и бесполезные истуканы, созданные людьми, и что есть лишь один истинный Бог — Творец всего сущего, воплотившийся на земле, имя Которому Христос. Жители селения всячески старались помешать святому Стефану, а однажды, по наущению волхвов, предприняли даже попытку сжечь его. Но кротость, терпение и любовь, а также всецелая преданность воле Божией, с которыми выносил святой Стефан все испытания, тронула, наконец, их сердца. Покоренные его личностью, убедительностью и простотой доводов в пользу новой веры, почти все жители Пыраса, кроме нескольких наиболее упорных язычников, приняли Святое Крещение.
Святой Стефан выбрал себе из новокрещенных зырян нескольких спутников и отправился с ними далее вверх по течению Вычегды. В каждом из селений, где останавливался и проповедовал святой Стефан, он приводил язычников к вере Христовой. За короткое время святой Стефан крестил жителей селений от Пыраса до Усть-Гама и везде ставил кресты и часовни, как самые понятные для новообращенных символы. В Усть-Гаме, большом зырянском селении, где находилась главная кумирница с особо почитавшимися идолами и где преимущественно жили жрецы, святой Стефан подвергся наибольшей опасности. Испуганные успехами его проповеди, в которой усматривали угрозу своему могуществу, жрецы возбудили в народе вражду к святому. Как только святой Стефан появился в селении, навстречу ему бросилась разъяренная толпа. Но кроткое лицо и дружелюбная речь на их родном языке обезоружили нападавших, и они невольно стали слушать, что говорил им пришелец. Святой Стефан знал, что, поклоняясь идолам, зыряне верили в существование некоего могущественного духа, который все сотворил, но которому они недостойны поклоняться. Это неясное верование использовал святой Стефан, чтобы как можно доходчивее объяснить зырянам основы Христовой веры. Считая, что лучшим доказательством бессилия языческих богов будет уничтожение идолов и кумирниц, он поджег кумирню, где стояла так называемая «Золотая баба».
Когда жители Усть-Гама с топорами и кольями бросилися на святого Стефана, он, подняв руки к небу, со слезами молился о прозрении заблудших.
Никто из зырян не решился напасть на него. Природная кротость этих людей отмечена иноком Епифанием Премудрым: «Обычай лих имать не творить начало бою». Так, сопровождаемый трудностями и опасностями, продвигался святой Стефан вглубь Пермской земли, убеждая словом, сокрушая идолов и кумирни, все новых и новых язычников обращая в христианство. Решающим моментом его миссионерской деятельности явилось столкновение с Памой, главным зырянским жрецом. Пытаясь поколебать у своих подопечных уважение к святому Стефану, Пама предложил ему пройти сквозь огонь и тем доказать на деле существование проповедуемого им Бога. Когда же смиренный инок, помолившись, решился подвергнуть себя жестокому испытанию и предложил Паме последовать за ним, то Пама проявил малодушие и в страхе отступил. После этого началось обращение многочисленных зырян ко Христу: реки Вымь и Вычегда ежедневно становились купелью для множества крещаемых.
Неоценимы заслуги святого Стефана в строительстве Божиих храмов на Пермской земле. Первой построенной им церковью стал храм в честь Благовещения Пресвятой Богородицы в устье реки Выми. Затем в селе Усть-Выми были построены еще два храма во имя святителя Николая Чудотворца и во имя Архангела Михаила. Храмы обыкновенно возводились святым Стефаном на тех местах, где ранее стояли языческие идолы и кумирни. Придавая большое значение благолепию храмов, святой Стефан украшал их иконами, часть которых была написана им самим. Во всех построенных им храмах богослужение совершалось на зырянском языке. Святой Стефан учил крещаемых созданной им грамоте, с помощью которой они читали Евангелие, Псалтирь, Часослов и другие переведенные на зырянский язык книги. При храме Благовещения было учреждено училище, где занимались будущие пастыри — зыряне. Таким образом, вместе со светом Христова учения местные жители приобщались к культуре и просвещению. Жители Великого Устюга, узнав об успехах апостольской проповеди их земляка, вкладывали пожертвования на строительство храмов, а некоторые священнослужители становились помощниками пермского просветителя. По истечении четырех лет миссионерской деятельности иеромонах Стефан отправился в Москву, чтобы решить вопрос о епископе для зырян.
Собор русских архипастырей и великий князь Димитрий Иоаннович Донской († 1389) постановили, что первым архиереем новообращенной Пермской земли должен стать сам святой Стефан. Зимой 1383 года во Владимире-на-Клязьме митрополитом Пименом была совершена епископская хиротония святого Стефана. Возвратившись в Усть-Вымь, святитель Стефан учредил при соборном храме Благовещения архиерейскую кафедру и первый в тех краях монастырь, получивший название Архангельского. Впоследствии им были построены еще три монастыря и несколько странноприимных домов. Своей епископской властью святитель Стефан защищал местное население от частых нашествий новгородских «ушкуйников». В 1386 году он предпринял поездку в Новгород, где содействовал прекращению нападений на зырян. Спустя четыре года святитель Стефан вновь отправился в Москву, где получил у великого князя Василия Димитриевича льготы для Пермской земли, пострадавшей от неурожая.
Святителя Стефана связывала духовная дружба с преподобным Сергием Радонежским. Святитель Стефан с благоговением относился к Радонежскому подвижнику и очень желал повидаться с ним на пути из Пермской земли, но не смог исполнить своего желания из-за недостатка времени. Находясь в 10-ти верстах от монастыря преподобного Сергия, святитель Стефан обратился в сторону обители и с молитвой и поклоном произнес: «Мир тебе, духовный брате!» Преподобный Сергий, сидевший вместе с братией за трапезой, встал, помолился и, поклонившись в ту сторону, где проезжал святитель, ответил: «Радуйся и ты, пастырю стада Христова, и мир Божий да пребывает с тобой!» Об этой глубокой духовной связи святителя Стефана Пермского и преподобного Сергия Радонежского свидетельствует совершаемая и ныне особая повседневная молитва к ним на братской трапезе в Троице-Сергиевой Лавре. Богословская образованность Пермского епископа и его выдающиеся личные качества создали ему высокий авторитет в Русской Православной Церкви. Несмотря на отдаленность его епархии, великие князья и митрополиты часто вызывали его в Москву для совета или участия в церковных Соборах. В начале 1396 года, по приглашению святого митрополита Московского Киприана, святитель Стефан вновь отправился в Москву. Здесь он заболел: здоровье его было подломлено 18-летними изнурительными трудами и подвигами, и, хотя ему было всего пятьдесят лет, выглядел он значительно старше своего возраста. 26 апреля 1396 года святитель Стефан мирно скончался. Он был погребен в Кремлевской великокняжеской обители, в соборе Спаса на Бору. В XVI столетии Русская Православная Церковь причислила епископа Пермского Стефана к лику святых.
Божественным желанием, от юнаго возраста, Стефане премудре, разжегся, ярем Христов взял еси и людей оляденевшая древле неверием сердца, Божественное семя в них сеяв, евангельски духовне породил еси. Темже преславную твою память почитающе, молим тя: моли, Егоже проповедал еси, да спасет души наша.
Самозванен не имущим тебе, святителю, обрелся еси, люди, от идольския лести свободив, ко Христовой вере привел еси и волхва пансотника посрамил еси, темже и первый епископ и учитель Перми был еси. Сего ради духовныя твоя чада, яко тобою избавльшеся от идол, благодарная тебе возопием: радуйся, Стефане, учителю премудрый.
О Богоосвященный и равноапостольный Стефане, новый боговедения проповедниче и просветителю крещением святым великопермских, во идолопоклонстве живущих людей, ко истинному евангельскому свету путеводителю, пастырю добрый и учителю премудрый, Духа Святого сосуде избранный, Христоподражательный в Небесный Сион наставниче и руководителю, образ благонравия всем, благочестно жити желающим, благоискусный мысленнаго корабля, чрез море мира сего к Небесному пристанищу плавающаго, правителю, дивный во иерарсех, увенчанный Божественною благодатию, всероссийский светильниче, великий чудотворче и молитвенниче теплый! К тебе во умилении сердца моего, аз окаянный и грешный, благонадежно притекаю и вопию, прося, смиренный, помощи твоея и теплаго ко Преблагому Богу ходатайства, да твоими благоприятными молитвами испросиши ми от Него человеколюбную милость, оставление многих моих согрешений, души и телеси здравие со спасением, и яко Благ и Человеколюбец, да благоволит безбедно в мире сем ходити ми до скончания живота моего, во время же разлучения моего от жизни сея, дух мой в покаянии и мире Ангелом Своим святым милостивно прияти, да даст ми мимо мрачных и злоковарных и лютых духов демонских на воздусе пройти невозбранно, и к Нему непостыдно предстати поклонитися, и безсмертныя и блаженныя жизни сподобитися со всеми святыми во веки. Аминь.