Когда Парфению исполнилось двадцать лет от роду, он оставил дом отца, родителей, сродников и друзей; отрекся от всего мирского и поступил в Высокий Покровский монастырь близ города Боровска.
От настоятеля этого монастыря Маркелла Парфений принял пострижение с именем Пафнутия и был отдан под руководство престарелого священноинока Никиты, бывшего ученика преподобного Сергия. Семь лет преподобный Пафнутий был в послушании у благочестивого старца и научился от него иноческим добродетелям. Он приобрел общую любовь и почтение братии. Когда игумен Маркелл скончался, преподобный Пафнутий был избран настоятелем Высокой обители, после долгих и настоятельных просьб братии и боровского князя Симеона Владимировича. Посвящение он принял от рук всероссийского митрополита, святого Фотия. Новый игумен присоединил к подвигам инока заботы доброго и искусного пастыря словесных овец Христовых и бдительного стража их. В своей жизни он являл образ своему стаду. «Уклонялся всегда шуиих, десным же прилежа», он непрестанно работал Господу и днем, и ночью. День употреблял на исполнение монастырских забот, ночь проводил в молитве.
Своего верного раба Господь украсил рассудительностью, прозорливостью, дивными откровениями и иными дарами Святого Духа. Всеведущий Бог дал преподобному Пафнутию способность узнавать по человеческому лицу и взору скрытые душевные страсти и немощи, а иное открывал святому во сне. Преподобный заботился о братии своей, как искусный врач врачевал их душевные немощи, как добрый пастырь исторгал из волчьей пасти овцу и принимал на свои плечи, как сильный муж носил немощи немощных.
Тринадцать лет игуменствовал преподобный Пафнутий в Высоком монастыре. Потом он сильно и надолго заболел и во время болезни принял схиму.
По выздоровлении он оставил игуменство и уединился вместе с одним братом на высоком, очень красивом месте, поросшем густым лесом на берегах двух рек, в трех верстах от Боровска. Место это принадлежало не к Боровской, а к Суходольской области. Поселение преподобного Пафнутия на новом месте произошло около 1440 года. Сюда начали приходить к нему братия: ставить себе с его благословения келии и жить под его спасительным руководством. Монастырь рос, братия множились. Иноки молили своего наставника о дозволении им построить церковь. И они поставили деревянную церковь в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Храм освящен был повелением Московского митрополита Ионы.
Преподобный был незлобив при оскорблениях и удивительно терпелив в нуждах, всегда непоколебимо веруя в Божию помощь. Раз приближался праздник Пасхи, а в обители совсем не было рыбы. Братия и монастырские служители были этим очень опечалены и даже роптали на святого. «Не скорбите об этом, братия, и не гневите Бога, — говорил им преподобный. — Всемилостивый Владыка, создавший нас и просветивший весь мир Своим восстанием (от мертвых), утешит нас, Своих рабов, в скорби нашей и подаст в изобилии блага боящимся Его». Такая надежда на Всеблагого и Премудрого Промыслителя не замедлила принести свой прекрасный плод. Вечером в Великую Субботу, незадолго до Светлой ночи, пономарь пошел на малый источник почерпнуть воды для литургии и увидел бесчисленное множество рыб, называвшихся на тамошнем наречии «сижки», по своей величине немного больше сельдей. В то время был разлив воды: и их собралось так много, как никогда прежде. Пономарь поспешил сказать о том святому. Преподобный прославил Бога и велел рыболовам закинуть сети. И поймали такое множество этих рыб, что их достало целой обители на всю Светлую неделю как на обеды, так и на ужины.
Далеко разносилась слава о великих подвигах преподобного Пафнутия и все более и более привлекала в его святую обитель любителей иноческого благочестия. Между ними было немало людей высокой добродетели. Таковы, например, преподобный Иосиф, постриженный руками святого в иночество и бывший впоследствии основателем Волоколамской обители, старец Иннокентий, Исаия, по прозванию Черный, родственник преподобного, Вассиан, писатель его жития, бывший потом Ростовским архиепископом, и другие.
Преподобный являлся живым образцом подвижника для братии. Он был строгий постник, ничего не ел по понедельникам и пяткам, по средам разрешал себе только сухоядение и весьма умеренно вкушал в остальные дни за общей трапезой. Его пищей было, — говорит ученик преподобного, — угождение братии. Себе он выбирал все худшее и в пище, и во всем, касающемся удобств. Одежды: мантия, ряска, сшитая из овчины, и обувь — не годились ни одному нищему. Вся жизнь преподобного Пафнутия была непрерывным трудом в поте лица, подвигом, страданием и молитвой. Никто прежде его не являлся ни на общее молитвенное правило, ни на работы. Он выполнял с усердием самые тяжелые послушания: рубил и носил дрова, копал землю и поливал растения в саду. Зимой занимался чтением, плетением рыболовных сетей. Постоянный боритель праздности, подвижник был от чрева матери верным, безупречным другом девства. Во имя целомудрия он не дозволял никому прикасаться к своему телу, а женщин не только не пускал в обитель, но не хотел их видеть и издалека, женщинам и знатным он не разрешал даже приближаться к воротам обители своей, а братии строго запрещал всякие разговоры о них.
Преподобный отличался учительностью. Охотно беседовал он и с иноками, и с мирянами. Речь его была всегда проста и приятна. Подвижник чужд был человекоугодия, никогда он не льстил собеседнику, не стыдился лица князя или боярина, не смягчался приносами богатых, но всегда говорил правду, по Божьему закону, по Его святым заповедям. Также говорил он и с простецами, называя их братией, и никто после беседы его не ушел когда-либо скорбным. Для многих открывались здесь тайны сердечные, прежде недоступные.
Преподобный усердно поучал своих слушателей творить милостыню, эту царицу добродетелей. Одна милостыня, говорил преподобный, может спасти человека, если живет он законно. Он указывал на примеры нищелюбивых людей, удостоившихся награды за гробом: на московского великого князя Иоанна Данииловича Калиту, раздававшего нищим подаяние всем без отказа, на одного магометанина, которого Господь за многую милостыню избавил от адских мук, приведя его к Православию.
Один милостивый человек скончался, а другому было откровение о его загробной судьбе. Приведен был умерший к реке огненной, а на другой стороне реки Рай — чудное место, светлое и злачное, прекрасный сад. Но не может никак перейти душа человека через страшную реку. И вот множество нищих, получивших его милостыню; они ложатся мостом через реку, и милостивый человек переходит по мосту в Рай. К этому рассказу преподобный прибавляет, что души праведных переносятся в Рай Ангелами, но Господь открыл судьбу праведной души в таком виде для нашего вразумления. Когда братия обители умножились, святой, при содействии их, построил каменный храм. Во все время его строения он и сам трудился как простой работник, нося на своих плечах камень, воду и все необходимое для постройки. Поставив церковь, преподобный украсил ее иконописью и пригласил для этого лучших живописцев, которые расписали ее «чудно вельми». Преподобный украсил храм иконами, книгами и всякой утварью церковной, так что дивились даже князья, привыкшие к церковному благолепию.
Сам преподобный начало вечного блаженства и богообщения полагал еще на земле. Из живого чувства любви к Богу, Подателю всяческих благ, в душе его было постоянное стремление к Богу, и сердце его очищалось внутренним подвигом покаяния в призывании Иисуса Христа. Сия тайна, по апостольскому слову: Христос в вас (Рим. 8, 10), открывала ему новое бытие — вечное, бессмертное, ангельское — воскресение души прежде всеобщего воскресения, по выражению преподобного Симеона Нового Богослова. Сердце его горело несказанной любовью к Преблагословенной Деве Богородице, Матери Родоначальника нового человечества, Спасителя Господа Иисуса Христа. Небесная Игумения земного иночества положила путь к тайнам Царствия Божия, и душа преподобного пребывала в умном делании — во внимании и непрестанном призывании Иисуса Христа — в этом сокровенном таинстве, Божественном делании умной молитвы. И, как ученик преподобного Сергия, он перенял и осознал, что умное делание есть сокровенный путь к ангельскому житию на земле и есть херувимское богоношение душой Бога Слова. В умном делании — сущность монашества, а в монашестве — сущность христианства.
Умное делание молитвы Иисусовой есть делание внутреннее, сокровенное и есть очищение сердца в трезвении, во внимании ума к помыслам. Преподобный Пафнутий опытно сознавал, что помыслы суть слова бесов и предтечи страстей, и, подобно тьме и потоку, покрывают наше сердце. Князь тьмы наводит тьму неведения и страстей. Необходимы труды, воздержание, бодрствование, смирение, терпение, псалмопение и непрестанная молитва. А память о смерти и адских муках порождала в душе преподобного смирение и плач. Молитва его — «Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй мя грешнаго» — была постоянным плачем и соединялась с его дыханием, и он непрестанно — и при трудах, и в храме — везде и всегда в сердце своем призывал Иисуса Христа. Страх Божий и умиление порождали в его душе слезы, и этот слезный поток очищал его мысленную и бестелесную душу — разумное и прекрасное Божие создание.
Составляя и сам одушевленную церковь, преподобный Пафнутий украшался от Бога чудесной благодатью, проявлявшейся в исцелениях, прозорливости, откровениях и иных дарах Святого Духа.
Обитель преподобного Пафнутия окружена была густым лесом, в котором обитало много птиц. В изобилии водились здесь черноперые вороны, вившие гнезда близ монастыря. Смотря на них, преподобный восхищался и дал заповедь не ловить и не губить их. Между тем однажды сын городского воеводы проезжал мимо обители святого Пафнутия и, увидав стаю воронов, натянул лук и убил одного из них. Обрадовался юноша, но скоро почувствовал, что голова его, повернутая в сторону, осталась неподвижной в таком неестественном положении. Скорбь и ужас сменили в его сердце веселье и самодовольство. Вместе с тем в душе юноши явилось сознание действительной причины случившегося с ним бедствия, а вслед за этим и раскаяние. Охваченный им, сын воеводы быстро отправился к преподобному и, припав к его ногам, просил прощения и святых его молитв перед Господом о своем исцелении. Подвижник приказал ударить в било и пошел в церковь. Удивленные несвоевременным звуком била иноки быстро собрались в церковь и спрашивали святого о причине необычайного звона. Преподобный с улыбкой сказал: «Отомстил Бог за кровь ворона». Совершивши затем молебное пение и осенив святым крестом страждущего юношу, подвижник обратился к нему со словами: «Силою Честного и Животворящего Креста обратись наперед». И тотчас голова его приняла естественное положение. Другой юноша напустил на ворона ястреба. Но ястреб, убив ворона, сам пал мертвым. Таким образом, охотник лишился своей забавы.