Вновь назначенный капитан с энтузиазмом взялся за организацию экспедиции. Он проследил за тем, чтобы на борт был взят запасной руль, оборудованы дополнительные баки для питьевой воды, запасены профилактические средства против цинги – лимонный сок, уксус и кислая капуста. Не менее тщательно капитан подошел и к отбору экипажа. В английских портах о нем сложилась добрая слава: матросы справедливо считали Флиндерса опытным навигатором и гуманным командиром. При таких качествах требовательность молодого капитана вызывала только уважение, поэтому недостатка в желающих принять участие в экспедиции не было. Флиндерс мог отбирать только самых опытных и дисциплинированных. Вторым лейтенантом экспедиции стал Сэмюэль Флиндерс, приобретший опыт в предыдущем плавании.
С помощью Бэнкса был подобран и научный состав экспедиции. В него вошли подающие большие надежды ботаник Роберт Браун, картограф Уильям Уэстолл, а также девятнадцатилетний художник Фердинанд Бауэр.
Подготовка шла полным ходом, но душа Флиндерса была неспокойна: он разрывался между страстью к исследованиям и любовью к Аннет. Это заставило его решиться на поступок, который с точки зрения пуританской морали мог считаться авантюрой, но по-человечески вполне понятен и вызывает сочувствие к обоим влюбленным.
Мэтью и Аннет тайно обвенчались. По плану Флиндерса, новобрачная должна была тайком от начальства доплыть с ним до Австралии, а во время экспедиций ждать его на берегу. Но на корабль внезапно нагрянула инспекция, которая обнаружила в каюте капитана женщину без шляпки, то есть жившую там. С пуританской точки зрения, свойственной многим англичанам, это было недопустимо. Несмотря на мольбы молодой супружеской пары, Мэтью и Аннет пришлось расстаться на долгие годы; в итоге их судьбы оказались сломленными в угоду фальшивой морали. Однако в тот момент ни один из супругов не осознавал этого; пылкий Мэтью писал молодой жене: «Теперь уже скоро я уйду из Англии, и каждый прожитый день будет приближать время моего возвращения». Ни он, ни Аннет не могли предположить, что встретиться им доведется через много лет, когда оба, особенно Флиндерс, потеряют здоровье и светлое восприятие окружающего мира.
Плавание Флиндерса началось в 10 часов утра 18 июля 1801 г., а в 6 часов вечера 17 октября корабль «Инвестигейтор» («Исследователь») бросил якорь в порту Кейптауна. Пройдена была примерно половина пути, но молодой капитан уже успел проявить неординарные по тем временам качества. Физическое и моральное состояние команды заботило его более всего; в дневнике Флиндерс скрупулезно записывал, что давалось матросам на обед. Каждый вечер для моряков устраивались игры, а для желающих танцевать играли флейты. В условиях полной оторванности от земли и нормальных условий жизни это, несомненно, имело очень большое значение: все члены команды остались здоровыми, не было и обычных в условиях замкнутого пространства обитания конфликтов между людьми.
Команда любила капитана: хотя он бывал очень требовательным, но его требования всегда были справедливы. Безусловно, Флиндерса отличала неведомая людям нашего времени степень порядочности. Он не давал поблажки даже собственному брату. Заподозрив Сэмюэля в манкировании обязанностями, Мэтью без колебания занес это в судовой журнал и заставил брата «проводить наблюдения по ночам», так как астрономические и картографические исследования, сделанные им в дневное время, оказались небрежными.
Плавание к берегам Новой Голландии было вполне благополучным. 6 декабря «Исследователь» достиг берегов Австралии в малоизученном районе мыса Луин. Однако исследовательские работы Флиндер решил начать от бухты Кинг-Джордж.
Побережье было обитаемым. Здесь жили австралийские аборигены, по-прежнему слывшие кровожадными. Но Флиндерс уже сталкивался с коренными австралийцами и не боялся их. Именно благодаря ему отношения между австралийцами и европейцами не закончились кровопролитием. Англичане спокойно высадились на берег и продолжили изучение южного побережья материка.
Особенности плавания в приавстралийских водах были мало знакомы мореплавателям. 21 февраля несколько матросов отправились на берег за пресной водой. Вечером с корабля заметили шлюпку, которая вдруг пропала из виду. Немедленно направленные в ту сторону спасатели не обнаружили никаких следов своих товарищей. Вероятно, несчастные погибли в сильных приливных волнах. Поиски, организованные утром, тоже ничего не дали. Флиндерс был чрезвычайно удручен и назвал место гибели своих спутников мысом Катастроф.
Однако работа по изучению побережья была продолжена. Двигаясь вдоль побережья, Флиндерс открыл большой остров, где путешественники увидели огромные стада кенгуру и запаслись мясом. Остров получил название Кенгуру. Далее открыли залив Сент-Винсент, изучили его берега, а затем через пролив Бакстера вышли в открытое море и двинулись на восток, где встретили французское судно «Географ», тоже исследовавшее южное побережье Австралии. Поделившись своими открытиями, обе экспедиции разошлись.
Наивный и в высшей степени порядочный Флиндерс полагал, что встреча была полезной для обеих сторон. Он не предполагал, что кто-то может воспользоваться его сведениями и присвоить себе первенство открытия, однако именно так и произошло. Капитан «Географа» Боден вскоре умер, а ученый-натуралист французской экспедиции Франсуа Перон объявил исследованную Флиндерсом часть территории Австралии собственностью Франции и дал свои названия открытым Мэтью островам и заливам. Об истинном открывателе этих земель в его книге не было сказано ни слова. Сам же Флиндерс, находившийся в это время в плену (об обстоятельствах которого читатель узнает дальше), не мог оспорить утверждений вскоре умершего Перона.
Расставшись с французами, Флиндерс продолжил плавание на восток и прошел вдоль устья крупнейшей австралийской реки Муррей, не заметив его, что на 30 лет задержало открытие реки и затормозило освоение австралийских земель в этом районе. Но это никак не умаляет значения экспедиции путешественника-подвижника. Дальше судно достигло мыса Отуэй, посетило залив Порт-Филлип, а в мае вернулось в Сидней. Было изучено 5 тыс. миль австралийского побережья.
Уже через три месяца, в июле 1802 г., Флиндерс на «Исследователе» отправился в следующее путешествие – на этот раз к северным берегам материка. Исследовав залив Херви, дальше к северу мореплаватели открыли мыс Кертис, мыс Боуэн (ныне Клинтон) и остров Перси. Отсюда экспедиция двинулась к малоизученному в то время Торресову проливу, прошла в опасных водах Большого Барьерного рифа и возле островов Камберленд обнаружила долгожданный проход между рифами, позже названный в честь Флиндерса.
В заливе Карпентария «Исследователь», изрядно потрепанный бурями, давший сильную течь и насквозь прогнивший, был поставлен на ремонт. Корабельный плотник был уверен, что через несколько месяцев судно просто развалится. Однако Флиндерс не пожелал возвращаться и решил продолжить исследования. Результатом стало описание берегов заливов Карпентария, Каледон, бухты Мелвилл, открытие островов Английской компании, описание залива Арнем и островов Уэссел.
Отсюда Флиндерс решил идти к о. Тимор. Корабль был в очень плохом состоянии; кроме того, экипаж уже давно не мог пополнить запасы продовольствия. Оставшиеся без свежего мяса и овощей люди начали болеть; серьезно заболел и сам Флиндерс, но переносил недуг на ногах.
Экспедиция благополучно добралась до Тимора, но и здесь положение не улучшилось. Двое матросов дезертировали, однако инструкция требовала идти дальше, чтобы обследовать район Индийского океана к юго-западу от острова. Десять дней «Исследователь», команду которого мучила дизентерия, плыл по просторам океана; каждые полчаса делались промеры глубины, и этот порядок ни разу не был нарушен. Убедившись, что корабли Ост-Индийской компании могут спокойно плавать в этих водах, Флиндерс на предельно возможной скорости вернулся в Сидней.
Хотя экспедицию пришлось прервать, она и так дала очень много: впервые материк был обойден вокруг; мореплаватели собрали богатейшую коллекцию растений и животных. Все это стоило жизни четвертой части экипажа, еще четверо умерли уже в Сиднее, так и не оправившись от болезни. Серьезно ухудшилось и здоровье командира, однако в первой же беседе с губернатором он стал настаивать на продолжении экспедиции. Ввиду отсутствия пригодного для этого судна Флиндерс и остатки его команды решили направиться в Англию с отчетом и за помощью в организации новой экспедиции, в целесообразности которой никто не сомневался.
Однако сама судьба, казалось, препятствовала Флиндерсу увидеть родные берега и жену: два из трех кораблей флотилии разбились на рифах. Люди, к счастью, успевшие спасти продовольствие, пресную воду, палатки, порох и оружие, нашли пристанище на узкой песчаной косе. Однако капитан третьего корабля не пожелал подобрать их. В распоряжении моряков остался маленький открытый катер «Надежда». Было решено, что на нем Флиндерс и еще несколько человек вернутся за помощью в Сидней. Преодолев 250 лиг, они благополучно добрались до места назначения.
Необходимая помощь была отправлена, а Флиндерс, ставший капитаном небольшой шхуны «Камберленд», опять направился в Англию через Торресов пролив. И снова неудача: на корабле открылась течь. Необходим был срочный ремонт, а заходить в ближайшие порты было опасно. Между Англией и Францией шла война, и моряков вполне могли взять в плен. Однако у Флиндерса не было другого выхода, и он отправился на о. Маврикий, где опасность была особенно велика, так как он был занят французами.
К несчастью, губернатор острова как раз получил донесение уже известного нам Перона о том, что Флиндерс ищет для британского флота базы в Тихом океане. Капитана «Камберленда» немедленно арестовали, забрав у него не только все деловые документы, но даже частные письма. Команда осталась на корабле, но под охраной французских солдат. В плену Флиндерс находился почти семь лет, до 1810 г., и был освобожден только тогда, когда английские военные корабли блокировали остров.